系统学习单细胞多组学、空间转录组和机器学习单细胞分析应用线上...
5,了解单细胞测序基本概念及原理、测序分析的常用软件、测序数据的下载方法和研究思路、学会用R代码进行单细胞转录组分析并作图、熟悉CNS杂志单细胞转录组文章思路、熟悉零成本的单细胞相关课题设计思路、获得全套全自动化分析单细胞数据的流程脚本6,空间基础处理、多样本联合分析、单细胞空间联合分析、空间转录组通讯分析...
墨卓生物携手行业先锋,共绘单细胞空间组学技术发展蓝图
同时,团队还开发了Deep血液全谱蛋白组检测分析,基于这种新方法,团队将蛋白提取结果提升到了4000-6000。此外,他介绍了单细胞组学的三大平台、单细胞组学的分析、空间代谢组的体系、空间代谢组专属定性数据库、空间代谢组的应用拓展、空间转录组、时空多组学助力肿瘤分子分型的研究成果和时空多组学应用的新模型。欧易生物...
华人学者专注空间多组学,首次实现空间表观遗传分析,或开辟一条...
这个过程利用微流控芯片实现对组蛋白的空间编码,编码完成后,可以通过测序得到所有的基因序列,然后通过计算方法还原出组蛋白在空间上的分布信息。而研究染色质可及性可以预测基因转录情况,Spatial-ATAC-seq利用Tn5转座酶切割开放的染色质区域,切割后,这些区域可以通过微流控芯片实现空间编码。然后,通过二代测序技术...
华中农业大学近期科学研究进展_澎湃号·政务_澎湃新闻-The Paper
研究人员利用STRIDE分析流程,将单细胞转录组与空间转录组数据进行了整合,通过空间映射,注释了单细胞转录组数据中的6种细胞类型,并根据不同细胞的转录组信息构建了具有空间表达特异性的基因调控网络。其中,研究人员在玉米雌穗分生组织的表皮细胞中鉴定到了以OCL5(OUTERCELLLAYER5)和OCL3(OUTERCELLLAYER3)基因...
华中农业大学构建玉米雌穗的空间转录组图谱
接下来,研究人员利用STRIDE分析流程,将单细胞转录组与空间转录组数据进行了整合,通过空间映射,注释了单细胞转录组数据中的6种细胞类型,并根据不同细胞的转录组信息构建了具有空间表达特异性的基因调控网络。其中,研究人员在玉米雌穗分生组织的表皮细胞中鉴定到了以OCL5(OUTERCELLLAYER5)和OCL3(OUTERCELLLAYER...
NAR | 国家生物信息中心 开发空间转录组综合资源存储库(CROST...
CROST应用标准化处理流程整合了182个高质量的空间转录组数据集,涵盖8个不同物种、35种组织类型和56种疾病的1033个子数据集(www.e993.com)2024年9月30日。针对单个样本提供了全面的生物信息分析,包括空间变异基因(SVG)分析、细胞类型注释、空间相关性、空间共定位、通讯分析和功能注释等。
Cell:开发出一种称为 Open-ST 的空间转录组学平台,能够三维重建...
Open-ST的一个显著优势是成本低。市面上的空间转录组学工具可能昂贵得令人望而却步。然而,Open-ST只需使用标准实验室设备,就能高效捕获RNA,从而大大降低了成本。成本的降低还意味着科学家们可以扩大研究规模,纳入大量样本来研究患者队列。这些作者免费提供了整个实验和计算工作流程,以便广泛使用。León-Peri??á...
全球首发!景杰生物全息空间蛋白质组学“透视”微观蛋白世界
通过以上数据分析方案,可实现与空间转录组学类似的:全息空间样本点无监督聚类分析、类间差异分析/差异蛋白功能注释、单个差异蛋白空间可视化、基于清晰的组织病理特征注释和指定病理分组差异分析、基于反卷积等算法注释细胞类型得分/比例等等个性化分析。相信这样一套分析的组合拳,一方面可以将蛋白信息清晰还原到组织空间微环境...
98页重磅综述!单细胞组学技术、数据分析与应用
图11空间转录组学技术示意图综述第八章“Single-cellCRISPRscreeningtechnology”分别介绍了基于转录组、表观基因组和多模态的单细胞CRISPR筛选技术(scCRISPR-seq),该技术结合了CRISPR干扰和单细胞测序,用于在大规模单细胞分辨率下进行基因组编辑和功能筛选。此外,本章节还讨论了scCRISPR-seq数据分析过程中的三个关...
人人可及的空间蛋白质组
已经被大家所熟知的空间转录组基于转录组信息推测细胞功能和细胞之间的互作仍存在一定局限性,虽然mRNA及其同源蛋白之间有一定的相关性,但从mRNA到蛋白质的翻译过程是高度调控和非线性的。空间蛋白质组是一种直接进行无偏差的大规模蛋白质的定位、定性、定量分析的前沿性技术。该技术不仅能够实现从蛋白质水平全面解析...