揭秘Cas8-HNH系统精准基因编辑的结构机制 | 进展

该复合物呈整体G形结构,位于Cas8亚基羧基端的HNH核酸酶结构域通过linker区锚定在复合物的中心。结构和生物学分析表明,完整R-loop的形成对于HNH核酸酶的激活至关重要,同时,HNH结构域的羧基端螺旋可能作为传感器,监测靶标DNA与crRNA配对,并触发HNH结构域进行切割所需的构象重排。同时,该系统不能容忍靶标DNA前间隔序...

...CUT&Tag技术,可精准检测单细胞基因组复杂区域的染色质修饰

尤其是基因组中的重复序列区域(在人类基因组中占52%,约1.56Gb;在小鼠基因组中占45%,约1.2Gb)、“黑名单”区域(在人类基因组中占3.0%,约91Mb(不包括着丝粒区域和rDNA区域);在小鼠基因组中占7.0%,约191Mb)以及基因组结构变异区域(如长片段插入或缺失...

国际最新研究:一种新的基因编辑技术或比现有技术更有优势

中新网北京6月27日电(记者孙自法)国际著名学术期刊《自然》最新同期发表两篇相关生物技术论文称,研究人员开发出一种新的基因组编辑技术,这种技术能在用户指定的基因组位点插入、倒位或删除长DNA序列,能实现这些基本DNA重排的单步法或提供一种更简易的基因组编辑方法。这次研究的“桥”重组酶机制示意图(图来自:one...

AlphaFold刷新对受精的认知!《细胞》:前所未见的精子蛋白,让受精...

而新研究使用了专注于蛋白复合物的AlphaFoldMultimer来对这些基因序列进行预测分析。研究团队首先聚焦了精子表面的蛋白,根据AlphaFold给出的结果和初步筛选,作者发现之前已经找到的Izumo1和Spaca6共同出现在了列表中,这一点并不意外。然而AlphaFold给出了科学家之前完全没有注意到的细节:不仅只是Izumo1和Spaca6两者之间...

Nature︱创新蛋白运输耦合技术:为癌症与神经退行性疾病提供新治疗...

图1:a.通过TRAM的蛋白质转运偶联实现亚细胞核质靶向定位控制示意图。b.TRAM1的结构。c.用于产生稳定细胞系以研究NMNAT1定位控制的病毒构建体。d.TRAM1介导形成复合物。e.由TRAM1驱动的NMNAT1重定位(Credit:Nature)当同时研究两种蛋白质时,核质转运的量化传统上通过一组代表性图像的共定位度量来完成。而一...

研究人员开发出新型微小核糖核酸检测方法

近期,中国科学院苏州生物医学工程技术研究所缪鹏课题组通过环张力促进的叠氮-炔环加成反应(SPAAC)辅助三维DNA纳米结构的调控,开发了新型miRNA检测方法(www.e993.com)2024年11月5日。该研究设计了5条单链DNA用于组装DNA截锥体纳米结构。研究通过序列末端巯基修饰,将其底部结合在金电极表面;同时将其顶端序列与目标miRNA序列结合并被双链特异性核酸酶(...

AlphaFold为什么能精准预测蛋白质结构?

图2是AlphaFold2深度学习模型架构示意图。最左边的输入表示需要被预测结构的序列(inputsequence);旁边画了一个小人,代表人类的某种蛋白质。图2:AlphaFold2深度学习模型架构图丨图源:参考文献[5]接下来,这个输入序列被转换成两种不同的信息,传入后面的神经网络进行迭代和学习。第一个信息,上面的“MSA”是多序...

生命解码:基因测序的群雄逐鹿

测序芯片上能容纳的DNA簇密度伴随加工技术进步在不断增加,这使得illumina测序通量提升的天花板至今仍在持续抬升。图:罗氏的乳液PCR原理示意图,每个微孔中放置一个微粒,作为DNA扩增反应的核心,资料来源:Thedevelopmentandimpactof454sequencing,图:Illumina桥式PCR扩增原理示意图,待测DNA以“桥”的形式附着在经过...

AI教父得诺贝尔物理学奖,Hinton:我惊呆了!

Hopfield网络示意图图片来源:JohanJarnestad/瑞典皇家科学院Hopfield的突破并不在于简单地构建了一个神经网络模型,而在于他使用了物理学的工具——特别是统计力学——来解释神经元集体行为。这个模型通过能量最小化的原理,让网络中的神经元以最优的方式工作。简而言之,神经网络中的信息流动就像是自然界中能量在寻找...

2024诺贝尔生理学或医学奖 | microRNA:揭开细胞发育之谜

图1:从DNA到mRNA再到蛋白质的遗传信息流动示意图。每个细胞都含有相同的染色体组,因此基因组也是完全相同的。特定细胞类型的功能源于这些细胞中仅有特定基因的激活。TheNobelCommitteeforPhysiologyorMedicine.Ill.MattiasKarlén真核模式生物在遗传学研究中具有无可替代的价值,带来了许多意想不到的发现...