Plant Cell | 陈雪梅/刘琳揭示siRNA生物发生的调控新机制

2024年11月11日 - 网易

RNA沉默通过DNA甲基化、组蛋白修饰、mRNA切割或翻译抑制,在转录或转录后水平上负调控基因表达。植物smallRNA主要分为microRNA(miRNA)和smallinterferingRNA(siRNA)两大类,反向重复序列(inverted-repeat,IR)衍生的siRNAs在序列特异性的RNA干扰(RNAinterference,RNAi)过程中发挥重要作用。ALTEREDMERIST...

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...团队开发基于Transformer的语言模型,预测翻译调控并解析疾病变异

2024年10月24日 - 澎湃新闻

结果表明RNA-seq对翻译的预测贡献总体上高于基因序列,符合生物学上翻译主要由mRNA水平决定的这一事实。其中,编码区对翻译的贡献最大,内含子的贡献最小。此外,5'UTR(转录起始区域)对翻译调控的影响显著高于3'UTR,说明翻译起始过程在调节基因翻译强度方面至关重要。在第二种解释性算法中,研究者依赖Translatomer进一步...

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Nat Mach Intell | 熊旭深/熊磊合作开发mRNA翻译组语言模型并解析...

2024年10月24日 - 网易

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生物科技一大步?微小RNA让细胞能按DNA的“说明书”操作

2024年10月12日 - 腾讯新闻

微小RNA装载在蛋白复合体中,通过与mRNA的3`非编码区域(3`UTR)结合,抑制细胞质中的mRNA的翻译或降低mRNA稳定性,达到促进mRNA的降解或剪切的目的。从而调节细胞内的各种生物过程,如发育、细胞增殖、分化以及凋亡。这是人们在转录子之外发现的一条新的调控机制,它可以抑制信使RNA的功能,从而使细胞表现出不同的特性。...

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杨夏鸣:“有的人死了,他还活着”——怀念张纯如

2024年11月6日 - 澎湃新闻

8月份后我们的工作主要是翻译录像资料,由于西苑宾馆的房间太小,并缺少必要的设备,我们工作的地点是在与西苑宾馆一墙之隔的南京大学科研楼(我妻子的工作单位,内有中央空调)。我们将录像重新播放,我将幸存者的证言分段翻译成英文,张纯如再将英文证词输入到她的电脑中,在此过程中,有些内容我们常常要反复讨论直到双方都...

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...通过参与翻译起始复合物的形成促进口蹄疫病毒IRES介导的翻译过程

2024年7月25日 - 腾讯新闻

与帽依赖的翻译不同,IRES介导的翻译起始可以在没有帽识别结合和常规核糖体扫描情况下进行(www.e993.com)2024年11月14日。IRES元件具有复杂的二级和三级结构,其由茎环和假结组装而成,它们介导了与核糖体的内部结合,进一步通过多种RNA-RNA和RNA-蛋白的相互作用起始蛋白质翻译过程。在不同病毒的mRNA中已经发现了许多的IRES,另外,在细胞中,一些参与...

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Nature子刊:将Transformer模型应用于蛋白翻译过程

2024年3月11日 - 健康一线

综上,Riboformer提供了解析核糖体分布变化的有力工具,展示了面向上下文的深度学习模型捕捉生物过程复杂动态的潜力。Riboformer不仅能够改进已有实验数据的分析,还能预测已有数据集在新的实验条件下的核糖体延伸速率。随着人们对翻译过程高通量定量测量水平的不断进步和新的训练数据的不断涌现,该工作有望为解决翻译调控与蛋...

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神经生物学家揭示了恐惧背后的大脑机制

2024年7月10日 - 澎湃新闻

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国内Nature,Cell三连发:翻译后修饰研究如何花式发顶刊

2024年6月7日 - 新浪

单磷酸腺苷酸化修饰(AMPylation)是一种广泛存在于原核和真核生物中的蛋白质翻译后修饰,在腺苷酸化酶的催化下,使用单磷酸腺苷基团(AMP)修饰蛋白质的氨基酸侧链。本文报道了使用三磷酸腺苷(ATP)作为配体和宿主肌动蛋白作为激活剂,嗜肺军团杆菌的效应蛋白LnaB对PR-Ub上的磷酸核糖基的磷酰基进行AMPylation,从而生成ADPR-...

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科学家重组真核生物tRNA乙酰化修饰活力并实现RNA定点高效乙酰化修饰

2024年4月18日 - 中国科学院

“分子标尺”模型;在特定tRNA底物上实现100%乙酰化修饰效率,实现多种非乙酰化tRNA底物变体的高效乙酰化修饰;基于“分子标尺”模型,实现小RNA的位点特异性高效乙酰化修饰;通过制备乙酰化修饰的tRNASer以及tRNALeu,揭示乙酰化修饰对于tRNA的热动力学以及氨基酰化水平没有显著影响,可能在翻译延伸的转位过程中介导了tRNA与...

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