实现蛋白质动态对接预测!上海交大/星药科技/中山大学等联合推出...
也就是说,即使特定构象与初始提供的蛋白质结构不同,DynamicBind也能识别出能与蛋白质的其他可能构象进行很好结合的化合物。DynamicBind涵盖了多尺度的蛋白质构象变化研究人员使用从皮秒级到毫秒级的6个不同类型的跨尺度构象变化对DynamicBind进行评估。如下图所示,粉色表示晶体结构,白色表示AlphaFold结构...
复旦聂志鸿、桑玉涛等ACS Nano:基于静电相互作用在二维平面上原位...
图5.不同PGNP-A和PGNP-B组装形成基底胶体分子的SEM图像总结:作者开发了一种基于聚合物驱动纳米粒子组装的策略,通过调节带相反电荷的聚电解质接枝纳米粒子间的静电相互作用,实现了基底胶体分子的构筑,并通过调整溶液的pH值、离子强度、或者聚电解质接枝纳米粒子的结构参数(例如,聚合物的分子量,纳米粒子的尺寸)对胶...
《食品科学》:上海应用技术大学田怀香教授等:分子模拟在环糊精包...
利用MD模拟可以有效地分析构象波动在不同结合模式共存中的作用,研究包合的客体在不同宿主中的动态行为,并估计每种情况下的结合亲和力。由于MD模拟高效、低成本和多功能的优点,已被广泛应用于材料科学、生物学和医学领域。此外,近年来在碳水化合物领域,关于MD模拟的研究也日益增多。1.4组合方法分子模拟中,也可将...
新药研发(六)| 先导化合物下篇:药物设计之苗头化合物的改造
4.物化性质原则:应具有不同的物化性质,如溶解度、极性和脂溶性。这有助于研究这些性质与生物活性之间的关系,并为模型提供更全面的信息。5.结构活性关系原则:应具有相同或者相似的基本活性结构特征,以便更好地理解结构与活性之间的关系。这可以通过分析活性类似化合物的结构来实现,例如共同的药效团或子结构。6....
新冠研究先锋!高福院士团队2023年新冠相关研究成果集锦|疫苗|抗体...
将三个相同或三个不同新冠毒株的RBD串联,开发了单分子三聚体的三价新冠疫苗,并通过动物免疫实验证明RBD异型三聚体可诱导对多种新冠变异株广谱的中和抗体反应及强烈的T细胞免疫,可以降低肺与鼻组织的病毒载量,对于开发新一代新冠疫苗具有重要的理论意义和应用前景。
《食品科学》:广西大学黄崇杏教授等:直链淀粉聚合度对无籽面包果...
分子构型参数结果表明,随着复合物直链淀粉聚合度的增加,mn(1.02×106~3.67×106Da)、mw(2.90×106~8.02×106Da)、ρ(3.50~23.07g/(mol·nm3))均增大,Rg(70.31~93.94nm)、PI(2.18~2.85)则减小(表5)(www.e993.com)2024年10月18日。上述结果可能归因于,在络合过程中随着直链淀粉聚合度的增加,支链淀粉糖苷键构象旋角的角度减小、V8...
不同几何构型虾青素的体外抗氧化作用及对秀丽隐杆线虫氧化应激的...
2、不同几何构型虾青素的体外抗氧化活性2.1DPPH自由基清除能力9-顺式、13-顺式和全反式虾青素对DPPH自由基的清除率都随着质量浓度的增大而提高,虾青素在质量浓度20~100μg/mL范围内,9-顺式对DPPH自由基清除率质量浓度高于13-顺式和全反式。不同几何构型虾青素清除DPPH自由基的半抑制浓度(IC50)没有显著区...
MicroED解析小分子绝对构型(手性)
图四不同厚度的样品带来显著的动力学效应对于手性结构,相同化合物在相反手性下产生的动力学效应存在显著差异。在解析出手性化合物相对构型的情况下,可以反过来利用两者在动力学效应的差异,通过动力学精修确认手性化合物的绝对构型。1.首先,我们在收集数据时会加入旋进(PED,PrecessionElectronDiffraction),PED可以平均...
药品开发的新视角:G-四链体与膳食黄酮类化合物的相互作用
桑黄酚与不同的G-四链体DNA和双链DNA的亲和力明显较小。不同的DNA结合行为表明黄酮醇结构中B环的2-OH官能团起着关键作用。山奈酚具有相对平面的形状,但由于额外的2’-OH基团的空间位阻,桑叶蛋白具有相当大的非平面构型。这种微小的结构变化似乎对山奈酚和桑叶蛋白与VEGFG-四链体-DNA结合的能力至关重要。因此,...
华中科技大学赵强团队《自然·通讯.》:耐氯型正电聚酰胺膜的制备...
同时,QSPIP的螺环构型使其在交联时,产生不规整堆叠,增加膜的自由体积,提高水渗透速率。相比PIP-TMC膜,QSPIP-TMC的自由体积分数从18.2%增加至24%(图2),二氧化碳吸脱附测试表明QSPIP-TMC的比表面积增加了2倍多。分子动力学计算显示,QSPIP-TMC两个相邻酰胺键的C原子距离为8.1??,比相同位置的PIP-TMC增加了...