GPT-4无师自通预测蛋白质结构登Nature子刊!LLM全面进军生物学...
实验通过prompt给出最少的必要上下文信息,让GPT-4以PDB格式对20个标准氨基酸进行建模,同时还纳入了GPT-3.5作为性能对比。对每个单独的氨基酸,研究人员都用相同的prompt输入5次迭代运行以监控一致性。结果发现,模型可以生成含有主链和侧链原子坐标值的氨基酸3D结构,PDB格式渲染后的可视化效果如下图所示:图d、e展示了...
AI蛋白质折叠:在生命宇宙中漫游,远眺生物经济的流光
2014年,在芝加哥大学丰田计算技术研究所任职的许锦波教授,设计了一种新的深度学习算法,从更为简单的问题入手——预测蛋白质的二级结构,即肽链主链骨架原子的空间位置排布,不涉及氨基酸残基侧链。测试发现,深度学习对这个简单问题有效。此后在2015年和2016年,许锦波教授再次开发了更好的深度学习算法,可以直接用来预测蛋白质...
两个圈外人的前卫实验,引发了一场不凡俗的科学革命
在20世纪50年代DNA双螺旋结构被发现后,人们希望知道基因是如何具体表达的,特别是翻译过程中密码子的碱基数量和对应的氨基酸序列。世界顶级实验室中的科学家一度处于迷茫的状态,但在60年代初,两位“圈外人”,海因里希·马特伊与马歇尔·尼伦伯格通过一种独特的实验方法,破译出第一个遗传密码,证明RNA密码子与氨基酸之间的...
又一突破性成果!人工智能大模型预测蛋白质结构速度再次提高数百倍!
在最底层,一些氨基酸通过肽键结合在一起,组成一些多肽链,多肽链内部的氨基酸序列,被称为蛋白质的一级结构。然后,不同的多肽链又通过氢键连接,折叠成简单的形状,如螺旋状或环状等,这种结构被称为蛋白质的二级结构。接下来,在更大的层面上,螺旋或环又进一步折叠成一个三维空间内紧凑的结构,被称为蛋白质的三级结构...
首次!针对难成药靶点,2024年六种创新小分子抗癌药亮相
▲ORIC-533的结构式(图片来源:参考资料[1])ORIC-533是一种抑制腺苷生成过程中的关键酶CD73的口服候选药物。CD73是一种控制细胞外腺苷产生速率的酶,它的过度活跃与多种癌症的不良预后有关。该酶是免疫抑制途径的一部分,与多发性骨髓瘤和其他癌症的耐药性相关。开发这类药物的挑战在于,即使在高浓度的单磷酸腺苷...
万字讲懂离子色谱仪原理、结构、分类、应用、常见品牌等 | 仪器...
如阴离子交换柱后端加入氢型的阳离子,交换树脂填料阳离子交换柱后端加入氢氧根型的阴离子,交换树脂填料当由分离柱流出的携带待测离子的洗脱液在检测前发生两个简单而重要的化学反应,一个是将淋洗液转变成低电导组分以降低来自淋洗液的背景电导,另一个是将样品离子转变成其相应的酸或碱以增加其电导(www.e993.com)2024年9月23日。这种在分离柱和...
从头设计蛋白的“上帝之手 ”David Baker,极大地推动了蛋白质结构...
而在人工智能预测蛋白结构,DavidBaker也是其中的重要力量。他开发了著名的Rosetta软件,极大地推动了蛋白质结构预测的进展。在与AlphaFold2的竞争中,善于学习的他向商业公司DeepMind学习,将深度学习技术引入Rosetta软件,并率先公开RoseTTAFold的源代码。随后,AlphaFold2也很快开源,这成为利用竞争推动新技术的使用平权的一个...
“中国药谷”依托人工智能创新研发
分子结构包括功能性分子是新药发现最源头的路径。在中国医学科学院北京协和医学院药物研究所,科研人员最擅长在天然产物中发现新药。他们借助核磁共振,利用计算机视觉技术即可解析药物复杂分子结构。将解析出的碳谱数字输入人工智能解谱系统,短短5秒钟之后,就能生成多个分子结构式。
siRNA药物开发:从8家Biotech分析行业市场布局
图11:GalXC??递送平台肝脏靶向的GalXC??递送平台采用皮下给药的方式,和Alnylam、Arrowhead同样,利用GalNAc较高的肝脏选择性,构建结构特异的siRNA。Dicer酶是人体细胞内RNAi天然起始点,Dicerna将GalNAc直接连接到专有Dicer底物短干扰RNA(DsiRNA)分子的延长区域,从而达到多种共轭转递结构,能够灵活、高效地结合目标配体...
茶叶中茶多酚的检测标准,标准化检测:茶叶中茶多酚含量的新要求
茶叶中的成分丰富多样,包含***、多酚类化合物、氨基酸、挥发油、矿物质和维生素等。这些成分赋予了茶叶特别的风味和保健功效。人们可通过饮茶来摄取这些成分,获得身心平和健的双重效益。茶叶中几种茶黄素结构式煎茶法茶黄素是茶叶中的一类关键天然黄色素,它是由茶叶中的儿茶素经过氧化反应形成的。茶黄素具有抗...