高通量测序揭示结直肠癌突变特征!

针对肿瘤细胞突变的特点,作者采用了定制的测序文库制备和分析策略,结合了UMI(唯一分子标识符)和样本条形码,确保了高质量的测序数据生成。通过这些微观机理的表征,作者得到了260,922个细胞的突变数据,进而挖掘了不同样本间的突变负担差异。这些数据为作者理解正常细胞与肿瘤细胞之间的遗传变异提供了重要依据,揭示了肿瘤进展...

Cell|临床级FFPE样本空间全转录组测序技术

Patho-DBiT通过对完整mRNA、缺失poly(A)尾的片段化mRNA、各类大/小非编码RNA、剪接异构体以及携带单核苷酸变异(SNV)的前体RNA进行空间条形码标记,精确解码了FFPE复杂组织中丰富的RNA生物学信息,包括单细胞级mRNA图谱、非编码RNA表达、可变剪接、遗传变异、microRNA调控及RNA动态变化等(图1)。图1.Patho-DBiT技术流...

【单细胞测序系列】转录+蛋白组protein-RNA single-cell analysis...

5.单细胞蛋白-TTA测序与一般scRNAseq在基因水平上识别Treg的能力相当以往单细胞测序Treg细胞群标志基因:FOXP3,HELIOS(encodedbyIKZF2),IL-2RA,CTLA-4orTIGIT,在本TTA+AbSeq方案中都被检测到,幼稚Treg簇,其特征是典型的幼稚T细胞标记物CD45RA的表达升高,同时CD45RO的低表达。6.发现Treg分化标志基因...

新里程碑!实测样本超5000例, VITA产品开启全球微生物单细胞测序新...

单细胞转录组测序(scRNA-seq)技术作为基础科研利器,在真核细胞系统中取得许多重要发现,但在细菌单细胞研究层面,由于裂解困难、RNA上poly(A)的缺失,单细菌转录研究成果相对缺乏。人体的健康和疾病与体内数万亿个共生微生物密切相关。攻克细菌单细胞测序研究的难点,成为大家渴望突破的挑战。2022年3月,M20Genomics推出...

单细胞测序?解决方案来了!

表1:因美纳基因测序仪的单细胞RNA-Seq样本通量a.按每个样本含5000个细胞,每个细胞测2万读数对计算;包括38个额外循环,可支持唯一分子标记(UMI)。实际情况中,每个样本包含的细胞数量和每个细胞的测序深度应取决于具体应用和样本类型b.P1试剂是质量控制实验的不错选择...

Sci Adv:单细胞RNA测序和空间转录组学绘制金鱼端脑细胞类型图谱

单细胞RNA测序(scRNA-seq)能够完全基于全基因组基因表达谱(转录组)来比较不同物种间特定组织细胞类型的分子相似性和差异(www.e993.com)2024年11月14日。而空间转录组(ST)可以保留mRNA分子在组织中的位置信息,并实现基因谱的空间定位。本研究结合这两种技术,生成了金鱼端脑的空间注释细胞类型图谱(图1A)。

MobiNova-100单细胞测序建库系统-墨卓生物-新品

MobiNOVA-100单细胞测序建库系统墨卓MobiNova-100单细胞测序建库系统,采用分子标签(barcode)的单细胞识别,利用分子标签和油包水技术,通过优化微流控芯片的设计和仪器控制,在液滴生成时稳定实现细胞分离和微球、试剂、细胞的共包裹达到较高的细胞捕获率。MobiNova包含完整的单细胞测序解决方案,包括MobiNova-100仪器,Mobi...

发布会专访 | 重磅!被Nature及Nature Methods等评为关键技术之一...

同时,从性能上看,百创S3000芯片的发布,也将进一步加强百创产品“原片无错高清H&E+原片无错荧光+原片测序”的效果,“三片合一”实现更加精准的细胞分割,将空间转录组推进到单细胞分辨率的领域,使空间组学性能更进一步。“三片合一”专访发布会后,我们对百迈客生物总裁郑洪坤、中国科学院北京基因组研究所于军研究...

QB | 前沿研究:单细胞表达谱测序平台间的数据处理评估

综上所述,UMI-tools在不同测序平台数据上均呈现出最好的灵敏度与最多标志基因,另一方面,CellRanger在准确性上是三款软件中表现最好的。该研究针对单细胞测序最常见的两类测序平台以及三款处理软件进行了组合评估,从而为不同的研究策略提供测序与分析的指导,同时也为后来的测序评估工作提供了分析框架。

NC 发文:不限样本,M20 单细胞 lncRNA 测序来了

对FFPE肝癌标本进行snRandom-seq检测,获得了较高的基因数和UMI数,并鉴定出肝脏的主要细胞簇(图6b,c)。lncRNA在以往单细胞转录组研究中总是被忽略。snRandom-seq数据中肝细胞簇显著表达lncRNA,且不同肝细胞簇表达的lncRNA存在差异,提示可能存在不同的发病机制(图6d)。snRandom-seq具有全长转...