图形解读系列|给你5个示例,你能看懂常用热图使用吗?

样本相关性热图为对称热图,每个单元格代表一个相关性值,具体是哪种类型的相关性可从图例()获取。一般结合层级聚类展示,样品相似度高的聚在一起。同时标记样品自身的分组、处理信息,查看样品聚类结果是否与生物分组吻合、差别在哪、各个生物重复的一致性怎么样、各个生物重复是与自己组的样品一致性高还是与其它组样品...

科研| mSystems:农业管理对根际活性细菌群落组成和硝化作用的影响

有颜色的节点和阴影表示在总(红色)或代谢活性(绿色)群落中特定分类单元的相对丰度存在显著差异;黄色节点,无显著性差异。1,Proteobacteria(1a,Betaproteobacteria;1b,Deltaproteobacteria;1c,Gammaproteobacteria;1d,Alphaproteobacteria);2,Planctomycetes;3,Nitrospirae;4,Gemmatimonadetes;5,Firmicutes;6,Chloroflexi;...

上海交通大学 | The ISME Journal:宏基因组分析:超深渊海沟病毒...

框架右上角的热图显示了通过双尾Student’st-test计算的所有样本组对之间差异的显著性水平。代表样本组的底部字母对应于显著性热图的坐标。由于海洋细菌和病毒基因组的GC含量已被发现与其栖息地显著相关,于是我们计算了所有vOTUs的GC含量,结果表明,来自海水的vOTUs(平均43.3%)的GC含量(p<0.001)显著高于来自沉积物...

医学论文中如何描述统计方法和研究结果|中华流行病学杂志|统计学|...

例如,瑞舒伐他汀试验采用意向性分析(intentiontotreat)数据集,通过计算OR值及其95%CI来评价术后房颤发生风险在试验组与对照组间的差异,置信区间包含1说明研究结果不拒绝原假设,即两组的术后房颤发生风险相等;考虑到重复测量的需要,采用协方差分析比较两组术后6~120h肌钙蛋白Ⅰ释放曲线下面积的对数,并计算其均...

微生物扩增子测序图表解读(实例数据)

6.Alpha多样性指数差异箱形图分别对Alphadiversity的各个指数进行秩和检验分析(若两组样品比较则使用R中的wilcox.test函数,若两组以上的样品比较则使用R中的kruskal.test函数),通过秩和检验筛选不同条件下的显著差异的AlphaDiversity指数。