斯坦福大学的新型AI工具可取代昂贵的癌症基因检测

然而,要确定驱动肿瘤生长的基因组变化--这是指导治疗的关键信息--需要对从肿瘤中分离出来的RNA进行基因测序。这一过程可能需要数周时间,花费数千美元。一种新的人工智能程序SEQUOIA可以分析肿瘤活检的显微图像(左图,紫色),并迅速确定其中包含的细胞中哪些基因可能开启或关闭(右图的基因表达以红色和蓝色表示)。

...遗传学开关5-甲酰胞嘧啶或在脊椎动物胚胎发育过程中激活基因表达

本文研究结果表明,在PolIII基因表达的合子重编程过程中,5fC或能扮演活化表观遗传学标记的角色。5-甲基胞嘧啶(5mC)是脊椎动物机体基因组DNA中一种已经建立的表观遗传学标记,但在TET介导的DNA去甲基化过程中所形成的氧化中间体是否具有自身的指导作用,以及具有一定的生理相关性,研究人员并不清楚。近日,一篇发表在...

追问weekly | 过去一周,脑科学领域有哪些新发现?Vol.38

通过对小鼠进行恐惧条件反射实验,研究人员发现,当学习事件发生时,部分星形胶质细胞会表达c-Fos基因,并在该区域调控回路功能。这些c-Fos表达的星形胶质细胞群与特定的神经元群体紧密相邻,并具有双向的通信功能。研究进一步揭示,星形胶质细胞中NFIA蛋白的水平升高对记忆回忆至关重要;抑制NFIA基因的表达会导致小鼠无法回忆特定...

西交团队研发TDEseq生物测序法,能揭示存在特定表达模式的基因

具体而言:在单细胞RNA测序(scRNA-seq)的时间序列数据分析中,人们通常会进行基因差异表达分析。通过此,可以识别那些表达水平随时间变化或生物过程发展而变化的基因(这种基因也被称之为“时间动态差异基因”)。在一些生物过程中,这些基因可能扮演着重要角色。特别是那些表达模式呈现出随时间逐步上调或下调、或者先上...

Cell:清华大学李寅青/李丕龙团队揭示基因表达的“保温杯”

细胞内的基因表达可能是静止的、剧烈的,或是柔和的。如果把基因的表达水平比作我们熟悉的水温,那么静止或剧烈的基因表达状态就像冰水或沸水,而柔和的基因表达则更像是适宜的温水。在干细胞中,约有30%的基因处于这种温和的表达状态,这些基因包含维持干细胞特性的关键基因。然而,这些基因的表达是如何得以“保温”的,...

...西安交大科研团队开发多阶段单细胞转录数据的动态表达基因识别...

TDEseq在癌细胞系药物响应、小鼠肝脏胚胎发育、肺腺癌进展过程、NK细胞相应SARS-CoV-2病毒感染等时间序列scRNA-seq数据中均展现出良好的性能(www.e993.com)2024年11月20日。以小鼠肝脏胚胎发育为例,TDEseq识别的动态差异表达基因比tradeSeq多20%。TDEseq所识别的动态差异表达基因不仅具有明确的时间动态表达模式,且与肝脏胚胎发育过程呈强相关性。

Nature Methods | 精准基因比对新突破:Genes2Genes框架助力单细胞...

01NatureMethods报道了一种新的框架——Genes2Genes(G2G),能够在单个基因层面上对单细胞轨迹进行精确对齐。02与传统方法不同,G2G允许在参考轨迹和查询轨迹之间同时捕捉基因表达的匹配和不匹配状态,包括基因表达的插入和删除。03通过模拟数据中的性能测试,G2G在所有轨迹模式下的准确率都高于其他算法,尤其是在处理分歧...

Nature Methods | 革命性的CRISPR-CasRx筛选平台:开启癌症基因组...

长非编码RNA(lncRNA)是一类长度超过200个核苷酸的RNA分子,它们不编码蛋白质,但在细胞的各种生理和病理过程中发挥着至关重要的调控作用。近年来,随着高通量测序技术的发展,研究人员逐渐揭示了lncRNA在基因表达调控、细胞分化、以及疾病发生发展中的重要作用,尤其是在癌症的发生机制中,lncRNA的异常表达与肿瘤的发生、发展...

红豆树基因表达在代谢过程中有什么作用?

红豆树和半缘红豆树的基因组是基于其纳米孔长读段进行的,使用nextDenovo2.3.1进行组装。下德诺沃是一种基于字符串图的用于嘈杂长读段的新组装器。它采用“修正然后组装”的策略,承诺产生包含更少错配的连续组装。重复序列是基因组中具有多个拷贝的DNA片段,在几乎所有物种的基因组中都是重要的遗传材料。重复通常...

mRNA疫苗超全知识汇总,看这一篇就够了!

3.安全性方面,临床试验结果显示多个mRNA疫苗可引起受试者轻至中度局部或全身反应,因此需要在合适的动物模型上评估mRNA疫苗的分布,所编码的抗原在远端器官的表达及潜在的安全风险,包括对局部和全身的影响。产品安全性风险可能来源于mRNA、脂质递送系统两个方面,非临床研究中需关注脂质的毒性及在人体内诱导自身反应性...