AI+Science新视野:用物理信息引导AlphaFold 2预测蛋白质动力学
图1:研究方法示意图:根据物理知识筛选MSA中的序列,引导AF2预测蛋白质的不同构象状态。2.蛋白质折叠的能量面与阻挫美国国家科学院院士、莱斯大学的PeterG.Wolynes教授(本文的合作者之一)及其同事在20世纪80年代提出的蛋白质能量面理论,为预测蛋白质结构与动力学提供了基本的物理学原理:蛋白质折叠可以被看作是...
Nature:姜道华团队揭示磷酸外排蛋白XPR1转运和调控的分子机制
多磷酸肌醇浓度降低,SPX结构域呈动态构象,XPR1的C-loop结合在位点一附近并限制磷酸根进入蛋白通道入口;当细胞内磷酸根浓度升高时,多磷酸肌醇浓度升高,SPX结构域结合多磷酸肌醇并转换为稳定构象,稳定状态的SPX结构域与C-loop相互作用,使其远离磷酸根入口,从而促进磷酸根的外排(图2)。
国内首家!独特结构的弹性蛋白出现了!
典型如先进再生医学开发的独家二级结构折叠技术,该公司研发团队借助于领先的AlphaFold3技术,对弹性蛋白的结构进行了广泛的解析预测与深入研究,同时引入PyMOL进行分子模拟和结构可视化,并通过实施定点突变技术等,最终成功设计制备出具有仿生天然弹性蛋白弹性关键结构域的三维交错构型嵌合的β-螺旋“类弹簧”结构。独家序列编排...
《食品科学》:宁夏大学李亚蕾教授等:牛HSPA6蛋白特性分析及蛋白...
牛HSPA6蛋白包含N-端核苷酸结合域(NBD)和C-端底物结合域(SBD)两个重要且独立的结构域。NBD又称为ATP酶结构域,约44kDa,可以结合并水解ATP;SBD称为肽结合域,约28kDa,具有蛋白酶敏感位点的中间域和结合延伸的多肽。牛HSPA6蛋白的两个结构域可以进行变构耦合,NBD和SBD之间有一个灵活的含结构域的蛋白酶敏感位...
AFM|医科院王洪亮/叶军/刘玉玲:丝素蛋白多功能水凝胶促进组织修复...
基于丝的支架以各种形式开发,从薄膜/涂层到3D生物打印基质,以支持器官特异性要求。B)提出了丝弹性蛋白样蛋白质聚合物的两步自组装。步骤1:胶束状颗粒的自发形成。步骤2:颗粒的热响应自组装成可逆凝聚物或不可逆凝胶状态。图2.丝素蛋白(SF)的链构型和构象示意图。a)SF重链一级结构的示意图。a)12个结晶结构域...
「蛋白偶联」创新:细胞因子只是开始,PEG/mPEG修饰才是未来
图注:聚乙二醇修饰蛋白示意图资料来源:键凯科技招股说明书从蛋白质PEG修饰到mPEG修饰,如今在该领域范围内,已经有了许多蛋白质的聚乙二醇化修饰物作为药物取得了较好的结果,可行性上得到了充分验证(www.e993.com)2024年9月7日。1991年,第一种经聚乙二醇化修饰的蛋白质类药物PEG-腺苷脱氨酶被FDA批准上市,用于治疗一种严重的儿童免疫缺陷症;...
STM:突破血脑屏障,阻止认知衰退!全新技术破解递送难题
因此在这项实验中,研究团队使用MAPLEX,装载的货物蛋白是dCas9蛋白复合物与DNA甲基转移酶3A催化结构域(D3A)的融合蛋白,其中dCas9还结合了靶向Bace1基因的单向导RNA。由此,完整的货物蛋白称为sgBace1-dCas9-D3A。▲MAPLEX系统能够对阿尔茨海默病小鼠模型进行体内的基因重组(上)与表观遗传(下)编辑(图片来源:参考资料...
通过稳定参与融合蛋白结构转化的区域来设计通用副粘病毒疫苗
RV3F胞外结构域的示意图,用于筛选头部结构域中的稳定取代。域组织采用颜色编码,并标明起始和结束残基编号。显示了N-连接糖基化位点的位置。B、C使用固定化PIA174通过生物层干涉法(BLI)测量上清液中preF蛋白变体的表达。结合开始时的初始斜率V0绘制为三个独立转染的平均值;显示的是平均值,误差线表...
中国科大在Ephexin家族蛋白自抑制与激活的机制研究中取得进展
Ephexin家族蛋白氨基端的IH自抑制多肽序列“LY220Q”中的Tyr220据报道能够被Src等酪氨酸激酶磷酸化。结构分析及生化实验证实这一磷酸化将大大降低抑制多肽与DH结构域的相互作用,从而打开自抑制构象(图2)。重要的是,上述两种Ephexin4的激活机制在细胞里也是同样的工作机制。进一步研究表明,Ephexin家族其他蛋白以及另一...
Nat Commun︱国家蛋白质科学中心(北京)人工智能研究团队基于深度...
“模拟敲除”探索去泛素化酶-底物相互作用的结构基础蛋白质之间的相互作用往往由特定结构域和motif介导。作者基于TransDSI模型发展了一个可解释性模块,通过观察敲除特定序列片段对“TransDSI分数”的影响,在预测去泛素化酶-底物相互作用的同时推测决定相互作用的关键区域(图3a)。