实现蛋白质动态对接预测!上海交大/星药科技/中山大学等联合推出...
DynamicBind捕获配体特异性蛋白质构象变化图f和g展示了通过UniProtID标记的蛋白质,如何从相同的初始结构开始,在与I型抑制剂结合后逐渐向DFG-in构象移动,并在与II型抑制剂相互作用时,倾向于DFG-out构象的过程。DynamicBind捕获配体特异性蛋白质构象变化——DFG-in/DFG-out图h揭示了...
【科技自立自强】西安交大科研人员在生物酶多构象催化领域取得...
研究团队基于单颗粒电子显微镜成像与重构技术,发现T4连接酶在被AMP结合激活后呈现出四种稳定构象,且在与底物DNA进一步结合后依然保持四种构象,复合物中的DNA弯曲角度大约为0°、20°、60°或100°,显示了T4连接酶的多态催化构象。由电子显微镜重构得到的连接酶复合物结构呈现出明显的四种稳定构象进一步的单分子荧光实...
杨培东院士,重磅Nature Catalysis!|纳米|配体|光谱|活性|电化学...
如图1b所示,随着阴极偏置的逐渐增加,原位纳米FTIR捕获了聚集NP上从双齿配体到单齿配体结合构型的转变。此外,SERS还捕获了从单齿配体到游离配体的转变以及烷基链的构象变化。配体的这种连续解离,进一步得到了DFT模拟的支持,提供了偏置和电化学环境如何调节配体-NP相互作用的实时图片。此外,作者还揭示了由配体解离过程介导...
纳米抗体在蛋白构象研究中的应用
纳米抗体在蛋白构象研究中的应用蛋白质作为与疾病相关的活性大分子,其表达或修饰的变化在疾病诊断研究方面发挥重要的作用,纳米抗体(nanobody,Nb)已成为能将动态蛋白冻结为单一功能构型的精致工具,针对蛋白质的鉴定和其在细胞内的定位,可以为众多研究提供理论基础。VHH与蛋白分子融合纳米抗体(nanobody,Nb)的主要...
AFM|医科院王洪亮/叶军/刘玉玲:丝素蛋白多功能水凝胶促进组织修复...
图2.丝素蛋白(SF)的链构型和构象示意图。a)SF重链一级结构的示意图。a)12个结晶结构域中的每一个在长度和序列上略有不同,而11个无定形结构域几乎相同。给出结晶结构域之一的氨基酸序列以突出蛋白质的重复性质。b)家蚕的等级结构组织。i)天然纤维内排列的β-片状微晶和无定形区域的取向。ii)β微晶内的片间...
新药研发(六)| 先导化合物下篇:药物设计之苗头化合物的改造|化合...
开环改造还可以通过改变分子的立体构型来实现(www.e993.com)2024年10月18日。立体化学特性对于药物的活性和选择性至关重要。通过调整分子的立体构型,药物研发专家可以优化药物与靶标分子之间的相互作用,从而提高药物的效果。3.3.3闭环改造药物设计中的分子闭环改造可以对分子结构的刚柔特性产生影响,从而增加其结构的刚性,有助于维持药效构象。这个...
中科院1区if11.2: 蒸制多花黄精多糖的结构特征及其改善肠道屏障和...
从图4a可以看出,多糖C-1上的质子信号通常分布在4.0-5.5ppm,比较容易分辨,而C2-C6上的质子信号大多在3.0-4.0ppm堆积,相互交叉重叠,比较难分辨。因此,图4a主要用于区分多糖结构中糖苷键的构象,进一步证实图4b的分析结果。总的来说,α-糖苷键构象的化学位移值>5ppm,β-糖苷键构象的化学位移值<5ppm。从图中...
...组与河北工业大学安海龙课题组合作揭示TMEM16A通道开放态构型...
该研究通过分子动力学模拟和电生理实验揭示了TMEM16A通道的开放态构型,并基于该结构鉴定了一处重要的药物结合口袋。首先,团队采用加速分子动力学模拟和分段模建技术重构了TMEM16A开放态结构(图1A)。与脱敏态结构相比,跨膜螺旋TM3和TM4在开放态结构中有明显的构象重排。特别是TM4上段位移超过5??(图1B)。孔道分析...
西湖大学冷冻电镜解析新冠病毒细胞受体结构:“开关”双构象
研究团队从418140个选定的粒子中以2.9??的总分辨率进行了3D重建,该复合物以异二聚体的二聚体形式存在。团队从同一数据集中提取了ACE2同型二聚体中PD的两个构型,即开放和关闭。复合物“开放(open)”和“关闭(closed)”两种构象结构比较表明,两种构象的变化仅通过PD结构域的旋转而实现,其余复合物几乎...
不同几何构型虾青素的体外抗氧化作用及对秀丽隐杆线虫氧化应激的...
不同几何构型虾青素清除DPPH自由基的半抑制浓度(IC50)没有显著区别,从而表明不同几何构型虾青素在清除DPPH自由基能力方面没有显著性差异(P<0.05)。2.2ABTS自由基清除能力9-顺式、13-顺式和全反式虾青素对ABTS自由基的清除率都随着质量浓度的增大而提高,不同几何构型虾青素质量浓度在20~100μg/mL范围内清除...