【深度解读】肺癌脑转移中的遗传异质性如何重塑免疫微环境?
GSEA分析发现在高ITH组高的脑中,两个抗原呈递途径,胞质DNA感应途径和内吞途径显著低活动(图6C);相反,细胞周期和DNA复制途径的活性显著升高(图6D)。有趣的是在低ITH组中,免疫抑制性免疫检查点分子CTLA-4和PD-L1表达均上调(图6A),通过mIHC验证了这一结果(图6B)。基于这些结果,研究人员认为,高ITH(高肿瘤内遗传...
存放几十年老样本重见天日:科学家研发单细胞DNA测序法,可用于研究...
近日,他和合作者研发一款高通量单细胞DNA测序方法——“Arc-well”。图|王开乐(来源:)这是第一个能对福尔马林固定石蜡包埋(FFPE,Formalin-FixedParaffin-Embedded)组织进行测序的方法,能同时对数千个细胞进行基因拷贝数进行分析,填补了利用单细胞DNA测序对FFPE样本进行大规模基因组分析的空白,使得存放几...
Science |纳米孔测序揭示人类端粒长度与生俱来,且具有染色体特异...
为确定人类是否具有染色体末端特异性端粒长度,研究团队分析了来自二倍体HG002细胞系的端粒,从HG002细胞系中分离DNA,并对端粒进行测序,将平均总长度为16.4kb的reads映射到HG002参考基因组中,共有77个染色体末端通过质量筛选。结果显示,每条染色体的末端表现出不同的端粒长度分布;端粒中位长度为4.7kb,有66个端粒的长...
Nature子刊:何川团队开发超快速精准检测微量DNA与RNA中5-甲基胞...
研究人员用UBS-seq对HeLa和HEK293T的mRNA进行了测序,发现了近两千多具有保守序列模式的位点(图2d)。随着NSUN2基因敲除,绝大多数m5C位点的修饰比例下降(图2e)。当把NSUN2的基因再转入敲除的细胞后,m5C位点的修饰比例又回升了(图2f)。这些结果证明了m5CUBS-seq方法不仅非常灵敏高效,而且非常准确。为研究m5C的生...
SOFT研究基因组测序揭示HR+/HER2-年轻乳腺癌的基因组特征
4.同源重组缺陷(HRD)的基因组特征通过eHRDetect算法分析HRD特征,68个可评估的肿瘤中有21个测试呈阳性。在21例eHRDetect-阳性肿瘤患者中,只有4例患有BRCA2基因胚系突变,1例患有BRCA1基因胚系突变(5/21,24%)。未发现PALB2、RAD51C或RAD51D基因的胚系突变(图4A)。SigMA的结果与eHRDetect一致。
从Q30到Q40——高通量测序技术正在发生变革吗?
除了能够降低试剂浓度(从而降低运行成本)外,亲和力测序比SBS更准确,在均聚物区域尤其具有优势(图2)(www.e993.com)2024年9月8日。较高的准确性可能是几个因素的结果:??使用工程高保真聚合酶??多个核苷酸在单个亲和子上的协同结合,以确保只有正确的同源亲和子与polony结合??Polony内的非同期延伸的DNA拷贝由于缺乏其他非同期延伸的邻体...
...不香了?葛兰、吴兴武、陈启明都盯上了这只不足百亿的基因测序...
浓眉大眼龙头股不香了?葛兰、吴兴武、陈启明都盯上了这只不足百亿的基因测序公司中欧基金10月31日发布公告称,葛兰管理的两只产品——中欧医疗健康和中欧医疗创新参加了诺禾致源非公开发行股票的认购,认购数量合计188.86万股,总成本为3920.71万元,截至10月27日账面价值为3930.15万元。由此推算,定增的成本价约为20...
迄今最大全基因组测序数据公布!产业链受益上市公司梳理
基因测序产业链的上游为基因测序仪器、耗材和试剂的供应商,提供基因测序平台和解决方案,国内公司有达安基因(6.440,0.34,5.57%)、贝瑞基因(7.850,-0.06,-0.76%)、华大基因(37.100,0.50,1.37%)、华大智造(41.790,0.53,1.28%)等。中游为基因测序服务的提供商,向上游供应商支付设备及耗材的费用,向下游提供开发科研或临...
世界首次!不到20毫升血液,如何成就一项基础研究重大突破
Y染色体是人类24条染色体中最后一个完成测序的。图片来源:美国国家人类基因组研究所(NHGRI)也就是说,国际基因组计划用了30多年的时间才获得包括Y染色体在内的人类完整单倍体基因组序列。“唐尧”课题组同样拿到了这一结果。他们在世界上首次获得包括46条染色体的真实人类二倍体基因组序列(44+XY),能99.99%准确...
生命大科学:从微观到介观的组学研究
“人类基因组计划”就是生命组学“迭代”的典型:2001年2月,Nature杂志发表了人类基因组测序“草图”,它仅仅覆盖了人类基因组90%核酸序列;在2003年“人类基因组计划”正式宣布完成后,2004年10月在Nature杂志发表的论文也只给出了人类基因组常染色质区域内大约99%核酸测序结果;2022年4月,研究者在时隔基因组草图发表...