复旦团队单细胞测序上分 Cell,高手都怎么设计实验和分析数据的?
①细胞活性:单细胞测序一般要求细胞活性保证80%以上,因此在酶消化法处理组织时,控制酶的浓度和时间,防止消化过度;物理方法解离组织时,避免操作用力过大等机械损伤。②细胞数量:细胞活性影响细胞数量,在保证细胞活性的情况下,可增加组织量以获得目标量细胞。③细胞悬液粘稠:组织中杂质干扰或细胞裂解释放的DN...
国自然思路:组学分析+单细胞测序探究肝-脑轴调控的认知功能障碍
3.外周apoE4促进内皮细胞免疫反应并增加血管相关胶质增生作者通过对从iE3/Cre和iE4/Cre小鼠脑中分离富集血管细胞的细胞群进行scRNA序列分析(图3a),来探究肝脏表达的apoE亚型如何影响胶质血管单位内的转录组学变化。图3b-e表明外周apoE4表达导致血管周围星形胶质细胞末端和胶质血管单位内炎症反...
单细胞蛋白质组测序原理
一、细胞分离首先,需要获得单一细胞。这通常通过流式细胞仪或微流控设备完成,这两种设备都可以对单一细胞进行排序并分离出来。二、蛋白质提取随后,从单一细胞中提取蛋白质。这通常通过裂解细胞并使用蛋白酶进行消化来完成。消化后的蛋白质样本然后进行洗涤和浓缩,以准备进行质谱分析。三、质谱分析将样本引入质谱...
单细胞RNA测序助力分析!浙江大学刘夏/方维佳/冯新华发现可提高肝...
在这项研究中,研究人员使用单细胞RNA测序(scRNA-seq)探索了晚期HCC患者中与ICB治疗反应相关的外周生物标志物和潜在耐药机制。分析发现,在对ICB不响应的患者血液中,S100A9+CD14+单核细胞更为丰富,这在不同癌症患者队列中得到了进一步验证。此外,S100A9+CD14+单核细胞表达PD-L1较高,使其能够与T细胞上的PD-1发生相...
单细胞RNA测序助力分析,发现可提高肝细胞癌患者免疫检查点阻断...
在这项研究中,研究人员使用单细胞RNA测序(scRNA-seq)探索了晚期HCC患者中与ICB治疗反应相关的外周生物标志物和潜在耐药机制。分析发现,在对ICB不响应的患者血液中,S100A9+CD14+单核细胞更为丰富,这在不同癌症患者队列中得到了进一步验证。此外,S100A9+CD14+单核细胞表达PD-L1较高,使其能够与T细胞上的PD-1发生相...
ATVB 蔡哲钧/宋伸/宋江平/杨劲合作利用单细胞转录组测序解析小鼠...
图5.在弹性蛋白酶诱导后,腹主动脉组织中的中性粒细胞簇发生变化图6.腹主动脉瘤相关的炎症将4种不同的B细胞亚群招募到微环境中为了揭示炎症细胞之间的调控路径,研究人员应用CellChat分析,对小鼠单细胞测序数据进行分析,确定了不同时间点AAA组织中的细胞间相互作用(www.e993.com)2024年10月18日。结果表明,炎症细胞在AAA诱导后的相互作用不...
...Cell | 王永成/樊龙江团队合作开发微生物组单细胞转录组测序技术
同时,研究开发了配套的生信分析方法和工具,用于分析测序得到的微生物组单细胞转录组数据,包括单细菌注释、细菌转录表达和噬菌体转录表达三个分析模块。通过上述生信分析方法,可以实现对每个微生物的准确分类注释,并可进一步开展细菌和宿主-噬菌体关联分析。图1.smRandom-seq2工作流程示意图...
Nat Methods | 单细胞三维基因组与基因表达联合分析:北京大学...
该研究报道了连接mRNA到染色质结构(LiMCA),这是一种基于测序的方法,可以同时分析单细胞3D基因组结构和全长转录本信息。特别是,LiMCA物理分离了同一细胞的细胞核和细胞质,分别用于测量3D基因组和转录组,因此不会影响每种模式的检测灵敏度和性能。该研究结果揭示了一个值得注意的模式:在OSN发展过程中,OR增强子的可及...
单细胞测序之后再怎么做?这篇文章告诉你答案
01单细胞测序揭示巨噬细胞异质性研究者首先通过单细胞测序和流式细胞术发现了小鼠胚胎肝脏中除了数量最多的EI巨噬细胞亚型外,还存在3种其他的亚型,这些巨噬细胞亚型存在不同的基因表达谱特征。02单细胞测序配-受体分析揭示巨噬细胞和HSC存在紧密的细胞-细胞交流...
科学家打造空间转录组分析新工具,无需使用单细胞数据作为参考,能...
Starfysh解决了目前部分测序技术存在的低空间分辨率的缺陷。该方法可以将不同组织的空间转录组数据、以及对应的组织学图片加以结合,通过空间基因表达与组织学特征,针对不同位点的细胞类型与细胞状态比例进行预测。与其他空间转录组方法相比,Starfysh无需使用单细胞数据作为参考,因此在分析上存在较好的灵活性,对于分析罕...