Nature Commun | 邓兴旺/何航团队首次报道核小体分辨率的植物染色...
但是目前受限于Hi-C技术分辨率的限制,植物染色质高级结构的研究难以突破1kb分辨率的屏障,对植物是否存在TAD或者类似的结构域存在争议,严重限制了与基因表达调控密切相关的染色质环和增强子等远距离顺式作用元件的研究(Sunetal.,2020&Sunetal.,2023)。同时,与动物基因组明显不同的是,植物基因组中编码蛋...
??南京大学曹毅、王炜/北海道大学龚剑萍等合作,最新Nature...
偶氮苯是研究最为广泛的光致分子,在365纳米或435纳米波长的光照射下,偶氮苯会在延长的反式构象和较短的顺式构象之间发生可逆的异构化,同时中心C-N=N-C二面角会发生27.8°的变化。由于这种巨大的结构变化,蓝光/紫外光诱导的偶氮苯异构化已被用于实现聚合物材料的可逆相分离、表面性质转换,甚至是宏观层面...
Nature | 人基因组复制过程中姐妹染色单体的构象
为了对顺式和反式姐妹染色单体内DNA相互作用进行解析,首先需要引入一个姐妹染色单体特异性标记物,通过在DNA核苷酸类似物存在的情况下培养细胞进行一轮DNA复制来实现在两条姐妹染色单体中分别标记沃森链(Watsonstrand)和克里克链(Crickstrand)。如果核苷酸类似物可以通过DNA测序检测到,那么标准的Hi-C实验步骤就可以用以...
“分子电影”告诉了我们什么?
在微生物的视紫红质蛋白中,视黄醛分子吸收光子会导致构型从“全反式”到“13-顺式”的异构化转换;(c)氯离子输运蛋白(ClR)的剖面图,显示7个跨膜螺旋结构以及细胞内侧一个短的螺旋helix-H。氯离子的结合位置如图中绿色球体所示,晶体结构显示在细胞内侧也有一个氯离子,对应可能的离子释放位置;(d)左图是ClR活性中...
3'UTR是做什么的?
顺式元件的确定对于鉴定绑定和介导特定3'UTR功能RNA绑定蛋白是很重要的。一般来说,顺式元件是使用缺失结构来进行确定的。然而,通常情况下,整个3‘UTR的表型效应不能用3’UTR的分离部分来概括。例如:OskarmRNA的翻译调节元件和HMGA23‘UTR中的抑制元件上。为了鉴定2800个核苷酸长的HMGA23‘UTR中能够完全概括对...
折叠体,向超越生物学进军|催化剂|分子|格尔曼_新浪新闻
在人体中,色觉的产生依靠视杆视紫红质上的GPCR受体,而克莱登用来替代GPCR受体的分子是偶氮苯生色团,它连在AIB折叠体上,能在偶氮苯响应光线时改变形状——例如,在紫外线条件下,这个分子就可以转换到顺式构象(www.e993.com)2024年9月17日。克莱登将这一过程形象地称为“构象光电二极管”[9]。而这还不是动态折叠体最奇妙的应用,更进一步地,...
“细节决定成败?”——反应物中取代基的微小扰动将引发产物的巨大...
产物的选择性来源于分子内氢键的驱动力:空间位阻的存在使得亚胺质子尽可能的与环己烷桥头的质子成顺式构象,而(S,S)-CHDA的两个桥头质子为反式构象,这就要求同一个环己烷二胺连接的两个亚胺质子为反式构象。而前体1中含有一个羟基,后者的氧原子和质子分别与两边的亚胺质子和亚胺氮原子形成氢键,使得同一个苯环上...
靶向蛋白降解(TPD):PROTAC、LYTAC、分子胶、光控PROTAC...|PROTAC...
(2)光响应开关型PROTACs(photoswitchablePROTACs):功能偶氮苯经常被用作光开关,因为它在受到光刺激时可以在反式和顺式构象之间转换。将四氟偶氮苯部分偶联到连接剂上,可得光切换的PROTAC267(图52)。在530nm光照射下,活性反式-267可转化为非活性顺式-267。顺式-267被证明不能诱导BRD2的降解,因为连接子距离较...