Nat Commun | 基于单细胞和空间转录组学分析构建NSCLC免疫和非...

此外,虽然单细胞转录组测序(scRNA-seq)可以在组织内高分辨率地识别细胞类型及其状态,但仍缺乏精确定位其空间分布或捕获局部细胞-细胞相互作用以及介导这些相互作用的配体和受体的能力。来自英国Sanger研究所等单位的研究团队在NatureCommunications发表了题为“Single-cellandspatialtranscriptomicsanalysisofnon-small...

【陈巍学基因】视频125:Visium HD 高分辨率空间转录组技术

它是老版Visium空间转录组的升级版。它的分辨率更高,它名字里的“HD”就是指高分辨率的意思(highdefinition)。具体说就是空间的分辨率达到2微米的水平。老的Visium所用的芯片,每个点的直径是55个微米,相邻的两个点的圆心之间的距离是100个微米。而细胞的直径一般在几个微米的这个数量级,也就是说,第一代Visium...

Nature:王凌华团队等通过单细胞和空间转录组揭示肺腺癌最早的细胞...

空间转录组测序数据也呈现出和人肺腺癌样本的空间转录组数据相似的特征,即小鼠肿瘤组织和肿瘤周围邻近组织中存在高水平的KACs特征基因的表达。基于这些结果,研究者提出并进一步解答了两个关键的科学问题:小鼠KACs来源于何种细胞?以及KACs是否参与早期肺腺癌的发生?肺腺癌患者以及小鼠模型的单细胞RNA测序数据的拟时分析结...

Nature重磅综述 |关于RNA-seq,你想知道的都在这

short-read测序是检测和定量转录组范围基因表达的最常见方式,部分原因是因为它比表达芯片更便宜、更易于应用,但更主要的是它可以获得全转录组水平高质量的表达数据。采用Illumina的short-read测序做DGE分析的核心步骤包括RNA提取,cDNA合成,接头连接,PCR扩增,测序和数据分析(图一)。由于mRNA片段化和基于beads的文库纯化过...

科学家开发三维人脑类器官筛选系统,将自闭症研究提至新高度

单细胞转录组测序技术，是一种在近年来得到快速发展的基因组学技术。它可以全面、定量地针对细胞类型、细胞状态、细胞内的生物学通路，在单细胞水平上开展分析，从而提供大量的生物学信息。在CHOOSE系统的帮助之下，可以一次性针对大量基因同时进行深入、全面的表型分析，从而大大加速对于致病基因的研究速度和研究深度。...

解决细胞的“哲学三问”:科学家研发多组学谱系追踪技术,构建高效...

其中的一个里程碑突破诞生于2015年(www.e993.com)2024年11月3日。艾伦·克莱因()教授,也就是在哈佛大学期间的博士后导师,开发出第一个基于微流控技术的高通量单细胞测序技术,并和其他学者一起揭示了多个物种在早期胚胎发育过程中的细胞状态及其随时间的变化。2017年,人类细胞图谱计划应运而生,旨在测量人体里所有细胞的转录组状态,...

对话华夏基金陈斌:“A拆A”活跃背后,中国股市的中等公司陷阱

现在不光是高通量测序,还有单细胞测序、空间转录组,我们能在更细的层面上观测到很多以前观测不到的东西。生命科学一定会从单靶点knockin、knockout验证的方式,进步到一个系统生物学的角度,从整个系统的角度观察到一些涌现。现在AI语言大模型老会提涌现,其实生命现象也是一堆化学反应的涌现。病理、生理,...

单细胞转录组测序助力解析小鼠不同器官γ δ T细胞异质性图谱

5.基于单细胞ATAC测序探究组织特异性的γδT细胞染色质可及性图谱Figure5.基于单细胞ATAC测序分析γδT图谱特征由于高通量单细胞转录组在检测低丰度基因包括转录因子上的不足,而开放区染色质可及性可能在基因转录之前就已经完成,因此ATAC测序对未来基因的转录活性具有预测价值。因此,这里作者同时对胸腺、...

为何说这项研究堪比“基因组测序”?蒲慕明院士:中国在猕猴脑科学...

据介绍，研究利用我国自主研发的超高精度大视场空间转录组测序技术Stereo-seq和高通量单细胞核转录组测序技术DNBelabC4snRNA-seq，采集了3只猕猴左半脑的161张厚度为10微米切片的空间转录组数据。“只采集左半脑，首先从科学逻辑角度上说，符合采样需要，而基于目前的研究发现，左右半脑差异不大；再者也出于技术和...

BIO Integra:单细胞RNA测序分析揭示了不同的人类自身免疫性疾病中...

自身免疫性疾病是一类因健康细胞、组织或器官受到异常的免疫攻击所引发的一组疾病,单细胞RNA测序技术(scRNA-seq)或能提供单细胞分辨率的转录组信息,从而为研究人类的自身免疫性疾病提供一种新方法,然而,大多数的单细胞RNA测序研究往往只关注一种自身免疫性疾病。