谷歌DeepMind再登Science:用AI预测基因突变致病性,PK人类专家=89...
一句话总结,AlphaMissense的主要能力,就是预测人类基因组中所有可能的错义突变是致病性的还是良性的。如何做到——AlphaMissense基于DeepMind的蛋白质结构预测模型AlphaFold打造。研究人员用人类和灵长类变异频率数据库对AlphaFold进行了微调。具体而言,自然界中的常见变异可以视作对生物无害的变异,而未曾在数据库中出现...
Nature Methods | 基因变异与蛋白质功能的动态链接:G2P平台推动...
ClinVar变异:临床意义为致病/可能致病(PLP)的变异更多地映射在PDB结构上,比例为14.5%,而AlphaFold结构上仅为10.2%。同样,高置信度的致病突变更多出现在PDB结构中。HGMD变异:高置信度的疾病相关突变有78%映射到PDB结构,而AlphaFold结构上仅有72%。不同变异类型在三维结构中的分布:无论是gnomAD、ClinVar还是HGMD,...
美国HR+/HER2-转移性乳腺癌患者PIK3CA、AKT1、PTEN变异检测模式和...
PIK3CA/AKT1/PTEN变异是HR+/HER2-转移性乳腺癌(mBC)常见的基因变异之一,目前已有多种靶向治疗药物以此为靶点正在开发中或已开发上市。然而,当前在美国对于HR+/HER2-转移性乳腺癌的NGS检测率、基因变异发生率以及其他生物标志物(如ESR1、BRCA1、BRCA2)共变异发生率的了解尚不充分。因此,2024年美国临床肿瘤学会(AS...
首例:林奇综合征相关子宫内膜癌检出新发可能致病性MSH2胚系变异
MSH2基因中最常见的胚系变异是点突变(无义、错义或高度保守剪接位点AG/GT突变),随后是缺失/小插入,有时甚至会出现8号外显子倒位。MSI和/或MMR蛋白表达缺失检测(dMMR,根据肿瘤组织的免疫组织化学[IHC]染色)仍是识别高风险患者的首选检查。与CRC类似,携带MSI或dMMR的EC患者具有更好的预后:MMR缺陷与晚期患者较...
揭示KMT2D基因变异与先天性心脏病的关联
结果显示,22名(95.7%)Kabuki综合征患者中检测到KMT2D基因的致病变异,这些变异包括14个移码突变、6个无义突变、1个错义突变和1个剪接位点突变。特别地,c.15461G>A变异是最常见的(占比14%),随后是c.7144C>T(占比10%)。这一发现与之前的研究结果相一致,强调了KMT2D基因在Kabuki综合征发病机制中的核心作用。
...浙江大学良渚实验室沈宁团队发布多维注释多类别变异致病性...
这里加入gnomAD中罕见良性变异是为了消除原有ClinVar中数据中可能存在的bias,即数据中人群等位基因频率与变异致病性高度相关(www.e993.com)2024年10月16日。第二步,研究团队使用Oba等人提出的基于贝叶斯PCA的缺失值估计方法对经过注释的数据进行缺失值填补并通过一系列条件进行过滤筛选得到候选训练数据集,应用特征工程将特征数量扩充至3,000个以上。
NSCLC检测的DDR基因是个啥?竟与放疗、免疫治疗疗效相关
本回顾性研究的数据表明,在4期NSCLC患者中,DDR通路基因致病性变异可能与放疗和免疫检查点抑制剂(ICI)疗效更高有关。DNA损伤修复(DDR)基因突变是癌症的标志之一,与癌细胞对某些疗法的敏感性较高有关。本研究旨在评估在晚期非小细胞肺癌(NSCLC)患者中,DDR致病性变异与治疗效果的相关性。对2015年1月至2020...
25%概率生育患儿 遗传专家告诉你单基因遗传病携带者筛查的重要性
什么是单基因遗传病携带者筛查?单基因遗传病携带者筛查是指针对没有明显遗传疾病表型的个体或者育龄夫妇进行常见的常染色体隐性和连锁隐性单基因遗传病的基因检测,以发现受检者是否携带目标基因的致病性或可能致病性变异,评估受检者夫妇生育隐性单基因遗传病患儿风险,在孕前/孕早期健康、无遗传病家族史的夫妇中找出高风...
为胎儿健康保驾护航 无创产前基因检测升级
染色体微缺失微重复综合征(又称为染色体致病性拷贝数变异pCNV),这类疾病是导致先天畸形、智力障碍等出生缺陷的重要遗传病因之一。在孕妇群体中胎儿携带pCNV的比例高达1.6%-1.7%,远高于21、18、13-三体综合征的0.2%的发病率。且与孕妇年龄无关,除了常规产检无法查出外,这些疾病多数为新发突变,只有少数是遗传导致的...
健康夫妻生育宝宝,为何也要做这个筛查
什么是单基因病携带者筛查单基因病携带者筛查是一种检测父母是否携带可能导致后代出现特定单基因隐性遗传病的技术。单基因隐性遗传病,主要是由子代遗传了双亲均携带的致病性变异基因所引起,通常会在家族中遗传。单基因隐性遗传病患儿多为表型正常的父母所生,所以不易被察觉。因此,针对准爸爸准妈妈是否携带致病性变异的...