Nat Biomed Eng | 谢琦/曹龙兴团队联合开发基于从头蛋白质设计...
该研究基于计算蛋白质设计的方法从头设计并筛选得到了针对胶质母细胞瘤表面的高表达的肿瘤抗原EGFR和CD276两个靶点高亲和力的迷你结合蛋白(Binder)CAR结构,同现阶段临床实验中的相同靶点的scFvCAR结构相比较,在临床前模型中BinderCAR显著提高了CART疗法对于胶质母细胞瘤的治疗效果。研究团队开发了一套使用Binder代替...
Nature︱细胞内的“搬运工”:揭秘蛋白质定位调控的新策略
图1:a.通过TRAM的蛋白质转运偶联实现亚细胞核质靶向定位控制示意图。b.TRAM1的结构。c.用于产生稳定细胞系以研究NMNAT1定位控制的病毒构建体。d.TRAM1介导形成复合物。e.由TRAM1驱动的NMNAT1重定位。当同时研究两种蛋白质时,核质转运的量化传统上通过一组代表性图像的共定位度量来完成。而一个开源的计算成...
2024年诺贝尔化学奖揭晓!揭开蛋白质折叠的秘密
当地时间10月8日,瑞典皇家科学院宣布,将2024年诺贝尔化学奖授予三位科学家,一半奖金授予戴维·贝克(DavidBaker),以表彰他在“计算蛋白质设计”方面的贡献,并将另一半奖金授予德米斯·哈萨比斯(DemisHassabis)和约翰·江珀(JohnM.Jumper),以表彰他们在“蛋白质结构预测”方面的贡献。三位科学家简介戴维·贝克1962...
...金坚合作开发靶向乙酰化阅读器蛋白ENL的高效特异性蛋白质降解剂
图1.MS41是高效且特异的ENL蛋白降解剂。(A)MS41的化学结构以及降解ENL蛋白的示意图。(B)在MV4;11和Jurkat细胞中检测ENL和β-Actin表达水平的免疫印迹。(C)MS41在MV4;11和Jurkat细胞中的DC50和Dmax值。(D)MV4;11细胞中的定量蛋白质组学分析。(E)MS41在人类白血病细胞系中的生长抑制曲线。(Credit:Science...
中国科大解析Lon蛋白酶的完整三维结构并揭示其底物识别与转移的...
LonAAA+蛋白酶(LonA)是一种在原核生物和真核生物细胞器中保守的ATP依赖性蛋白酶。LonA组装为同源六聚体,每个单体都包含一个N端结构域、一个中间ATP酶结构域和一个C端蛋白酶结构域。LonA通过降解受损或错误折叠的异常蛋白质在细胞蛋白质稳态中发挥重要作用,从而防止这些不需要的蛋白质种类形成有毒聚集体。LonA还...
“搭积木”,造疫苗,猴痘mRNA疫苗可以“一箭三雕”!
这种方案就像“搭积木”一样，根据蛋白质的三维结构，把多个蛋白质分子组合拼接成一个更大的蛋白质，既像孔明锁积木一样相互嵌合、锁定成一个稳定的结构，又像乐高积木一样在不同蛋白质的结合面上利用各种化学键进行加固(www.e993.com)2024年11月24日。这种基于蛋白质结构的疫苗设计策略被称为结构疫苗学。搭积木造疫苗示意图（图片来源：左图...
GPT-4无师自通预测蛋白质结构登Nature子刊,LLM全面进军生物学...
新智元导读距离GPT-4首次发布已经过去了将近一年半的时间,Nature最近发表的一篇报告却探索出了这个「过气」模型的新用途——氨基酸和蛋白质的结构建模。提到AI4Science,尤其是AI在生物学领域的应用,DeepMind的AlphaFold已经成为了「出圈」的代表作,是生物学和计算交叉融合的里程碑。
AlphaFold为什么能精准预测蛋白质结构?
AlphaFold预测蛋白质基本原理图2是AlphaFold2深度学习模型架构示意图。最左边的输入表示需要被预测结构的序列(inputsequence);旁边画了一个小人,代表人类的某种蛋白质。图2:AlphaFold2深度学习模型架构图丨图源:参考文献[5]接下来,这个输入序列被转换成两种不同的信息,传入后面的神经网络进行迭代和学习。第一...
克隆与表达干货4-Western Blot检测蛋白表达
图2.转膜三明治结构示意图2.6封闭当观察到PVDF膜上面有Marker条带，且凝胶上没有蛋白Marker的残留，表示转膜成功了，就可以进行封闭处理了。杂交膜上有很多非特异性的蛋白质结合位点，用惰性蛋白质或非离子去污剂封闭膜上的未结合位点，可防止这些位点与抗体结合引起非特异的染色和背景。封闭剂应具备封闭所有未...
上海交大洪亮课题组发表基于微环境感知图神经网络构建指导蛋白质...
近日,上海交通大学自然科学研究院/物理与天文学院/张江高等研究院洪亮课题组设计了一种微环境感知图神经网络(ProtLGN),能够从蛋白质三维结构中学习有益的氨基酸突变位点,建立自然选择下的氨基酸序列分布,用于指导蛋白质氨基酸位点设计,最终实现蛋白质指定功能的提升(定向进化)。课题组通过生物化学室实验证明,这是一个通用...