从样本到基因组,欧洲参考基因组图谱如何重塑生物多样性研究?
通过与参考基因组的比较,研究人员能够识别个体之间的遗传变异,包括单核苷酸多态性(SNP)和插入/缺失变异(Indel)。这些信息对于了解物种的遗传多样性和适应性至关重要。此外,参考基因组还有助于解析基因的功能及其在生物体中的作用,从而推动与基因功能相关的研究和疾病分析。可以说,参考基因组不仅在基础研究中具有重要意...
清华大学刘万里团队等揭示IgG1进化及其在抵御病原体中的作用
最后,通过调查千人基因组中与G396R变异体紧密连锁的9个单核苷酸多态性位点(SNP),发现这9个SNP的分布与IgG1-G396R高度相似,而且这9个SNP均存在于Vindija和Chagyrskaya尼安德特人基因组中。这些古基因组分析和对东南亚主体人群和周边岛屿的土著人群的研究结果表明,IgG1-G396R变异体可能是在尼安德特人单倍...
广东宠孚生物科技申请一种犬常见遗传病的复合扩增引物组合、检测...
所述引物组合能够在复合扩增体系中同时扩增出上述十个犬基因位点的核苷酸片段,令用户通过扩增产物的长度即可获知所述SNP的分型状况,无需进行高成本的基因测序也能够获知犬只是否隐性的遗传病基因。所述检测试剂盒能够用于检测已知突变,优点包括操作简单、快速,对仪器要求低,对操作人员技术要求低、花费少,无需将样品...
【陈巍学基因】视频130:发现和确认 TLR9 通路在记忆形成过程中的...
“PNN”是peri-neuronalnets的首字母缩写,“神经周围网络”的意思。而近期的基因表达,主要是免疫反应的基因,包括核酸感知、和细胞因子释放。这里,左边是差异表达基因的火山图,右边是显著表达差异基因表。从显著差异基因表中,可以看到Tlr9这个基因的表达差异的显著程度是很大的。Tlr9基因的全名是“TollLike...
...菌”?Nature Medicine最新研究揭示肠道微生物SNP与宿主BMI的关系
单核苷酸多态性(SNP)主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。全基因组关联研究(GWAS)是指通过扫描参与者基因组中数百万个单核苷酸多态性(SNPs),以寻找与疾病风险或其他性状相关的变异。这里则是将GWAS应用于人体微生物的基因变异与人体疾病的关联。
...转录组关联研究为香榧仁油和脂肪酸的生物合成调控提供了新的思路
研究者从34个转录本中鉴定出41个snp,通过TRAS(?log10(P)大于6.0)(www.e993.com)2024年10月10日。结果表明,含LOB结构域蛋白40(LBD40)和过量位点蛋白1(SURF1)可能分别间接参与了油脂和坐骨酸的生物合成调控。此外,过表达TgLBD40显著提高了种子含油量。TRAS发现的TgLBD40编码区的非同义变异可以改变植物的含油量。Pearson相关分析和双荧光...
从菌株之间的相互作用,解析控制着微生物群落的生态进化动态
最后,我们的结果提出了一个关于监测微生物群落组成的适当水平的问题。一方面,我们的结果表明,相距100个SNP的菌株可以具有独立的生态动力学和相互作用,因此代表了不同的生态变量。另一方面,与以前的工作一致,我们的结果还表明,即使在相同的非生物环境条件下,菌株的存在在社区中也有很大差异。因此,粗粒度组合(例如...
iMeta | 上海市食药检院/美吉生物-??MIST: 可交互微生物鉴定和...
MIST系统可利用扩增子序列进行微生物鉴定,利用WGS数据可进行微生物鉴定、MLST分型和SNP源跟踪。在我们的系统中,WGS微生物鉴定流程的一个重要潜在用途是鉴定受污染的序列或宏基因组样本。现有分析方法鉴定环境微生物污染样本的能力十分有限,本系统在加快临床实验室病原体检测方面具有重要价值。
Cancer Cell:顾伟实验室长文总结p53领域45年研究进展
肉瘤和胶质母细胞瘤中MDM2基因的扩增就是一个显著的例子。除了扩增之外,MDM2的T309GSNP和p14ARF的缺失都会增强肿瘤中MDM2对WTp53的抑制。许多致癌病毒(例如SV40、EBV和KSHV)通过抑制p53来转化细胞。WTp53会通过多种机制错误折叠成pseudo-mutant。除了直接抑制p53外,p53下游效应分子的抑制也会损害WTp53的肿瘤...
Cancer Cell:顾伟/刘彦卿等2万字长文综述全面总结p53领域研究进展
P72R多态性是p53研究最广泛的SNP。与R72变体相比,P72变体诱导细胞凋亡的能力较弱,因此与R72变体相比,其个体寿命更长,但癌症死亡率更高。然而,也有报道称,携带R72变体的小鼠比P72的小鼠表现出更高的代谢功能障碍倾向,但它们也表现出雌性胚胎着床率的提高。p53基因中还有一些种族特异性的SNP,可能影响疾病易感性和治...