人类首张剪接体结构图谱绘出为理解复杂精密分子机器提供新视角

他们成功绘制出人类剪接体的第一个详细结构图谱,为理解这一复杂且精密的分子机器提供了新视角,并为开发新的治疗方法铺平了道路。剪接体被称为细胞内的“剪辑大师”。它的主要职责是在DNA转录过程中精细地编辑遗传信息,从而使单个基因能够编码不同版本的蛋白质。据估计,大约90%的人类基因需要经历剪接体的加工。如果...

人类首张剪接体结构图谱绘出

他们成功绘制出人类剪接体的第一个详细结构图谱,为理解这一复杂且精密的分子机器提供了新视角,并为开发新的治疗方法铺平了道路。剪接体被称为细胞内的“剪辑大师”。它的主要职责是在DNA转录过程中精细地编辑遗传信息,从而使单个基因能够编码不同版本的蛋白质。据估计,大约90%的人类基因需要经历剪接体的加工。如果...

...Methods | 揭示糖基化奥秘:GlycoShape工具助力精准糖蛋白结构...

图中展示了通过分子动力学模拟采样获得糖链结构的方法,用户可以通过集成的工具(例如SugarDrawer)绘制糖链或通过不同命名格式(如IUPAC、WURCS等)检索糖链,并将其与目标蛋白质结构连接。图中还展示了使用Re-Glyco算法重建糖蛋白的三维结构,以及通过GlcNAcScanning工具评估N-糖基化位点的占据情况。GlycoShape的功能与应用...

不用冷冻电镜,学会它你也能分分钟成为结构生物学大佬

点击红色方框中的「A,S,H,C」,分别代表Action,Show,Hide,Color能够对蛋白结构进行编辑调整。图片来源:作者自制Action:对蛋白结构进行加氢原子、复制和删除等操作。Show:将蛋白结构以cartoon、line、stick、sphere、surface、mesh、dots和ribbon等多种形式展示。Hide:根据蛋白结构的状态进行隐藏。La...

4000万蛋白结构训练,西湖大学开发基于结构词表的蛋白质通用大模型...

图左和图中是两种经典的蛋白质结构建模方式,即将结构信息编码成bias后添加到transformer的attentionmap中(如Evoformer,Uni-Mol),或者使用图神经网络的方式建模蛋白质的空间关系(如MIF,GearNet等)。然而从loss图中可以发现,当上述两种建模方式在AF2结构上使用MLM的训练目标进行预训练时,模型会非常迅速地过拟合(表现为...

AlphaFold为什么能精准预测蛋白质结构?

AlphaFold预测蛋白质基本原理图2是AlphaFold2深度学习模型架构示意图(www.e993.com)2024年11月8日。最左边的输入表示需要被预测结构的序列(inputsequence);旁边画了一个小人,代表人类的某种蛋白质。图2:AlphaFold2深度学习模型架构图丨图源:参考文献[5]接下来,这个输入序列被转换成两种不同的信息,传入后面的神经网络进行迭代和学习。第一...

质谱技术揭秘蛋白质:从结构到功能的深度解析

质谱技术可以帮助我们研究蛋白质的修饰,如磷酸化、甲基化、糖基化等。通过质谱分析,我们可以确定修饰位点和修饰类型,从而了解修饰对蛋白质功能的影响。4.蛋白质结构研究:质谱技术与其他结构生物学方法(如X射线晶体学和核磁共振)结合,可以用于蛋白质的结构研究。质谱数据可以提供关于蛋白质的碎片离子和氨基酸序列的信息...

不只是 AlphaFold!一文读懂蛋白质折叠的前世今生

类似地,一长串氨基酸分子在自发折叠成其特定形状(生物学家将其称之为结构)之前没有任何功能。蛋白质的结构决定了它如何与其他分子结合或相互作用,因此也决定了它在细胞中的作用。图|蛋白质结构水平(来源:MarkBelan)地球上已知的蛋白质有数亿种,未知的也有很多。它们承担着各种各样的功能:血红蛋白和肌红蛋白将...

不只是AlphaFold!一文读懂蛋白质折叠的前世今生:从“不可能”到...

类似地,一长串氨基酸分子在自发折叠成其特定形状(生物学家将其称之为结构)之前没有任何功能。蛋白质的结构决定了它如何与其他分子结合或相互作用,因此也决定了它在细胞中的作用。图|蛋白质结构水平(来源:MarkBelan)地球上已知的蛋白质有数亿种,未知的也有很多。它们承担着各种各样的功能:血红蛋白和肌红蛋白将...

Cell | 结构之美:探索结构生物学的真相与幻象

结构是模型,非实验现实AlphaFold2的影响与局限AlphaFold2的出现标志着结构生物学领域的一个重大突破,提供了一种通过人工智能预测蛋白质结构的方法。尽管AlphaFold2在蛋白质结构预测方面取得了显著成就,但我们必须认识到,这些结构仍然是基于计算模型的预测,而非直接从实验数据中获得。这意味着,尽管这些模型在结构预测方面...