他们用AI破译蛋白质结构“密码”
在蛋白质的世界里,氨基酸以长链的形式相连,折叠成复杂的三维结构,赋予蛋白质重要功能。自20世纪70年代以来,科学家一直致力于根据氨基酸序列预测蛋白质结构,但这是一项极其艰巨的任务。因为有些氨基酸和其他氨基酸相互作用,有些氨基酸则具有疏水性。而且氨基酸链形成了复杂的形状,使精准确定蛋白质结构难上加难。AI模...
分析蛋白质功能结构域的策略和步骤
1.序列比对使用如BLAST之类的工具,将目标蛋白序列与已知的蛋白数据库进行比对,寻找相似的已知结构或功能的区域。2.域预测使用专门的软件工具,如Pfam、InterPro、SMART等,来预测蛋白序列中可能存在的结构域或功能域。3.三维结构预测如果可行,可以使用如Phyre2、SWISS-MODEL等工具来预测蛋白质的三维结构。这可以...
Nature Methods:基因变异与蛋白质功能的动态链接:G2P平台推动临床...
可视化功能:用户可以通过平台上传自己的蛋白质残基注释(如变异和功能得分),并将这些数据与现有的数据库信息进行交互式映射。此外,所有注释的数据都可以在平台上进行可视化和下载,用于后续分析。API功能:G2P3DAPI允许通过基因、转录本、蛋白质序列和结构的标识符,实现从基因变异到蛋白质结构的无缝映射,从而帮助研究者...
【新华社】我国科学家建立蛋白质设计新方法
蛋白质的结构与功能由氨基酸序列所决定。目前,能够形成稳定三维结构的蛋白质,几乎全部是天然蛋白质,其氨基酸序列是长期自然进化形成。在天然蛋白结构功能不能满足工业或医疗应用需求时,想要得到特定的功能蛋白,就需要进行蛋白质设计。近年来,国际上蛋白质从头设计的代表性工作主要采用天然结构片段作为构建模块来拼接产生人工...
中国科大在人类癌症细胞的多药耐药蛋白的结构和功能研究领域取得...
结构分析表明,apo-formABCC3结构呈现向细胞质基质开口(inward-facing)的构象:两个核苷酸结合结构域(NBD)彼此分开,两个跨膜结构域(TMD)形成一个朝向细胞质基质开放的“V形”底物转运通道。与经典的ABC转运蛋白不同,其N端有一个额外的五股跨膜螺旋组成的TMD0结构域。TMD0的五股跨膜螺旋聚拢在一起,形...
Cell Press Live:蛋白质结构与功能预测及设计
8月22日(周四)晚19:00,CellPress细胞出版社旗下数据科学期刊Patterns将联合TrendsinBiotechnology(现已开始接收研究类文章)为大家带来本年度第四场CellPressLive线上讲座,主题为《蛋白质结构与功能预测及设计》(www.e993.com)2024年10月17日。本次会议邀请到来自西湖大学的李子青、深圳湾实验室的周耀旗,复旦大学的朱山风、北京大学的张文...
...等解读AI赋能的蛋白质结构与功能预测及设计丨Cell Press线上讲座
全世界最大的蛋白质数据库UniProt收录了大约2亿5千万蛋白序列,但是目前只有不到0.1%的蛋白质具有生化实验验证的基因本体(GeneOntology)功能标注。这凸显了开发高性能蛋白功能预测算法的重要性。现有方法主要关注蛋白质序列、网络及结构数据,而忽视了蛋白相关文献信息。然而目前大约82%的SwissProt蛋白已拥有专家标注的文献...
清华大学药学院学者开发基于蛋白质语言模型的结构与功能预测方法
蛋白质语言模型,通过对大量序列的自监督学习,能够捕捉到氨基酸残基之间复杂的相互作用和模式。这些模型不仅能够预测蛋白质的三维结构,还能够揭示其功能和动态特性,并展现出优于经典计算生物学方法的表现。田博学课题组开发了一系列的基于蛋白质语言模型的方法,在抗体结构、蛋白质与DNA结合位点、细胞色素450酶活性预测等工作...
AlphaFold3问世,全面预测蛋白质与所有生命分子相互作用及结构
AlphaFoldServer是一个免费平台,世界各地的科学家可以使用它进行非商业研究。只需点击几下,生物学家就可以利用AlphaFold3的强大功能来模拟由蛋白质、DNA、RNA以及一系列配体、离子和化学修饰组成的结构。AlphaFoldServer帮助科学家提出新颖的假设并在实验室进行测试,加快工作流程并实现进一步的创新。该平台为研究人员...
David Baker:可预测所有生物分子,生成具有高级结构的蛋白质
蛋白质是生命活动的物质基础,也是细胞内部的主要功能分子。公开资料显示,AlphaFold是DeepMind推出的蛋白结构预测工具;RoseTTAFold是DavidBaker实验室推出用于预测蛋白质结构的深度神经网络,RFdiffusion则是该实验室推出用于从头构建全新蛋白质的生成式AI工具。这些工具专注于蛋白质的氨基酸构建模块,而非捕获蛋白质...