解密蛋白质结构:探索生物系统的精巧设计
蛋白质结构的多样性是生物系统中功能多样性的基础。不同的蛋白质结构赋予它们不同的功能和相互作用方式。例如,酶是一类能够催化化学反应的蛋白质,其结构中的活性位点与底物相互作用,促进化学反应的进行。抗体是一类具有高度特异性的蛋白质,其结构可以识别和结合外来分子,起到免疫防御的作用。通过解析蛋白质结构,我们可以...
中国科大建立新的蛋白质从头设计方法
Nature杂志的审稿人认为,“与现有方法不同,现有方法要么使用参数方程来描述预定义螺旋结构的空间,要么基于片段组装的方法依赖于已知蛋白质片段。SCUBA方法原则上允许人们探索任意主链结构,然后填充序列,允许人们设计比自然界中观察到的更广泛的蛋白质几何结构”;“蛋白质从头设计仍然具有挑战性,本工作中六种不同蛋白质的...
Nature Methods | 超过AlphaFold2精度,蛋白质互作结构预测新工具
具体来讲,如果在进化过程中,蛋白质的其中一个氨基酸位点发生了突变,且破坏了氨基酸残基间的相互作用,则该蛋白会变得不稳定,拥有该突变的物种不容易存活下来。但是若与其有空间相互作用的氨基酸同时也发生了突变,且这两个突变又能够很好的作用在一起,使得蛋白质结构继续稳定下来,这种生物也就可以继续存活下来。这种现象...
探索蛋白质多样性:氨基酸顺序测定揭示重组蛋白质药物的差异性
2.氨基酸顺序与蛋白质功能的关系蛋白质的功能通常与其氨基酸顺序密切相关。即使仅仅改变一个氨基酸残基,也可能对蛋白质的结构和功能产生显著影响。例如,在抗体类重组蛋白质药物中,单个氨基酸的变异可能导致药物的亲和性、稳定性和生物活性的改变。因此,准确确定蛋白质的氨基酸顺序对于了解其功能和性能至关重要。3.重组...
又一突破性成果!人工智能大模型预测蛋白质结构速度再次提高数百倍!
生物细胞里有三种大分子:DNA、RNA和蛋白质。DNA和RNA记录了生物的遗传信息,但真正在细胞里面执行功能的是蛋白质。人体内约有10万种以上的蛋白质,每种蛋白质都有自己特定的功能,但它们都是由20种氨基酸按不同比例组合而成,各种氨基酸在蛋白质里折叠成特定的三维结构,正是这个三维结构决定了每种蛋白质的功能。
中科院1区if8.8:综合代谢-蛋白质组学研究黄芩不同生长阶段的变化
我们根据对具有丰度差异的蛋白质进行GO富集分析,发现不同生长年份的黄芩根中的蛋白质表达可能与催化活性、细胞解剖实体、代谢过程、细胞过程、结合、生物调节、对刺激的反应、含蛋白复合物、定位、抗氧化活性、分子功能调节和分子转导活性有关(www.e993.com)2024年7月26日。图2(A)具有丰度差异的蛋白质的功能分类,(B)具有丰度差异的蛋白质的功能...
填补AlphaFold3空白,字节跳动提出物理引导的方法让蛋白质动起来
图4:模型预测BPTI亚稳态蛋白质具体例子(真实结构涂色,采样结构灰色)3.力场引导模型采样研究者以快速折叠蛋白中的WWDomain蛋白为例,探究了CONFDIFF在不同程度的力场引导(η)和序列条件(γ)影响下生成构象的效果如图5所示。结果表明,力场引导的模型可以在不显著降低多样性的情况下提高构象稳定...
Nature: 一种基于宏基因组序列空间生成无参考的蛋白质家族的计算...
利用基于大规模并行图的聚类方法,我们将这些蛋白质归入了106,198个超过100个成员的新序列群,比利用相同方法从参考基因组聚类得到的蛋白质家族数量翻了一番。我们根据这些家族的分类学、栖息地、地理分布和基因邻近分布对其进行了注释,并在有足够序列多样性的情况下预测了蛋白质的三维模型,揭示了新的结构。总之,...
专访腾讯AI Lab姚建华、杨帆:腾讯 AI Lab 为何瞄准单细胞蛋白质组...
DNA携带遗传信息,通过转录成为RNA,形成转录组。而RNA进一步翻译成蛋白质,即蛋白质组。我们的研究工作正是基于这一原理。基因测序技术的发展历程显示,DNA测序是相对容易的部分,而RNA和蛋白质的测序难度逐渐增加,因为它们需要更复杂的扩增和测量技术。从上个世纪70年代开始,人类基因组测序技术已经经历了几...
专访姚建华、杨帆:腾讯 AI Lab 为何瞄准单细胞蛋白质组学
论文一中建立的SPDB数据库,通过标准化处理不同来源的单细胞蛋白质组学数据,使得数据易于比较和分析,是目前全球数据量最大、覆盖技术和数据集最为广泛的单细胞蛋白质数据库。论文二中的scPROTEIN框架,针对单细胞蛋白组数据的特殊性提出了解决方案,能够处理数据中的不确定性、缺失值、批次效应和噪声问题。为基于...