分析蛋白质功能结构域的策略和步骤
1.序列比对使用如BLAST之类的工具,将目标蛋白序列与已知的蛋白数据库进行比对,寻找相似的已知结构或功能的区域。2.域预测使用专门的软件工具,如Pfam、InterPro、SMART等,来预测蛋白序列中可能存在的结构域或功能域。3.三维结构预测如果可行,可以使用如Phyre2、SWISS-MODEL等工具来预测蛋白质的三维结构。这可以...
青科沙龙第118期 | Cell-叶绿体蛋白转运系统的结构与功能研究
这一系列研究不仅证实了Ycf2-FtsHi复合物的角色,更系统地揭示了陆生植物中转运系统及动力系统的组成、组装方式、运作机制及其协同作用的奥秘,为深入理解叶绿体蛋白的跨膜转运提供了坚实的理论基础与结构依据。闫浈团队乘胜追击,揭开了关于「马达」的更多真相——延续拟南芥的成功经验,他们通过对蛋白的纯化与...
病毒蛋白质三维形状竟藏未知作用之谜
现在,由珍妮弗·杜德纳博士领导的格莱斯顿研究所和创新基因组学研究所的一组科学家,运用计算工具,预测了近7万种病毒蛋白质的三维形状。研究人员把3D形状和功能已知的蛋白质结构相匹配。因为蛋白质的结构直接影响其生物功能,所以他们的研究为这些不太为人所知的蛋白质的具体作用,提供了新的见解。在他们的其他...
Cell Press Live:蛋白质结构与功能预测及设计
全世界最大的蛋白质数据库UniProt收录了大约2亿5千万蛋白序列,但是目前只有不到0.1%的蛋白质具有生化实验验证的基因本体(GeneOntology)功能标注。这凸显了开发高性能蛋白功能预测算法的重要性。现有方法主要关注蛋白质序列、网络及结构数据,而忽视了蛋白相关文献信息。然而目前大约82%的SwissProt蛋白已拥有专家标注的文献...
中国科大在人类癌症细胞的多药耐药蛋白的结构和功能研究领域取得...
基于蛋白质结构分析以及生化分析的结果,作者发现ABCC3具有一个双亲性的底物结合口袋,两个缀合的激素分子以不对称方式占据该底物口袋。结合以前的文献报道,作者提出了同类多药耐药蛋白底物结合口袋的共同特征,为合理设计MRPs的抑制剂提供了方向。相关研究成果以“PlacingsteroidhormoneswithinthehumanABCC3...
...等解读AI赋能的蛋白质结构与功能预测及设计丨Cell Press线上讲座
8月22日(周四)晚19:00,CellPress细胞出版社旗下数据科学期刊Patterns将联合TrendsinBiotechnology(现已开始接收研究类文章)为大家带来本年度第四场CellPressLive线上讲座,主题为《蛋白质结构与功能预测及设计》(www.e993.com)2024年9月19日。本次会议邀请到来自西湖大学的李子青、深圳湾实验室的周耀旗,复旦大学的朱山风、北京大学的张文...
谷歌DeepMind再放大招!AlphaProteo直接设计全新结合蛋白,加速药物...
1、基因表达谱分析:通过对基因表达谱数据进行深度学习,可以预测基因功能、发现新的生物标志物和生物路径径。2、结构生物学预测:通过对结构生物学数据进行深度学习,可以预测蛋白质结构、功能和互动。3、生物信息学数据集预处理:通过对生物信息学数据集进行深度学习,可以提高数据质量、减少噪声和缺失值,从而提高预测模型...
...发文揭示SETD3蛋白作为β-actin组氨酸甲基化酶的结构与功能
近日,中国科学技术大学许超教授课题组与波兰华沙大学JakubDrozak实验室合作,解析了SETD3与β-actin多肽的高分辨复合物晶体结构,并结合酶活实验揭示了肌动蛋白(Actin)第73位组氨酸(His73)的N3位甲基化的作用机制,相关成果以“StructuralinsightsintoSETD3-mediatedhistidinemethylationonβ-actin”2月20日在线...
《食品科学》:哈尔滨商业大学辛嘉英教授等:酚酸与蛋白质和碳水...
酚酸、蛋白质和碳水化合物都是食品体系中常见的组成成分,常用于改善食品体系的加工特性及营养功能。酚酸具有易氧化、反应活性高等性质,易与其他化合物发生相互作用。酚酸可以与蛋白质通过共价或非共价的方式相互作用,改变蛋白质的结构,从而改善其起泡性和乳化性等加工特性,同时也能够改善其营养功能,如增强蛋白质的抗氧化...
清华大学药学院学者开发基于蛋白质语言模型的结构与功能预测方法
蛋白质语言模型,通过对大量序列的自监督学习,能够捕捉到氨基酸残基之间复杂的相互作用和模式。这些模型不仅能够预测蛋白质的三维结构,还能够揭示其功能和动态特性,并展现出优于经典计算生物学方法的表现。田博学课题组开发了一系列的基于蛋白质语言模型的方法,在抗体结构、蛋白质与DNA结合位点、细胞色素450酶活性预测等工作...