微生物组-扩增子16S分析和可视化(2024.10)
福利公告:为了响应学员的学习需求,经过易生信培训团队的讨论筹备,现决定安排扩增子16S分析、宏基因组、转录组的线上/线下同时开课。报名参加线上直播课的老师可在1年内选择参加同课程的一次线下课。期待和大家的线上线下会晤。目前可以通报的信息:转录组线上/线下开课时间:2024/09/20-2024/09/22临床基因组学...
微生物组-宏基因组分析专题研讨会 (2024.11,线下+线上)
高通量测序所谓的大数据,都是在原始数据和分析过程中体积大,但结果不大。通常宏基因组分析会获得样品物种组成、功能组成表,这些表格是下游分析、高级分析以及个性分析的起点,绝大部分工作在我们的笔记本上是可以搞定的,只是很多人并不知道如何入手。其实你的个人电脑就是数据表(丰度矩阵)统计分析的利器。易生信团队独...
江苏省中医院: 黄蜀葵花多糖及相关代谢物通过调节肠道菌群和FXR/...
在本研究中,肠道微生物群16SrDNA基因V3-V4区的高通量测序表明,DSS诱导的结肠炎小鼠的肠道微生物群在多样性和组成方面与对照组小鼠存在显著差异。PCA分析结果显示,对照组和DSS组之间存在差异,在结肠炎小鼠接受ACP干预后,我们观察到部分校正的趋势(图4A)。α多样性指数和β多样性指数显示,ACP组的Chao1、Shannon、ACE...
猫源败血波氏杆菌的分离鉴定及致病性研究|细菌|菌株|毒力|阴性|病...
16SrRNA基因检测与测序结果表明,该菌株属于典型猫败血波氏杆菌,与标准菌株NBRC13691的同源性为99%,该细菌可以在鲍-姜氏平板上生长,菌落呈现圆形、光滑、边缘整齐。生化反应试验结果显示,该菌株符合波氏菌属细菌典型反应特征;药敏试验结果显示,该菌对氯霉素、新霉素、红霉素等敏感,对氨苄西林、链霉素、利福平、磷霉素和...
FSHW | 补充蒸谷米通过调节肝脏基因和肠道菌群缓解小鼠高脂饮食...
主坐标分析(PCoA)显示3个处理组存在差异聚类(图6C)。结果表明,当提供90%椭圆时,HFDRR与Con组的聚类有差异。PR处理后,HFDPR组在X轴上更接近Con组,说明PR可以改善小鼠肠道菌群。通过16SrRNA测序分析3个处理组结肠内容物中微生物群的结构变化。在经过8周的饮食干预后,本研究还测试了各组特定微生物相对丰度的...
科研丨西农: 血清代谢组学结合16S rRNA测序揭示枸杞多糖对宿主...
血清代谢组学分析显示脂肪酸降解途径丰富,RT-PCR进一步证实LBP上调了肝脏脂肪酸氧化相关基因的表达(www.e993.com)2024年10月18日。Spearman相关分析表明,部分血清和肝脏脂质谱以及肝脏SOD活性与乳杆菌、乳球菌、瘤胃球菌、Allobaculum和AF12相关。综上,这些结果为LBP摄入对高脂血症和非酒精性脂肪肝病的潜在预防作用提供了新的证据。
pmoA+16S测序+qPCR,揭秘溶洞甲烷氧化菌的分布
通过对样本进行pmoA和16SrRNA基因高通量测序,解析甲烷氧化菌和总体细菌的群落结构(通过QIIME2分析;pmoA功能基因翻译成氨基酸进行物种注释);并结合样本理化性质和甲烷浓度的测定结果,探寻细菌群落结构和理化因子的关联变化模式;最后通过模块化的关联网络分析,对群落微生物成员之间的互作关系进行研究。
高通量测序分析麦麸发酵过程中微生物群落结构的变化
1发酵麦麸样品的测序结果质量分析采用高通量测序获得发酵麦麸样品的原始序列数据后,经过Trimmomatic、FLASH等软件优化数据后得到了4个样品共97666条细菌有效序列,真菌有效序列为143845条。经数据预处理最终得到的细菌优质序列分布统计见图1A,测序长度主要集中在400~440bp的区间长度内,与设计引物扩增长度相似;...
高分文章炼成记---16s测序联合转录组研究新思路
瘤胃上皮细胞转录组测序测序:PE125测序、IlluminaHiseq2500平台测序分析结果1、短链脂肪酸(SCFA)浓度变化分析:饲养不同处理组(MC和LC)、喂养取样不同时间点间瘤胃内总短链脂肪酸(SCFA)、PH以及短链脂肪酸(SCFA)主要成分的变化情况进行分析,如下图。
综述| NAT REV MICROBIOL:微生物群落中的水平基因转移分析
在这些细菌供体和土壤群落之间进行实验室接合实验,然后进行荧光激活细胞分选和16S测序,从而揭示能够获得质粒的转接合子亚群。这项研究的结果令人振奋,它表明在细菌中存在着广泛的基因转移事件。由于这种方法可能会因异质细菌亚群的分类而出现假阳性,因此必须进行基因确认。病毒标记在分析噬菌体-宿主相互作用上也很有效。分离...