中药多组学2区: 柴胡疏肝散可通过改善肠菌和代谢紊乱预防胆固醇结石
我们使用基于加权UniFrac距离的NMDS模型和基于Bray距离的相似性分析(ANOSIM)分析,发现在不同时间点的第2周、第4周、第6周和第8周之间存在显著差异(图2E)。第8周,螺杆菌、短螺菌属和假单胞菌的丰度增加,乳杆菌和阿克曼菌的丰度减少(图2F)。LDA显示,螺杆菌和假单胞菌科在第八周显著富集(图2G)。图216sRN...
宏基因组学技术与微生物群落多样性分析方法
常见的对样本间差异进行统计检验的方法有:ANOSIM(分组相似性分析)、PERMANOVA(置换方差分析)与MRPP(多响应置换过程)等。但在进行环境因子与样本群落间差异的相关性统计性检验时,传统的相关系数检验往往不能很好地实施。Mantel检验方法可以对两个矩阵之间的相关性显著性进行检验。对多变量矩阵或控制变量矩阵进行相关性...
上海交通大学 | The ISME Journal:宏基因组分析:超深渊海沟病毒...
获得宏基因组数据后,对宏基因组序列进行组装,然后进行病毒聚集识别、删除和病毒操作分类单元(vOTU)聚类;病毒分类分配与网络分析;蛋白质聚类及与公共病毒数据库的比较;计算vOTUs的相对丰度、多样性、GC含量和N/C-ARSC;根据前人的方法计算相邻样本之间的病毒移动;宏基因组分类与微生物OTU分类;宿主预测;原病毒和溶源菌...
科研| FRONT MICROBIOL:圈养和野生东方白鹳肠道菌群比较分析:对...
相似性分析(ANOSIM)证实了这一种聚类模式和未加权的UniFrac显示出更清晰的群落分组(ANOSIM,R=0.71)。两组间微生物组成在门分类水平(ANOSIM,R=0.5621,p=0.001)和属分类水平(ANOSIM,R=0.6196,p=0.001)有显著性差异。分析两组间的独特菌群和共享的菌群。维恩图展示了24份样品共享1,299个核心细菌OTUs...
科研| Environ Microbiome(IF:5.286):大麦种子中的宝藏:微生物...
包含统计信息的α多样性指数值见表S2。利用NMDS技术观察内生种子微生物群落的β多样性(c)。基于Bray-Curtis群落差异(16SrRNA基因扩增测序获得ASVs)和7种不同基因型表面灭菌大麦种子DNA进行微生物群组成分析。ANOSIM验证了基因型之间的显著差异(p≤0.001)。
《食品科学》:茅台镇酱香型白酒不同生产轮次酿造环境的细菌菌群...
基于IlluminaMiSeq测序数据对茅台镇2018年度1~7轮次酿造环境中细菌的16SrDNA基因V3-V4区序列进行分析,研究茅台镇主酿区酿造环境中细菌物种和群落结构,图3为各轮次酿造环境样本在门水平上的细菌群落结构组成(www.e993.com)2024年10月18日。结果表明,茅台镇酱香型白酒酿造环境的优势细菌门在7个轮次的相对含量及结构多样性特征相似性较高。Proteo...
《食品科学》:山西农业大学食品科学与工程学院冯翠萍教授等:香菇...
相似性分析结果Anosim是用于分析多维度数据组间相似性的统计方法。由图7可知,各组样品间差异大于组内平行样品的差异,R为0.570,P值为0.001,表明其检验的可信度较高。香菇贮藏期间表面微生物门水平的变化由图8可知,在门的水平上,香菇表面菌群有变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)、拟杆菌门(Bacter...