成都中医药大学中医药分析共享蛋白质功能及结构研究科研平台建设...

中医药分析共享蛋白质功能及结构研究科研平台建设项目的潜在投标人应在四川省政府采购一体化平台项目电子化交易系统(以下简称“项目电子化交易系统”)获取招标文件,并于2024年11月28日11时00分(北京时间)前递交投标文件。一、项目基本情况项目编号:N5100012024003503项目名称:中医药分析共享蛋白质功能及结构研究科研...

从结构准确预测蛋白质功能,东北大学「CNN+GCN」统一框架

当前预测蛋白质功能的方法主要集中在三个领域:蛋白质序列、蛋白质结构和蛋白质-蛋白质相互作用网络。当前针对蛋白质结构的方法很少,通常单独使用卷积神经网络(CNN)或图卷积网络(GCN)。单独使用CNN或GCN存在以下问题:使用CNN时可能会发生信息丢失,因为它们的局部接受场可能无法捕捉蛋白质的整体结构。如果关键...

...Commun:LSD1既能去除组蛋白上的“标签”,又能为其他蛋白质提供...

目前,一些临床试验正在测试抑制LSD1蛋白的能力以修饰基因表达。然而,本文研究结果表明,LSD1不仅会以一种此前认为的改变组蛋白的方式(即染色体长DNA螺旋盘绕的蛋白质)来影响基因表达,而且其还能作为一种特殊支架,为控制DNA甲基化的其他蛋白质提供支持性结构。研究人员观察到,即使LSD1的酶功能受到抑制,其支持能力仍然...

专访诺奖得主David Baker:生物学非常重要,它超越了AI蛋白质设计

Baker:我们知道蛋白质能执行一系列惊人的功能,我们体内有无数蛋白质,这些都经过数百万年或数十亿年的进化。例如光合作用或大脑中介导认知的离子通道。现在,人类出现了新的非常急迫的问题。在医学领域,由于人们寿命更长,因此出现了新的疾病。新的病毒也有可能出现造成全球疫情。除此之外,地球也被污染,人类环境正在恶化。

生物医学的大变革:“AlphaFold时刻”给蛋白质科学带来深刻影响

01人工智能在蛋白质设计领域取得显著成果,为药物研发和生物技术领域带来前所未有的机遇。02机器学习方法正广泛应用于设计PET解聚的水解酶、治疗酶以及基于进化信息的蛋白质设计。03研究人员开发了名为DeepGO-SE的人工智能工具,能够预测未知蛋白质的功能,为生物技术进步开辟新前沿。

Nature Methods | 突破蛋白质功能研究瓶颈:ORFtag高效标记与筛查...

利用这种方法,研究人员能够在小鼠胚胎干细胞中进行转录激活因子、抑制因子和转录后调控因子的功能筛查(www.e993.com)2024年11月8日。筛查可识别出新的调控因子,包括通过其他方法无法获取的长ORFs。综上,ORFtag技术的开发和应用,代表了蛋白质功能研究领域的一次重要进步。这一方法不仅为系统地研究蛋白质功能提供了新的工具,还为未来的基因功能研究和...

清华大学药学院学者开发基于蛋白质语言模型的结构与功能预测方法

蛋白质语言模型,通过对大量序列的自监督学习,能够捕捉到氨基酸残基之间复杂的相互作用和模式。这些模型不仅能够预测蛋白质的三维结构,还能够揭示其功能和动态特性,并展现出优于经典计算生物学方法的表现。田博学课题组开发了一系列的基于蛋白质语言模型的方法,在抗体结构、蛋白质与DNA结合位点、细胞色素450酶活性预测等工作...

...实验室青年研究员谈攀发布关于FSFP:基于语言模型的蛋白质功能...

因而,行业内急需一种在不需要大量湿实验数据情况下,依然能够对蛋白质突变-功能做出准确预测的方法。目前的蛋白质无监督预训练模型能在完全没有湿实验的情况,以零样本(zero-shot)预测蛋白质突变-性质的变化,但是这种预测方法往往精度较低,且上述无监督模型无法直接利用有限的湿实验数据对上面无监督模型进行微调。

Nat. Biotechnol. | 通过全新设计的蛋白质激发功能

在许多情况下,相关的功能基序可以直接从天然蛋白质中提取,并作为全新蛋白质结构的一部分进行支架化。这种策略已被部署到在设计的免疫原表面支架化抗原表位。使用这种方法的其他成功样例包括支架化肽结合基序、金属结合位点和配体结合基序以完成相关的功能任务。

Mol Cell:魏文胜团队实现人类蛋白质组中赖氨酸位点的功能解码

该研究采用腺嘌呤碱基编辑工具(ABE),建立了一种在全蛋白质组范围内筛选功能性氨基酸位点的策略,并通过细胞适应性筛选,获得了蛋白质组功能性赖氨酸位点的图谱。在人类蛋白质组众多的氨基酸残基中,研究者首先关注了赖氨酸。赖氨酸残基携带正电荷,在蛋白质的结构、与其他分子的相互作用等方面发挥着重要作用,同时也是多...