2024化学诺奖专家解读:颁给蛋白质预测和AI实至名归,化学家还不会...

解析蛋白质结构是困扰了科学家50年的难题。蛋白质是生命的基石，不仅组成了我们身体的器官组织等基本结构，还作为荷尔蒙、生物信号传递物质、抗体等广泛参与各种生命过程。蛋白质由20个氨基酸排列组合成的长链折叠而成，就像同样的纸能折成纸鹤也能折成盒子，不同的折叠方式所形成的结构决定了蛋白质的功能。氨基酸链条在...

AlphaFold为什么能精准预测蛋白质结构?

当不同的氨基酸连成一串的时候,它们会脱水形成肽链,也就是蛋白质的一级结构;而这样的一级结构是不稳定的,受到疏水作用、氢键和范德华力等影响,肽链最终会折叠成一个非常复杂而稳定的三维结构。图1是一个蛋白质折叠前后对比的例子。图1:蛋白质折叠示意图丨图源:wiki蛋白质折叠成何种结构决定了它将具有何种功能,...

.../中科院深圳先进院毕国强团队破解抑制性神经突触中受体蛋白的...

这种组织形式可以通过突触后支架蛋白和受体之间灵活相互作用而形成,并且与突触前囊泡释放位点存在对应关系。图1.冷冻电镜断层原位成像技术解析神经突触受体蛋白原位结构与组织分布抑制性突触中受体分子与支架蛋白的这种介态状自组织形式,使得突触同时具备了稳定性和可变性,这一特性从分子组织结构层面很好地解释了学习与记...

...郭增旺副教授等:乳脂肪球膜的结构特性及其体内代谢研究进展

从整体上看,如图1所示,TG被极性脂质形成的单层内膜所包裹,而在单层内膜表面,还存在着大量的细胞质,在蛋白层和最外层的双分子层之间形成“细胞质月牙”。MFGM以磷脂双分子为骨架,外周膜蛋白以部分嵌入或松散的方式附着于磷脂双分子层上,跨膜蛋白穿过磷脂双分子层,糖脂和糖蛋白在膜的外层,胆固醇包埋在磷脂双分子层...

疟原虫和弓形虫微孔的蛋白质组成及其潜在机制

Parasitology发表了题为“Apicomplexamicropore:history,functionandformation”的综述性论文,基于近年来顶复门原虫内吞研究的突破性进展,全面概述了该门的特殊内吞胞器——微孔的发现历史和功能,重点阐释了微孔在疟原虫和弓形虫中的结构和蛋白的异同,并提出了微孔核心蛋白K13、EPS15和UBP1等在微孔形成过程中的...

知耕PI专辑|AlphaFold 3 预测了所有生命分子的结构和相互作用

这个任务要求网络在多种长度尺度上学习蛋白质结构,其中小噪声下的去噪任务强调了对局部立体化学的理解,而高噪声下的去噪任务则强调了系统的大尺度结构(www.e993.com)2024年11月29日。在推断时,会采样随机噪声,然后通过递归去噪产生最终的结构。重要的是,这是一个生成式的训练过程,会生成一系列答案的分布。这意味着,对于每个答案,局部结构都将被...

汪小我基于深度学习的交互式工具包,用于高效和有效的蛋白质设计

1.设计过程和利用DIProT进行交互式蛋白质设计蛋白质设计是一项复杂的任务，通常需要多次反复试验。这一过程通常从选择一个对所需功能具有高潜力的参考结构开始。然后通过突变或蛋白质设计算法生成氨基酸序列，并进行实验验证，以评估其结构是否接近参考结构及其功能。这些实验结果将指导保守区域的识别和其他区域的完善，...

Transformer大杀器进入蛋白质组学,一文梳理LLM如何助力生命科学...

规模大到一定程度时,语言模型会表现出有用的能力,如少样本语言翻译、常识推理和数学推理等,这些能力是将简单的训练过程扩展到大型数据语料库的结果,生物学中的序列推理也有类似的思路。由于蛋白质的结构和功能制约着其序列的突变,而突变是通过进化选择出来的,因此可以从序列模式推断生物结构和功能,这将有助于深入了...

Nature Methods | 张阳团队开发远超AlphaFold2精度的蛋白互作结构...

基因是构造生命的基本蓝图,而蛋白质则是生命功能的执行者和生命现象的体现者。细胞中的蛋白质主要是通过与细胞内其它蛋白质的相互作用来实现其绝大部分生物学功能。因此,蛋白质-蛋白质相互作用(简称“蛋白质互作”)在生命功能的实现以及生物的进化过程中都扮演极其重要的角色。例如,抗体和抗原蛋白相互作用可以帮助生命个...

干货分享:蛋白质融合表达的标签及切割研究汇总

(b)对三级结构和生物活性影响小。(c)可方便且专一的去除以产生天然蛋白质。(d)在纯化过程中重组蛋白的分析简便准确。(e)适用于大量的不同蛋白质。有几种不同的策略用于大规模生产重组蛋白质。其中一种办法是使用很小的肽标签,这些标签不会与融合的蛋白质发生干扰。使用最为广泛的有多聚精氨酸,FLAG-,多...