全球最大结直肠癌多组学研究:科学如何让疾病分类更准确?
林从:组学分析是从不同层面和角度对生物系统中大量分子数据进行研究的方法。一般通过高通量技术(如基因测序、质谱等)得到不同类型的数据,如基因组、转录组、蛋白质组和代谢组等。基因组是指人体内所有DNA的总和,包括所有的基因以及非编码区域,线粒体基因组等。转录组是指所有RNA分子的集合,转录组分析提供了基因表...
蛋白组学测序数据表怎么看
1、蛋白质ID(ProteinID)唯一标识每个蛋白质的编号,通常是数据库中的标识符,如UniprotID。2、蛋白质名称(ProteinName)蛋白质的通用名称或描述性名称。3、谱图计数(SpectralCount)检测到的谱图数量,反映了蛋白质在样本中的相对丰度。4、肽段序列(PeptideSequence)用于识别蛋白质的特定肽段的氨基酸序...
谷歌DeepMind再放大招!AlphaProteo直接设计全新结合蛋白,加速药物...
1、基因表达谱分析:通过对基因表达谱数据进行深度学习,可以预测基因功能、发现新的生物标志物和生物路径径。2、结构生物学预测:通过对结构生物学数据进行深度学习,可以预测蛋白质结构、功能和互动。3、生物信息学数据集预处理:通过对生物信息学数据集进行深度学习,可以提高数据质量、减少噪声和缺失值,从而提高预测模型...
CNS「新星」:深度解析蛋白组学技术及其在热门研究领域的应用
现任中国蛋白质组学会委员、全国卫生产业企业管理协会实验医学(质谱分析)专家委员会委员、中国微米纳米技术学会微纳流控技术分会理事会理事、中国仪器仪表学会分析仪器分会质谱仪器专家组委员、上海市化学化工学会分析化学专业委员会委员、AppliedBiochemistryandBiotechnology副主编、ChineseChemicalLetters编委、Scientific...
EASD中国风 | 肖新华教授团队研究:揭示出生体重儿脐带血脂质组学...
与生化指标和胎盘蛋白组学数据的综合分析突显了通过可能由脂联素介导的机制将脐带血鞘脂保持在正常出生体重组的低水平,并且增加的脐带血鞘脂水平通过对硒氨基酸代谢的潜在变化介导出生体重与最佳体重之间的分歧。进一步联合香港出生队列基于Lasso选择的临床和脐带血脂质变量的线性回归发现脐带血中的神经酰胺可预测后代7岁时...
Nature子刊:超2400亿数据揭示衰老非线性特征,两大岁数成转折点
基于该队列收集到的组学数据包括:转录组学、蛋白质组学、代谢组学、细胞因子、临床实验室检测、脂质组学、粪便微生物组等等,探索了人类衰老过程中不同组学图谱发生的变化(www.e993.com)2024年9月16日。最终共收集到135,239个生物特征,产生了2465亿个数据点。首先,研究者采用两种传统方法(线性回归和spearman相关性)进行分析,发现:在人类衰老的...
Nature Medicine | 利用血浆蛋白质组学提升疾病早期诊断:从多发性...
样本和数据收集:研究从UKBiobank的随机子集中选择了41,931名参与者,收集了他们的EDTA血浆样本并进行了蛋白质组学分析。数据分析流程:研究采用了LASSO回归和正则化Cox模型,通过200次子样本化选择特征,并最终建立了稀疏预测模型。模型的性能通过1,000次自助法进行估计。
收藏 丨 几种常用的化学、天然产物及大分子数据库
此外,LIPIDMAPS还提供大量的软件工具和教育资源,以及用于编目和识别不同级别脂质的数据库。Shi等人建立了一种整合的脂质组学分析策略,该策略结合了自动化MS数据库搜索(LIPIDMAPS和HMDB)和两个质谱平台(UHPSFC/QTOF-MS和UHPSFC/IMS-QTOF-MS),实现了三种同属人参物种天然脂质的高通量分析。
整合生命组学数据,揭示生命复杂系统构成原理
一、蛋白质组学的基本概念与数据描述指在特定时间、特定条件下,某一细胞、组织或生物体中所有蛋白质的集合。旨在全面分析蛋白质的表达水平、修饰状态、相互作用和功能。蛋白质组数据通常也被组织成一个二维矩阵,每一行代表一个蛋白质,每一列代表一个样本,表示每个蛋白质在不同样本中的丰度,可以反映其在不同条件...
基于影像多组学数据库的无创可视化新方法,揭示乳腺癌肿瘤内异质性...
(A:数据库纳排流程图;B:三个队列中多维数据的样本大小;C:本研究中三个队列的作用)▌识别IITH根据所有提取的影像学特征的计算公式和明确定义[8],确定42个与异质性相关的一阶和纹理影像学特征,用于评估不同样本的IITH。考虑到四个ROIs以及提取特征的不同增强阶段,最初有1968个特征包含在此分析中。计算的中...