从结构准确预测蛋白质功能,东北大学「CNN+GCN」统一框架

为了应对这些挑战,东北大学的研究人员从蛋白质结构出发,提出将卷积神经网络(CNN)和图卷积网络(GCN)结合成一个统一框架,称为双模型自适应权重融合网络(Two-modelAdaptiveWeightFusionNetwork,TAWFN),用于蛋白质功能预测。TAWFN在预测蛋白质结构功能方面表现出了良好的性能,优于现有方法。相关研究以「TAWFN...

中国农业科学院植物蛋白结构与功能调控创新团队探明了不同来源...

核心提示:近日,中国农业科学院农产品加工研究所植物蛋白结构与功能调控创新团队通过比较不同来源蛋白的组成、结构、理化性质和发泡特性,揭示了蛋白气-水界面及泡沫功能特性与其理化、结构性质的关联机制。近日,中国农业科学院农产品加工研究所植物蛋白结构与功能调控创新团队通过比较不同来源蛋白的组成、结构、理化性质和发...

超越蛋白质结构,全面预测蛋白质与所有生命分子相互作用

该研究推出了AlphaFold3,这是一个强大的结构预测统一框架,涵盖了前所未有的广度和精确度,能够高准确性预测蛋白质与其他各种生物分子相互作用的结构。这一最新模型能预测含有蛋白质数据库(ProteinDataBank)内几乎所有分子类型的复合物的结构,包括配体(小分子)、蛋白质、核酸(DNA和RNA)如何聚集在一起并相互作用,以及...

2024年诺贝尔化学奖:蛋白质设计与结构预测革新生物学范式

而AlphaFold2能够直接从蛋白质的氨基酸序列中预测蛋白质的3D结构,并且达到原子级精度,被认为解决了困扰人类50年历史的蛋白质折叠挑战,迅速推进了人类对基本生物过程的理解,并促进药物设计。2018年,DeepMind官宣了旗下AlphaFold。初亮相时,它在第13届“蛋白质结构预测奥运会”CASP比赛中,成功预测了43种蛋白质中2...

中国科大在人类癌症细胞的多药耐药蛋白的结构和功能研究领域取得...

基于蛋白质结构分析以及生化分析的结果,作者发现ABCC3具有一个双亲性的底物结合口袋,两个缀合的激素分子以不对称方式占据该底物口袋。结合以前的文献报道,作者提出了同类多药耐药蛋白底物结合口袋的共同特征,为合理设计MRPs的抑制剂提供了方向。相关研究成果以“PlacingsteroidhormoneswithinthehumanABCC3...

因为一个“很难,很重要的问题”,我从计算机转向研究蛋白质

这里展示了蛋白质结构与功能的三个例子(www.e993.com)2024年11月8日。左边这幅图显示了新冠抗体和病毒刺突蛋白结合的样子,抗体通过和刺突蛋白结合,就可以阻挡新冠病毒进入人体细胞。中间这幅图片是一个血红蛋白,它的主要功能是帮助我们把氧气运输到人体各个地方。怎么运输?你看到中间有些小球,这些小球表示的是铁原子。血红蛋白把铁原子包裹起来,铁...

...Methods | 揭示糖基化奥秘:GlycoShape工具助力精准糖蛋白结构...

GlycoShape是一种开放访问的糖链结构数据库和工具箱,旨在帮助研究人员恢复和模拟糖基化后的蛋白质三维结构,从而更好地理解其在生物系统中的功能。GlycoShape数据库目前已包含超过500种独特的糖链,这些糖链主要来源于人类糖组,同时还包括一些其他哺乳动物、无脊椎动物、植物、真菌和细菌的糖链结构。这些糖链是通过累积1毫...

中国科大首次解析人类溶酶体维生素B12外排蛋白ABCD4的电镜结构

近日,中国科学技术大学微尺度物质科学国家研究中心和生命科学与医学部陈宇星教授和周丛照教授课题组与孙林峰教授课题组合作,利用冷冻电镜技术首次解析了人类溶酶体维生素B12外排蛋白ABCD4的近原子分辨率三维结构,为深入理解该类膜蛋白转运的分子机制以及其突变引发疾病的致病机理提供了基础。该研究成果以“Cryo-EMstructure...

Nature Methods:基因变异与蛋白质功能的动态链接:G2P平台推动临床...

API功能:G2P3DAPI允许通过基因、转录本、蛋白质序列和结构的标识符,实现从基因变异到蛋白质结构的无缝映射,从而帮助研究者分析变异对蛋白质功能的影响。平台基于React.js前端和GoogleCloud后端架构,支持用户与广泛的数据资源交互。通过集成gnomAD(GenomeAggregationDatabase)、ClinVar和HGMD(HumanGeneMutationDat...

青科沙龙第120期 | Cell Research-从头设计异手性蛋白质-蛋白质...

本期青科沙龙关键词镜像蛋白D型蛋白L型蛋白多肽药物相关介绍2024年8月14日,西湖大学卢培龙研究员实验室与清华大学刘磊教授实验室合作在CellResearch杂志发表了题为Accuratedenovodesignofheterochiralprotein-proteininteractions的研究论文。该研