中科院1区-遵义医大&西南医大: 肠道菌和代谢组学揭示黄芩苷对衰老...
统计显著性采用T检验进行评估。(E)基于Bray-Curtis相异性进行主坐标分析,以探索D+Lig+Veh(n=10)、D+Ph+Veh(n=9)和D+Lig+Mbai(n=10)的肠道微生物群特征。(F)使用ANOSIM分析比较三组之间肠道微生物群组成的相似性和差异性。R>0表示组间差异大于组内差异。统计分析的可靠性用p值表示。(G)在门水平上,三...
iMeta | 齐素华/顾兵/罗兰/王亮-揭示玛咖来源细胞外囊泡可通过脑...
为了评估不同组之间肠道微生物群β‐多样性的变化,我们进行了基于Bray‐Curtis距离矩阵的主坐标分析(图3E)和偏最小二乘‐判别分析(PLS‐DA)(图S2B)。通过ANOSIM检验(R=0.772,p=0.001),我们发现这四组被聚集成了不同的β多样性估计值组。为了更深入地了解Maca-EVs给药后微生物群的变化,我们使用线性判别分...
中医药护肝-成中医:肠道菌结合代谢组学揭示芪甲柔肝汤对肝纤维化...
Ace、Chao1和Shannon的指数表明,CCl4诱导后肠道微生物群的丰富度和多样性增加。然而,服用QJ后,Ace和Chao1指数下降(图4A)。结果表明,QJ处理抵消了HF对肠道微生物群丰富度的影响。然后,我们使用基于加权unifrac的PCoA和ANOSIM来分析各组之间肠道微生物群落结构的变化。ANOSIM(R=0.613,p=0.016,补充图S1D)显示,三...
Microbiome | 刘庆友/陈卫华构建山羊肠道微生物基因组目录
我们发现,样本在胃肠道位点上有显著的聚类(相似性分析(ANOSIM);细菌/古细菌:R=0.1867,P<0.001;病毒:R=0.0167,P<0.002;图3b)。如图3b所示,大肠和直肠的样本聚集在一起,并与胃部样本分开,这是符合预期的。这些结果表明了不同胃肠道部位的独特微生物组成。然后,我们更详细地研究了沿着山羊胃肠道的微...
中药多组学2区: 柴胡疏肝散可通过改善肠菌和代谢紊乱预防胆固醇结石
我们使用基于加权UniFrac距离的NMDS模型和基于Bray距离的相似性分析(ANOSIM)分析,发现在不同时间点的第2周、第4周、第6周和第8周之间存在显著差异(图2E)。第8周,螺杆菌、短螺菌属和假单胞菌的丰度增加,乳杆菌和阿克曼菌的丰度减少(图2F)。LDA显示,螺杆菌和假单胞菌科在第八周显著富集(图2G)。
上海交通大学 | The ISME Journal:宏基因组分析:超深渊海沟病毒...
根据PCoA分析,海水和沉积物(ANOSIM,r=0.971,p=0.002)病毒群落差异最大,其次是不同沟道(r=0.4715,p=0.003)(图S15)(www.e993.com)2024年9月8日。此外,仅考虑马里亚纳海沟中的海水病毒时,深度分层海带是显著的分化因子(r=0.9583,p=0.003)。此外,Shannon指数显示,雅普海沟海水中的病毒群落表现出最高的多样性,其次是雅普海沟沉积物中的病毒...
易基因|DNA甲基化研究的测序数据挖掘思路:干货分享
相似性分析(ANOSIM)置换多元方差分析(ADONIS)NMDSPCoA(4)聚类分析聚类分析考虑的是各样本之间的距离,即不相似性。一般采用共同覆盖的5×以上位点进行分析。与降维分析的差别在于,聚类分析更真实地反映样本的差距,而非仅考虑两个代表性维度。(5)相关性分析相关性分析考虑的是各样本之间的相似性。一般采用共...
宏基因组学技术与微生物群落多样性分析方法
常见的对样本间差异进行统计检验的方法有:ANOSIM(分组相似性分析)、PERMANOVA(置换方差分析)与MRPP(多响应置换过程)等。但在进行环境因子与样本群落间差异的相关性统计性检验时,传统的相关系数检验往往不能很好地实施。Mantel检验方法可以对两个矩阵之间的相关性显著性进行检验。对多变量矩阵或控制变量矩阵进行相关性...
科研| FRONT MICROBIOL:圈养和野生东方白鹳肠道菌群比较分析:对...
使用未加权UniFrac指数,24份样品的细菌群落沿PC1变化最大(图3C)。相似性分析(ANOSIM)证实了这一种聚类模式和未加权的UniFrac显示出更清晰的群落分组(ANOSIM,R=0.71)。两组间微生物组成在门分类水平(ANOSIM,R=0.5621,p=0.001)和属分类水平(ANOSIM,R=0.6196,p=0.001)有显著性差异。
科研| Environ Microbiome(IF:5.286):大麦种子中的宝藏:微生物...
包含统计信息的α多样性指数值见表S2。利用NMDS技术观察内生种子微生物群落的β多样性(c)。基于Bray-Curtis群落差异(16SrRNA基因扩增测序获得ASVs)和7种不同基因型表面灭菌大麦种子DNA进行微生物群组成分析。ANOSIM验证了基因型之间的显著差异(p≤0.001)。