从计算机跨界生物学,坐了10年冷板凳后,他开创蛋白质预测新范式

很长一段时间内，结构生物学家们用X射线晶体学、核磁共振波谱学（NMR）、冷冻电镜(Cryo-SEM)三种实验技术解析了很多蛋白质的结构。这个方法有许多弊端，例如，用时长、费用高，而且并非所有蛋白质的三维构型都能用这些实验技术解析。因此，科学家们开始尝试用计算的方法，预测蛋白质结构。1972年，诺贝尔化学奖得主、...

合成生物学领域的重大进步:人造细胞可在内部产生多种蛋白质

它们是促进化学反应和分子系统工程的重要微反应器,是合成生物学途径的宿主,也是研究生命起源的重要工具。该团队开发了一种酶促合成的聚合物微胶囊,并使用它们来包裹细菌细胞的可溶性内容物(即胞质溶胶),从而创造出能够在内部产生一系列蛋白质的人造细胞,包括荧光蛋白、制造细胞骨架样结构的肌动蛋白,以及人类骨骼中发现...

深度| 为什么说想了解AI+合成生物学,必须先搞懂蛋白质?

常见的生物元件包括催化酶、转录因子、转运蛋白、蛋白支架等,看似迥异却有一个共性。这些功能元件都是蛋白质。蛋白质三维结构一道世纪难题细胞里中的DNA和RNA记录了我们的遗传信息,但真正在细胞里面执行功能的是蛋白质。如何执行功能?蛋白质在细胞里会折叠成固定的三维构型,这个三维结构决定了它的功能。研究蛋白...

模拟5亿年自然进化史,全新蛋白质大模型ESM3诞生,前Meta老将力作Le...

此外,ESM3与不同于模拟多种生物分子的AlphaFold3,只专注于蛋白质,但可以同时推理其序列、结构和功能,这种多模态能力属于领域首创。更让人耳目一新的是,ESM3在自然界中27.8亿个多样化蛋白质上进行训练,逐渐学习到了进化过程如何让蛋白质发生变化。从这个角度来看,ESM的推理过程可以被视为「进化模拟器」,这为当...

不用冷冻电镜,学会它你也能分分钟成为结构生物学大佬

Hide:根据蛋白结构的状态进行隐藏。Label:用以作标记,能够显示蛋白质中氨基酸残基和原子等名称及属性。Color:对蛋白结构的颜色进行调整。如部分论文要求为了方便红绿色盲患者阅读,不可使用红绿色搭配,此时可使用该选项进行修改。在进行上述操作时,使用鼠标的滚轮对蛋白结构进行平移和切割,使用鼠标的左右键对蛋白结构进...

再造一个英伟达?黄仁勋如何看待生物学与AI大模型的未来?

第二,ProGen可跨越不同蛋白质家族生成功能性蛋白质序列(www.e993.com)2024年11月8日。这意味着它们可以用于开发新的药物和治疗方法。AlphaFold2证明大语言模型常用的Transformer架构在蛋白质结构预测中很有效,ProGen则证明了大语言模型在蛋白质设计任务中也可以承担重要角色。我向于璠提问:为啥大模型能用于生物领域?

生物正交化学如何促进生物学和生物医学研究?

利用光亲和标记和蛋白质组学技术,发现(–)-vinigrol能够通过靶向PDI-ADAM17来抑制TNFR1,从而改善类风湿性关节炎的症状针对肿瘤坏死因子α(TNF-α)及其受体TNFR1治疗类风湿性关节炎(RA)已经开发出了各种生物制剂。然而,相比于生物制剂,调控这类细胞因子受体的小分子药物的报道较少。在这里,我们发现二萜类天然产物vi...

深入解析pull down实验:从技术原理到生物学意义

2.生物学意义:Pulldown实验在生物学研究中具有重要的意义。通过该实验,我们可以获得以下信息:2.1互作伙伴的识别:通过pulldown实验,我们可以鉴定特定蛋白质的互作伙伴,揭示蛋白质相互作用网络,有助于理解细胞信号传递和调控的机制。2.2功能分析:通过确定互作伙伴,我们可以推断目标蛋白的功能和调控途径。例如,某个蛋...

她,新晋「国家杰青」,专注生物材料研究!

在此,华东理工大学屈雪教授提出了一种材料生物调节疗法(MBMT)来促进头发再生,该疗法不依赖于光源,而是依赖于材料的自发化学反应来提供化学计量的ROS,并通过使用材料特异性内吞来改善ROS的细胞内输送。聚多巴胺(PDA)是一种受贻贝粘附蛋白启发的材料,具有适用于各种应用的多种功能。团队之前的研究表明,PDA具有氧化还原...

诺贝尔化学奖也花落AI领域!刚刚,AlphaFold开发者等人获奖 | 深度...

2021年,Hassabis博士和Jumper博士与欧洲分子生物学实验室的欧洲生物信息学研究所(EMBL-EBI)合作,发布了AlphaFold预测的蛋白结构数据库(AlphaFoldProteinStructureDatabase)。这个数据库涵盖了人类和20种常用模式生物的35万个蛋白质结构,并且对98.5%的人类蛋白质结构进行了准确预测——要知道在此之前,科学界解析的蛋白质...