AlphaFold为什么能精准预测蛋白质结构? | 返朴
AlphaFold3不仅仅能够预测蛋白质的三维结构,也能预测更广泛的生物分子复合物的结构(包括蛋白质、核酸、配体等),以及生物分子之间的相互作用。有趣的是,尽管AlphaFold3对于预测精度和广度都有提升,它自身的模型架构相比AlphaFold2却更加简化而且通用了。AlphaFold2虽然使用了Transformer这种通用的模型,但同时它也加入了...
盘点12种靶向蛋白质降解技术(下)
LYTAC与PROTAC类似,是具有两个结合域(下图)的双功能分子,一端携带与细胞表面跨膜受体CI-M6PR(阳离子非依赖性甘露糖-6-磷酸受体)结合的寡糖肽,另一端携带与靶蛋白结合的抗体或小分子,这两个结构通过Linker连接。通过在质膜上形成CI-M6PR-LYTAC-靶蛋白复合物被细胞膜“吞噬”并形成转运囊泡,将复合物转运到溶酶...
追问|蛋白质结构预测模型再升级,解锁新功能直接作用药物设计
新模型能够预测RNA结构,以及蛋白跟其它分子的复合物结构,特别是小分子配体,以及含有翻译后修饰的生物分子,抗原-抗体预测等,这是与药物设计直接相关的。很重要的原因是DeepMind独立出来的公司IsomorphicLabs主要从事AI制药的研发,他们与Deepmind共同发布了新一代模型,药物设计也是最容易落地应用的场景。澎湃科技:AlphaFold...
三优生物与百奥几何全新力作-基于干湿结合的药物结构及功能优化平台
尤其在蛋白结构解析这一方面涵盖早期的结构可行性分析、高难度原材料制备、基于晶体衍射和冷冻电镜的双技术结构解析和基于点突变的结构功能验证等一站式结构解析平台,可以完成未知蛋白及其复合物(蛋白、抗原抗体、蛋白核酸复合物、多元蛋白复合物、蛋白小分子复合物、VLP等)的真实结构解析。同时,通过深度整合数字化、计算生...
AlphaFold3来了!全面预测蛋白质与所有生命分子相互作用及结构...
这一最新模型能预测含有蛋白质数据库(ProteinDataBank)内几乎所有分子类型的复合物的结构,包括配体(小分子)、蛋白质、核酸(DNA和RNA)如何聚集在一起并相互作用,以及预测翻译后修饰和离子对这些分子系统的结构影响,从而帮助我们在原子水平上精确地观察生物分子系统的结构。
「AlphaFold 3」要来了?DeepMind推出新一代蛋白质结构预测工具,已...
更进一步说,蛋白质和小分子复合物的结构预测,应该是结合了AI和CADD两种方法,即分别基于数据库和物理原理,第三大升级:预测核酸、以及翻译后修饰结构(www.e993.com)2024年7月27日。核酸是关键遗传信息的携带者,并破译翻译后修饰--即蛋白质诞生后发生的化学变化。例如,在CasLambda与crRNA以及DNA结合的结构中,CasLambda共享CRISPR-...
复杂体系多尺度研究院马剑鹏团队在计算生物学取得突破,实现蛋白质...
该算法不但能成功解析冷冻电子显微镜(Cryo-EM)结构解析技术中因传统方法无法分辨而缺损的生物大分子(比如蛋白质、核酸或蛋白质/核酸复合物等)结构,并且能高效精准地分辨出柔性结构域在受测样品中的构象分布。这一新方法能有效建立高精度的生物大分子结构模型,帮助解决药物设计中因目标蛋白结构不准而导致的新药研发失败...
...国际顶级学术期刊刊发复旦团队先进智能算法:蛋白质结构冷冻...
该算法不但能够成功地解析冷冻电子显微镜(Cryo-EM)结构解析技术中因传统方法无法分辨而缺损的生物大分子(比如蛋白质、核酸或蛋白质/核酸复合物等)结构,并且高效精准地分辨出柔性结构域在受测样品中的构象分布。这一新方法能有效建立高精度的生物大分子结构模型,帮助解决药物设计中因目标蛋白结构不准而导致的新药...
复旦团队开发新型AI算法“看清”蛋白质精细结构,可与AlphaFold...
该算法不但能够成功地解析冷冻电子显微镜(Cryo-EM)结构解析技术中因传统方法无法分辨而缺损的生物大分子(比如蛋白质、核酸或蛋白质/核酸复合物等)结构,并且高效精准地分辨出柔性结构域在受测样品中的构象分布。这一新方法能有效建立高精度的生物大分子结构模型,帮助解决药物设计中因目标蛋白结构不准而导致的新药...
深圳湾实验室周耀旗:填补AlphaFold 2缺口,开启所有蛋白质结构的高...
也就是说,这种具有成本效益的技术可以在任何分子生物学实验室进行,而不需要昂贵的设备。相比用实验方法解析这些结构,如X射线衍射或冷冻电镜等,费用要低至少一个量级,而且该方法实验操作简单,后续有望改写蛋白质结构的研究范式。此外,这一技术可以进一步扩展到预测蛋白质复合物,以及具有翻译后修饰的蛋白质的结构。