超越蛋白质结构,全面预测蛋白质与所有生命分子相互作用

AlphaFold3提高了蛋白-蛋白相互作用结构的准确性,为设计新的治疗模式(如抗体或其他治疗性蛋白质)打开了可能性。通过观察目标蛋白在完整生物环境中(与其他蛋白质、DNA、RNA或配体的结合)的结构,可以更深入地了解新靶点,有助于开发更有效的临床药物。科学界可以免费使用DeepMind推出了AlphaFoldServer平台,全世界的科...

AlphaFold为什么能精准预测蛋白质结构?

图1:蛋白质折叠示意图丨图源:wiki蛋白质折叠成何种结构决定了它将具有何种功能,于是理解蛋白质如何折叠就成了一个十分重要的研究课题,这便是“蛋白质折叠问题”。一个蛋白质如果因为各种原因而没有正确折叠,就有可能不会正常发挥其功能,从而引发疾病,阿尔兹海默病、帕金森等疾病都和蛋白质的错误折叠有关。此外,在...

...血友病新疗法有望在中国率先上市;Al不止预测蛋白质结构|等四条...

重要的是,AlphaFold3所预测的结合模式几乎与实验中的晶体结构完全一致,而所预测的无配体结构则显示了一个呈扁平和开放状态的不同口袋构象。AlphaFold3在蛋白质有无配体的状态下显示不同的结构预测,表明它能够根据其他分子的存在,情境性地调整蛋白质结构。“AlphaFold3的确是一项重大突破。它能够有效模拟多种不同...

Nat. Methods. 速递:考虑生物背景信息的单细胞蛋白质计算模型

其次,研究者们选取了典型可结合蛋白对:PD-1/PD-L1和B7-1/CTLA-4,通过消融实验证实加入生物背景信息(细胞类型特异性信息),能够更好地区分两个蛋白是否能够结合,从而得出结论:PINNACLE能够有效增强蛋白-蛋白互作网络的3D结构表示(图3d-f)。图2对PINNACLE得到的表示进行定性展示和富集分析图3对PINNACLE得到...

Nature Methods | 突破传统方法:DeepPBS模型助力蛋白质-DNA相互...

蛋白质结构表示:图b展示了蛋白质结构的图表示方法。重原子作为顶点,每个顶点计算了一些特征(例如原子类型、电荷、半径等)。这些特征作为图卷积的输入。DNA结构表示:图c描述了对称螺旋(sym-helix)在DNA结构中的应用,通过在碱基对框架中应用对称模式,将DNA结构转化为对称螺旋,保留双螺旋形状,但去除了序列特异性。

...药物研发新革命,AlphaFold3太强了!专家团队手把手教授AI蛋白质...

这种用计算机解析蛋白质与其他分子复杂相互作用的能力,有助于为疾病通路、基因组学、治疗靶点、蛋白质工程及合成生物学等领域带来新见解(www.e993.com)2024年11月3日。更重要的是,AlphaFold3为药物研发开辟了令人兴奋的可能性,有望颠覆当前的药物研发模式。深度学习在蛋白质设计领域的前沿研究主要集中在蛋白质结构预测、蛋白质序列设计、蛋白质-蛋白...

诺贝尔化学奖是AI for Science,物理奖是Science for AI

AI模型计算这个结构不同部分与实际情况相符的概率。图中还展示了一些重要的可视化内容:序列分析中的共同进化模式。距离图显示氨基酸之间的空间关系。神经网络的示意图。多个循环周期如何逐步完善最终结构。第一种人类设计的蛋白质结构这个结构的独特性和历史意义在于:...

AlphaFold3来了!全面预测蛋白质与所有生命分子相互作用及结构...

针对AlphaFold3的结构预测设计小分子,有助于设计出能有效结合靶蛋白的分子。AlphaFold3提高了蛋白-蛋白相互作用结构的准确性,为设计新的治疗模式(如抗体或其他治疗性蛋白质)打开了可能性。通过观察目标蛋白在完整生物环境中(与其他蛋白质、DNA、RNA或配体的结合)的结构,可以更深入地了解新靶点,有助于开发更有效的...

...动科学院马秋刚教授团队在蛋鸡低蛋白日粮配制与氨基酸平衡模式...

因此，在确保蛋鸡健康的前提下，通过适当降低蛋白质水平可以改善肠道微生物的结构，有助于平衡宿主健康、生产力、资源和环境之间的关系。本研究对蛋鸡低蛋白低豆粕多元化日粮生产技术的推厂和应用提供了重要依据（图3）。图1基于氨基酸平衡，不同蛋白质水平日粮对蛋鸡卵巢健康和卵泡发育的影响图2基于氨基酸平衡，不...

AlphaFold为什么能精准预测蛋白质结构? | 返朴

AlphaFold3另一通用化的设计在其结构模块(structuremodule),即从Pairrepresentation生成最终的三维结构图。上一代的AlphaFold2把蛋白质最终的三维结构视为一系列由氨基酸残基构成的三角形在空间中的旋转和平移构成的主干框架(backboneframes)以及侧链的扭转(side-chaintorsion),通过让模型计算出这些三角形的旋转角度...