Nat. Methods. 速递:考虑生物背景信息的单细胞蛋白质计算模型

通过结合单细胞转录组数据、蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络、细胞相互作用和组织层次数据,为每个蛋白质生成细胞类型特异的低维表示,该模型生成的结果能够显著增强之前仅通过蛋白三维结构得到的通用表示,进而完成诸如发现靶点、分析特定细胞类型的药物反应等下游任务。

...浙大侯廷军等人提出 ResGen,基于蛋白质口袋的 3D 分子生成模型

通过将特定类型和位置的原子逐个放置到给定的结合位点来生成与给定蛋白质结合的3D分子。*Pocket2Mol:用于建模三维蛋白质口袋的化学和几何特征,并采用一种新的高效算法来采样基于口袋条件的新的3D候选药物。如上图所示,VinaScore代表了生成分子和对应蛋白靶标的结合能,该指标能够在一定程度上反映模型是否感知到...

单模型斩获“蛋白质突变预测”榜一,西湖大学提出基于结构词表方法

作者推测这是由于AF2预测出来的蛋白质结构带有一些隐藏的模式(patterns),由于前两种方式是直接对蛋白质的三维坐标进行建模,这些隐藏的pattern可能很轻易地就被模型识别出来,从而造成了信息泄露的问题,让模型无需真正学习到蛋白质的进化信息就能轻松地完成训练目标。而结构感知词表通过将蛋白质结构编码成一维的结构序列,...

单细胞蛋白质生物学的情境人工智能模型

PINNACLE的嵌入空间反映了细胞和组织,使组织层次结构的零样本检索成为可能。预训练的蛋白质表征可以适应下游任务:增强基于3D结构的表征,以解决免疫肿瘤蛋白质相互作用,并研究药物对不同细胞类型的影响。PINNACLE在指定类风湿性关节炎和炎症性肠病的治疗靶点方面优于最先进的模型,并且比无背景模型具有更高的预测能力。...

科学家揭示蛋白质折叠构象过程

折叠蛋白质将在其内部形成氢键,也与其周围的水分子形成一系列氢键。在此过程中,蛋白质会不断尝试不同的构象,这些构象都是蛋白质在形成最终3D结构过程中的“中间形态”。在达成最终构象途中,蛋白质有时会进入“死胡同”,然后它会倒退,直到偶然发现另一条路。

数据变为声音,聆听氢键“奏鸣”,科学家揭示蛋白质折叠构象过程

折叠蛋白质将在其内部形成氢键,也与其周围的水分子形成一系列氢键(www.e993.com)2024年11月10日。在此过程中,蛋白质会不断尝试不同的构象,这些构象都是蛋白质在形成最终3D结构过程中的“中间形态”。在达成最终构象途中,蛋白质有时会进入“死胡同”,然后它会倒退,直到偶然发现另一条路。

科学家成功制作出了人类细胞的一部分:核糖体的三维模型

伊娃-库默(EvaKummer)和她的同事姜阮(GiangNguyen)、克里斯蒂娜-里特(ChristinaRitter)利用电子显微镜成功制作出了人体细胞一部分--核糖体--的三维模型,其直径不超过30纳米。更具体地说,他们拍摄了核糖体制造过程的快照。了解核糖体的构造和工作原理非常重要,因为它是人类和所有其他生物体内产生蛋白质的唯一细胞...

肝脏模型的3D共培养及其在药物研究中的应用

AlHrout等人构建的肝癌细胞和成纤维细胞的3D共培养模型,与肝癌细胞的2D或3D单培养相比,肝癌细胞发展相关的基因和蛋白质的表达增加,预后较差,且更接近肝癌在体内的发育特征,有助于更准确地评估体外抗癌药物的抗癌作用。总之,3D细胞共培养肝脏模型可有效提高肝细胞体外功能稳定性,保证体外药物预测结果的可靠性,有望为...

大模型推动产业级蛋白质设计进入“智能生成时代”

????据介绍,达尔文大模型是集成序列、结构、功能和进化的产业级AI蛋白质生成大模型,也是面向生物经济时代的基础设施级底层大模型,可实现高效的、功能驱动的蛋白质生成能力,支持生物医药、合成生物等产业创新发展。其可根据结构和功能需要,直接生成具有特定功能的蛋白质,满足蛋白疫苗、抗体、酶、多肽等多种类蛋白质设...

不只是AlphaFold!一文读懂蛋白质折叠的前世今生:从“不可能”到...

图|X射线晶体学可以帮助科学家绘制电子密度图,直观地显示电子聚集的位置,从而显示原子在分子中可能的位置。通过将电子密度图叠加在一起(左图),科学家可以推断出蛋白质或青霉素等其他分子的结构(右图)。(来源:ScienceMuseumGroup)然后,他们将电子密度图转换成物理模型。他们将这些“塑料图”放入Richards盒中,...