中国科大用深度学习实现高实验成功率的蛋白质序列从头设计

图2.左侧图为实验验证采用的一个目标主链结构(天蓝色)与相应ABACUS-R设计蛋白晶体结构(绿色)的叠合比较。在右侧展示的局部结构放大图中,ABACUS-R设计蛋白的残基间氢键等极性相互作用不同于天然结构。相较于ABACUS模型,ABACUS-R序列设计更高的成功率和结构精度进一步增强了数据驱动蛋白质从头设计方法的实用性。ABACUS...

分析蛋白质功能结构域的策略和步骤

1.序列比对使用如BLAST之类的工具,将目标蛋白序列与已知的蛋白数据库进行比对,寻找相似的已知结构或功能的区域。2.域预测使用专门的软件工具,如Pfam、InterPro、SMART等,来预测蛋白序列中可能存在的结构域或功能域。3.三维结构预测如果可行,可以使用如Phyre2、SWISS-MODEL等工具来预测蛋白质的三维结构。这可以...

未来实验室丨食用蛋白、可降解生物塑料……这些都是合成生物制造的!

让微生物成为富含蛋白的原材料，科研人员首先要寻找到适合的微生物菌株。但天然的菌株生产蛋白的能力有限，要在实验室里对种子选手进行不断诱导、筛选和培育，这就仿佛是人工育种的过程，通过不断迭代，新的微生物菌株生产蛋白的能力被大大提升。通过发酵工艺，这些生产蛋白能力强的菌株，就被大批量生产出来，从而提取...

科学家揭示蛋白质折叠构象过程

折叠蛋白质将在其内部形成氢键,也与其周围的水分子形成一系列氢键。在此过程中,蛋白质会不断尝试不同的构象,这些构象都是蛋白质在形成最终3D结构过程中的“中间形态”。在达成最终构象途中,蛋白质有时会进入“死胡同”,然后它会倒退,直到偶然发现另一条路。为此,研究人员想到将数据声音化。这是一种将分子数据转...

全球首次湿实验证实,上交成功实现“蛋白质功能定向进化”,零数据...

ProtLGN框架示意图荧光蛋白发光强度(FP),VHH抗体结合强度与热稳定性,以及中温核酸剪切酶(KmAgo)剪切活性的多点位突变结果湿实验结果表明,ProtLGN可以在没有湿实验数据或仅少量类似功能蛋白质的实验数据基础上达到40%的单点位改造成功率,并且在部分单位点上实现了多种功能协同提升。

天府锦城实验室在生物传感与蛋白质测序领域取得重要进展

破译蛋白质信息是探索生命现象、促进人类健康的关键一环(www.e993.com)2024年11月8日。该研究成果阐明了纳米孔单分子检测新策略，实现了对全部20种天然氨基酸的直接区分，提出并验证了纳米孔外切酶实时多肽测序（NanoporeExopeptidaseReal-timePeptideSequencing,NEPS）方法，为实现单分子蛋白质测序提供了可行途径，展示出生物传感器技术与人工智能...

北京大学深圳研究生院蛋白质组学和蛋白质翻译后修饰实验室招聘...

高晋君课题组将在化学生物学、蛋白质组学、蛋白质翻译后修饰、表观遗传学和癌症生物学等多个交叉领域开展研究工作。课题组致力于开发创新的蛋白质组学技术,并结合前沿的化学和分子生物学工具,探索蛋白质翻译后修饰参与细胞过程和疾病发病的功能机制,以识别疾病标的物,并发现新的治疗靶点和药物。具体包括以下三个方向:...

AI Agent自主设计全新蛋白质登Nature!机器人可自己做实验,无需...

结果:用于蛋白质工程的完全自主系统在这项工作中,研究者试图建立一个完全自主的系统,来模仿人类的生物发现和设计过程。人类研究者可以被视为在实验室环境中执行操作、接收数据作为反馈的智能体。通过与实验室环境的反复互动,人类智能体可以理解系统、学习行为,以实现工程目标。

水平旋转摇床在蛋白质结晶实验中发挥的作用

在实验过程中,为了获得高质量的蛋白质晶体,需要采取一系列的实验条件和设备。其中,水平旋转摇床作为一种重要的实验设备,在蛋白质结晶实验中发挥着重要的作用。一、水平旋转摇床的简介及工作原理沃信VSZD-IIIAA型水平旋转摇床沃信VSZD-IIIAA型水平旋转摇床...

深入了解GST Pull Down实验:揭示蛋白质结合与信号

2.2研究信号传导途径:信号传导途径是细胞内外信息传递的重要过程。GSTPullDown实验可以帮助科学家们深入了解信号传导途径的调控机制。通过研究信号通路中的关键蛋白质相互作用,我们可以揭示信号传导的调控机制,发现新的信号分子和调节因子。例如,通过GSTPullDown实验,研究人员揭示了某些信号通路中的蛋白质结合关系,为信...