从结构准确预测蛋白质功能,东北大学「CNN+GCN」统一框架

准确识别蛋白质功能有助于更深入地了解疾病机制,并有望发现新的治疗靶点。开发一种准确有效的蛋白质功能预测方法至关重要。当前预测蛋白质功能的方法主要集中在三个领域:蛋白质序列、蛋白质结构和蛋白质-蛋白质相互作用网络。当前针对蛋白质结构的方法很少,通常单独使用卷积神经网络(CNN)或图卷积网络(GCN)。单独...

专访诺奖得主David Baker:生物学非常重要,它超越了AI蛋白质设计

Top7基于特定结构设计没有任何功能,但现在我们可以设计具体各种新功能的蛋白质。Q:将蛋白质序列与功能连接起来的领域在哪里?Baker:回到Binder(蛋白质配体结合剂)设计问题,我们正在做的很多事情都是从靶点结构开始。现在使用AlphaFold,可以非常准确地生成许多蛋白质的结构。功能也很重要,因为我们想生成能够治疗疾...

生物医学的大变革:“AlphaFold时刻”给蛋白质科学带来深刻影响

03研究人员开发了名为DeepGO-SE的人工智能工具,能够预测未知蛋白质的功能,为生物技术进步开辟新前沿。04另一方面,MetaAI通过进化尺度建模研究,积极扩展蛋白质设计的边界,标志着蛋白质从头设计领域取得重大进展。05人工智能与蛋白质设计的结合有望为生物技术和医学带来颠覆性的变革,实现按需创建定制功能蛋白质的能力。

分析蛋白质功能结构域的策略和步骤

1.序列比对使用如BLAST之类的工具,将目标蛋白序列与已知的蛋白数据库进行比对,寻找相似的已知结构或功能的区域。2.域预测使用专门的软件工具,如Pfam、InterPro、SMART等,来预测蛋白序列中可能存在的结构域或功能域。3.三维结构预测如果可行,可以使用如Phyre2、SWISS-MODEL等工具来预测蛋白质的三维结构。这可以...

AI蛋白质折叠:在生命宇宙中漫游,远眺生物经济的流光

但大家不甚了解的是,遗传信息需要通过转录和翻译形成蛋白质,才能在生命体中执行各种功能。生长、发育、运动、遗传、繁殖等在内的一切生命活动都离不开蛋白质的参与,包括组成生命体、输送各类物质、抵御病毒、消化食物、提供能量、调节激素等,它也因此被称作“生命的物质基础”和“生命活动的主要承担者”。

类器官揭示新奥秘!Nat Commun:科学家发现SUMO蛋白唤醒沉睡的神经...

Hippo通路已知在多种细胞过程中扮演重要角色,如细胞增殖、细胞死亡和器官大小调节等,但其在大脑中的具体调节机制尚不清楚(www.e993.com)2024年11月8日。当Hippo通路的中心蛋白质Warts(限制细胞生长并阻止神经干细胞的再激活)被SUMO化修饰时,其功能会减弱,从而允许神经干细胞不断生长和分裂,形成新的神经元,促进大脑功能。

...实验室青年研究员谈攀发布关于FSFP:基于语言模型的蛋白质功能...

同时,为了研究FSFP的有效性。我们在一个具体的蛋白质Phi29改造案例中进行了湿实验验证,FSFP在只使用20个湿实验数据训练模型的情况下,能够将原始蛋白质预训练模型ESM-1v的top-20的单点突变预测阳性率提高25%,并且能找到将近10个全新的阳性单点突变。

Nature Methods | 突破蛋白质功能研究瓶颈:ORFtag高效标记与筛查...

ORFtag技术的多功能性、成本效益高且效率高,能够在蛋白质组范围内进行大规模平行标记和功能研究。(7月5日NatureMethods“Proteome-scaletaggingandfunctionalscreeninginmammaliancellsbyORFtag”)具体而言,ORFtag通过大规模转染培养的细胞,使ORFtag盒随机整合到基因组中,并通过将功能标签与整合位点下游的...

清华大学药学院学者开发基于蛋白质语言模型的结构与功能预测方法

蛋白质语言模型,通过对大量序列的自监督学习,能够捕捉到氨基酸残基之间复杂的相互作用和模式。这些模型不仅能够预测蛋白质的三维结构,还能够揭示其功能和动态特性,并展现出优于经典计算生物学方法的表现。田博学课题组开发了一系列的基于蛋白质语言模型的方法,在抗体结构、蛋白质与DNA结合位点、细胞色素450酶活性预测等工作...

Mol Cell|北京大学魏文胜团队实现人类蛋白质组中赖氨酸位点的功能...

通过一系列实验,研究者证实KCTD10-K171能够发生乙酰化修饰,并通过调控细胞周期蛋白TPX2和INCENP的蛋白稳态来控制下游信号通路,确保细胞周期正常进行。KCTD10-K171的突变可能导致细胞周期蛋白无法正常降解,从而引起细胞过度增殖。该位点可能成为潜在的癌症标志突变,有助于癌症的诊断和预后,并为新药研发提供了指导。