...| 精准基因比对新突破:Genes2Genes框架助力单细胞轨迹分析

G2G框架能够在基因层面上精确对齐单细胞转录组轨迹,并支持后续的生物学分析(Credit:NatureMethods)G2G框架的输入和预处理:图中首先展示了G2G框架的输入要求,包括参考轨迹和查询轨迹的单细胞RNA测序数据,经过log1p标准化处理后,得到细胞-基因表达矩阵,以及每个轨迹的伪时间估计值。接着,G2G会对每个基因的表达轨迹进行...

ATVB 蔡哲钧/宋伸/宋江平/杨劲合作利用单细胞转录组测序解析小鼠...

首先，研究者们通过对小鼠腹主动脉瘤(AAA)模型中的免疫细胞进行单细胞转录组分析，识别出七种不同的免疫细胞亚型。小鼠模型在术后7天或14天取样，并通过Seurat包进行多步分析，区分出26个亚群，进一步整合为9个细胞簇。研究发现AAA组中CD45阳性免疫细胞显著增加，尤其是单核细胞/巨噬细胞、树突状细胞和中性粒细胞。

复旦团队单细胞测序上分 Cell,高手都怎么设计实验和分析数据的?

2.个性化分析如细胞谱图绘制(用于揭示稀有细胞或细胞亚型);细胞状态轨迹分析(了解细胞发育/分化过程以及不同细胞间的转换);网络互作分析(探究细胞间相互作用以及基因-基因关系网络);基因集变异分析及转录因子预测等。三单细胞研究热门方向1.肿瘤领域热点:探究肿瘤微环境免疫细胞的浸润、微环境异质性;癌症分型及...

【单细胞测序系列】只做转录组不做蛋白组,意义少一半?

(A)树突状细胞(DC)、经典单核细胞(CM)、自然杀伤(NK)细胞、自然杀伤T细胞(NKT)、辅助T细胞1和辅助T细胞2中特定标志物的高表达是健康个体中细胞身份标志物和辅助受体表面标志物表达升高的主要原因,如图右侧突出显示。(B)细胞类型包括CD4+T效应记忆细胞、经典开关记忆B(CSMB)细...

国自然思路:组学分析+单细胞测序探究肝-脑轴调控的认知功能障碍

1.从代谢组、转录组等角度寻找国自然创新课题的设计思路;2.多组学联合分析提升国自然课题高度;3.免疫联合单细胞分析让项目更具竞争优势;4.多组学中标项目赏析如果大家想进一步与同行、国自然资深讲师交流,并获取一手动态和热点方向,可以扫描下方二维码加入「国自然基金撰写交流社群」哦。群内也会定期为大家...

Nat Commun | 基于单细胞和空间转录组学分析构建NSCLC免疫和非...

但许多研究中,每个患者分析的细胞数量有限,并且通常没有系统地收集患者匹配的非肿瘤组织,从而限制了对肿瘤和邻近非肿瘤组织内生物学异质性的剖析(www.e993.com)2024年11月15日。此外,虽然单细胞转录组测序(scRNA-seq)可以在组织内高分辨率地识别细胞类型及其状态,但仍缺乏精确定位其空间分布或捕获局部细胞-细胞相互作用以及介导这些相互作用的配体和...

用单细胞与空间转录组测序技术解析膝关节骨性关节炎软骨细胞异质

关节骨性关节炎患者和正常对照软骨细胞的空间不同分层细胞景观,研究人员接着对4例骨关节炎患者中WB与NWB,以及1例正常对照样本膝关节软骨进行了空间转录组测序(Geo-seq)数据分析,即对软骨组织中的软骨膜(AS)、表层(SZ)、中层(MZ)及深层(DZ)的软骨细胞进行测序分析,构建了KOA患者与正常对照膝关节软骨的空间转录组...

安徽农大张照亮团队首次报道木本植物根系单细胞转录组图谱

图1茶树根系scRNA测序流程质控后的细胞被分为8个细胞簇（图2A）。作者首先根据已报道的一些经典的细胞类型的Marker基因，通过同源比对，对细胞类型进行初步注释，这些Marker基因在多数物种中的功能较为保守。在簇2中检测到CsGL3转录本，表明表皮细胞的存在。CsSCR转录本主要在簇3和4中检测到，这表明皮层和内皮层...

单细胞测序系统一站式解决方案——走访新格元生物

单细胞测序技术的演进历程2009年,北京大学汤富酬教授在《NatureMethods》杂志上发表了第一篇单细胞转录组测序文章,自此开启了单细胞技术的新时代。随后的十几年,单细胞技术以更高分辨率、更高通量,深入揭示了个体的发育过程、功能机制,并且在疾病的检测与监控研究方面发挥了重要作用,被《NatureMethods》评为2013年最...

98页重磅综述!单细胞组学技术、数据分析与应用

图1单细胞组学技术总概综述第一章“Single-celltranscriptomesequencing”,详细介绍了单细胞转录组技术的发展历程、当前可用的scRNA-seq技术(图2)及数据分析方法,并概述了单细胞转录组测序技术在胚胎发育、组织和器官发展研究、肿瘤生物学、免疫系统研究以及传染病研究等领域的应用。借助于scRNA-seq技术,科学家们能...