Science重磅:AI完成定向蛋白质进化,特性提升100倍

通过AlphaFold3对不同蛋白质的结构预测以及对模型关注残基的分析,研究团队发现,PsaCas12f中的K333V突变通过稳定结构和调节模板结合增强了活性,而T7RNA聚合酶中的E643G突变则显著减少了免疫反应。图|epT7在环状RNA生产及体内生物发光方面的应用不足与展望尽管EVOLVEpro展现了极大的潜力,但研究...

植物蛋白质互作筛选,这个验证成功率超过78%!

通过RFdiffusion、Foldseek、HDOCK和AlphaFold等工具的结合,能够在早期阶段快速预测出与诱饵蛋白可能发生互作的候选蛋白。多维度评估使得最终筛选出的互作蛋白更加可靠,提升了后续实验验证的成功率。2结构导向型的精确筛选本产品更多依赖蛋白质的三维结构进行筛选。结构相似性在跨物种或功能多样性大的蛋白质互作中的至...

中国科大在人类癌症细胞的多药耐药蛋白的结构和功能研究领域取得...

结构分析表明,apo-formABCC3结构呈现向细胞质基质开口(inward-facing)的构象:两个核苷酸结合结构域(NBD)彼此分开,两个跨膜结构域(TMD)形成一个朝向细胞质基质开放的“V形”底物转运通道。与经典的ABC转运蛋白不同,其N端有一个额外的五股跨膜螺旋组成的TMD0结构域。TMD0的五股跨膜螺旋聚拢在一起,形...

因为一个“很难,很重要的问题”,我从计算机转向研究蛋白质

DNA和RNA记录了我们的遗传信息,但真正在细胞里面执行功能的是蛋白质。蛋白质怎么去执行功能?它在细胞里面折叠成固定的三维构型,这个三维结构决定了它的功能,这也正是为什么我们想研究蛋白质的三维结构。这里展示了蛋白质结构与功能的三个例子。左边这幅图显示了新冠抗体和病毒刺突蛋白结合的样子,抗体通过和刺突蛋白结...

...Methods | 揭示糖基化奥秘:GlycoShape工具助力精准糖蛋白结构...

GlycoShape是一种开放访问的糖链结构数据库和工具箱,旨在帮助研究人员恢复和模拟糖基化后的蛋白质三维结构,从而更好地理解其在生物系统中的功能。GlycoShape数据库目前已包含超过500种独特的糖链,这些糖链主要来源于人类糖组,同时还包括一些其他哺乳动物、无脊椎动物、植物、真菌和细菌的糖链结构。这些糖链是通过累积1毫...

2024年诺贝尔化学奖官方解读:他们通过计算和AI揭示“蛋白质奥秘”

图1.蛋白质可以由几十个到几千个氨基酸组成(www.e993.com)2024年11月25日。一串串氨基酸折叠成三维结构,对蛋白质的功能起着决定性作用。(来源:ohanJarnestad)随后,研究人员主要使用X射线晶体学(通常需要付出大量努力)成功制作了约20万种不同蛋白质的图像,这为2024年诺贝尔化学奖奠定了基础。

中国科大揭示人类超长链脂酰辅酶A跨膜转运蛋白ABCD1的底物识别与...

图1.ABCD1功能缺陷导致X-ALD近日,陈宇星教授和周丛照教授课题组利用单颗粒冷冻电镜技术解析了人类超长链脂酰辅酶A转运蛋白ABCD1的无配基结合(apo-form)、底物结合以及ATP结合三种不同构象的蛋白质结构,整体分辨率分别为3.5、3.6和2.8??(图2)。基于蛋白质结构分析以及生化分析的结果,作者提出了ABCD1的底物识别与转...

Cell Press Live:蛋白质结构与功能预测及设计—新闻—科学网

8月22日(周四)晚19:00,CellPress细胞出版社旗下数据科学期刊Patterns将联合TrendsinBiotechnology(现已开始接收研究类文章)为大家带来本年度第四场CellPressLive线上讲座,主题为《蛋白质结构与功能预测及设计》。本次会议邀请到来自西湖大学的李子青、深圳湾实验室的周耀旗,复旦大学的朱山风、北京大学的张文...

分析蛋白质功能结构域的策略和步骤

蛋白质的功能结构域(Functionaldomains)是蛋白质序列中的特定区域,它可以独立地完成某种生物学功能。分析蛋白序列的功能结构域通常涉及以下几个步骤:1.序列比对使用如BLAST之类的工具,将目标蛋白序列与已知的蛋白数据库进行比对,寻找相似的已知结构或功能的区域。

清华大学药学院学者开发基于蛋白质语言模型的结构与功能预测方法

基于结构的方法如GraphBind利用图神经网络(GNN)来提取蛋白的序列和结构特征,并以此来识别蛋白质分子中哪些氨基酸残基与核酸的结合位置。然而基于结构的方法需要准确的蛋白质结构作为模型的输入,因此,目前基于蛋白质序列的DNA结合位点的预测仍然是一个具有挑战性的问题。