Cell|临床级FFPE样本空间全转录组测序技术
02Patho-DBiT成功实现了对临床存档FFPE组织的全覆盖、逐碱基的空间全转录组测序。03该技术能够同时进行多种RNA种类和过程的空间分析,具有高灵敏度和广泛覆盖度。04除此之外,Patho-DBiT还能进行全基因组范围的SNV定位,并在单细胞水平上解析肿瘤发生的时空过程。05专家们对这项技术给予了高度评价,认为它将极大拓展...
Genome Biol | 突破传统直接RNA测序局限!新方法可同时检测多类...
标准的直接RNA-seq方法依赖于poly(A)选择,可对poly(A)转录组(主要是mRNA)进行测序,但无法有效检测没有poly(A)尾的短ncRNA。为改善这一局限性,同时保持对poly(A)转录组进行测序的能力,研究团队开发了一种名为NERD-seq的非编码富集RNA直接测序方法(图1)。该方法利用柱基大小富集将总RNA分为长RNA和短RNA两部分...
转录组+代谢组揭示机械胁迫调控油菜胚胎发育及成熟机制
6.空间限制体外培养胚胎转录组及代谢组分析对3.5mm和5mm限制空间的培养室培养的胚胎进行转录组测序。研究结果发现,与对照组相比,3.5mm有316个差异基因,5mm有446个。两组差异表达的基因中有178个基因是共同的,这表明空间限制对胚胎基因表达有显著影响。GO富集分析发现,在机械限制下,光合作用显著下调。与细胞增殖、细...
Nature Genetics | 高通量空间转录组技术推动器官发生研究:MAGIC...
测序深度和基因数量的饱和曲线:图d展示了不同空间转录组方法在不同测序深度下检测到的基因数量饱和曲线,MAGIC-seq在同等测序深度下检测到的基因数量明显高于其他方法,显示出其更高的测序效率。采集面积和成本的比较:图e和图f展示了MAGIC-seq与其他方法在采集面积、采集点数量和每个采集点的成本方面的比较,MAGIC-seq...
上新| 转录组测序新突破:高效去除rRNA,解锁精准数据
在转录组测序过程中,rRNA(核糖体RNA)的高丰度问题总是令人头疼,占据了总RNA的绝大部分,浪费测序资源,同时掩盖其他低丰度转录本的信号,增加数据分析的复杂性和难度。诺唯赞推出升级版高频物种rRNA去除试剂盒RN416,能够特异性地识别并去除人、小鼠、大鼠等高频物种总RNA中的高丰度rRNA,不仅适用于高质量(完整)的总RN...
系统学习单细胞多组学、空间转录组和机器学习单细胞分析应用线上...
1.10X官方单细胞软件Cellranger讲解及实操2.从基因表达矩阵开始到marker基因筛选全过程讲解及实操3.通过Seurat质控基因和细胞4.Seurat归一化处理、PCA降维、聚类、tSNE、UMAP可视化5.多种方法定义细胞类型第六节课:单细胞转录组多样本整合及分析1.DoubletFinder进行双细胞去除...
Nature Biotechnology:m6A定量测序新方法 | 何川、陈建军、陈梦洁...
最早的m6A修饰的全转录组图谱发表于2012年(m6A-Seq或者MeRIP-Seq),使用m6A抗体富集含有m6A的RNA片段,产生分辨率100~200nt的图谱。目前RNAm6A主流的测序方法依然是基于抗体的MeRIP,但该测序方法存在明显的缺点,包括分辨率低,无法定量,比较不同条件下m6A差异有局限性,以及建库需要大量的RNA,不能应用于单细胞水平的...
Nature Biotechnology | NeoDisc:精准癌症免疫治疗的新突破 - 多...
在个体化抗原发现方面,NeoDisc通过基因组和转录组数据预测HLA-I和HLA-II结合的肽段,并结合自体T细胞反应进行验证,这对癌症疫苗开发、T细胞转移治疗及各种T细胞相关治疗设计具有重要价值。与仅基于全基因组测序或RNA测序的方法相比,NeoDisc整合质谱数据,能够探索自然处理中呈递的多种抗原目标,包括新抗原、肿瘤相关抗原(tum...
北京医院张瑞团队:首次揭示真实世界多中心转录组测序的研究结果
转录组测序(RNA-seq)为探索全球表达模式,以及识别可变剪接事件,拓宽了新途径。转录组学数据的差异表达分析,能够全基因组鉴定与感兴趣的生物学条件相关的基因或亚型表达变化。这极大地促进了疾病诊断生物标志物的发现、预后和治疗选择。这些证据有助于RNA-seq在临床常规中的应用。
ATVB 蔡哲钧/宋伸/宋江平/杨劲合作利用单细胞转录组测序解析小鼠...
首先,研究者们通过对小鼠腹主动脉瘤(AAA)模型中的免疫细胞进行单细胞转录组分析,识别出七种不同的免疫细胞亚型。小鼠模型在术后7天或14天取样,并通过Seurat包进行多步分析,区分出26个亚群,进一步整合为9个细胞簇。研究发现AAA组中CD45阳性免疫细胞显著增加,尤其是单核细胞/巨噬细胞、树突状细胞和中性粒细胞。