他们用AI破译蛋白质结构“密码”
他们首先绘制了一种全新结构的目标蛋白质,然后从已知结构的蛋白质数据库中寻找与目标结构相似的短蛋白质片段;随后,Rosetta利用蛋白质能量图的基本知识,优化这些片段,给出了最终的氨基酸序列。此后,贝克研究小组不断发挥创意,创造出一系列富有想象力的蛋白质。这些蛋白质正在药物、疫苗、纳米材料和微型传感器等多个...
洪亮团队基于图扩散概率模型生成活性高、体积大、结构复杂蛋白质
去噪过程受到条件的指引,如待生成序列的野生型骨架结构和二级结构,以及基于野生型蛋白质的氨基酸替换矩阵(BLOSUM62)。为了确保模型学习到蛋白质三维结构中隐含的等变性,传播函数由一个等变图卷积层拟合。这一扩散概率模型最终生成骨架上每个氨基酸的联合概率分布,通过对学习到的分布进行采样,可以得到相应的蛋白质序列。...
...生物新增著作权信息:“重组VII型人源化胶原蛋白三螺旋结构图”
每经讯,据启信宝,北交所上市公司锦波生物(832982)新增著作权信息,登记批准日期为2024年8月27日,该作品名称为“重组VII型人源化胶原蛋白三螺旋结构图”,作品类别为美术,登记号为国作登字-2024-F-00255408。(记者曾健辉)免责声明:本文内容与数据仅供参考,不构成投资建议,使用前核实。据此操作,风险自担。如...
为什么AI工程师预测蛋白质结构能获诺贝尔化学奖?
构建全新蛋白质的领域被称为denovodesign。研究小组绘制了一种具有全新结构的蛋白质,然后让罗塞塔计算:哪一种氨基酸序列可以产生所需的蛋白质。为了做到这一点,罗塞塔搜索了所有已知蛋白质结构的数据库,并寻找与所需结构相似的蛋白质短片段,然后对这些片段进行了优化,并给出一个结果——一段氨基酸序列。为了...
2024化学诺奖接力青睐AI,蛋白质结构预测新工具获一半奖项
10月9日,欧洲中部时间11时45分(北京时间17时45分),瑞典皇家科学院决定将2024年诺贝尔化学奖的一半授予大卫·贝克(DavidBaker),以表彰他在“计算蛋白质设计”方面的贡献,并将另一半授予戴密斯·哈萨比斯(DemisHassabis)和约翰·M·詹伯(JohnM.Jumper),以表彰他们在“蛋白质结构预测”方面的贡献。
超越蛋白质结构,全面预测蛋白质与所有生命分子相互作用
该研究推出了AlphaFold3,这是一个强大的结构预测统一框架,涵盖了前所未有的广度和精确度,能够高准确性预测蛋白质与其他各种生物分子相互作用的结构(www.e993.com)2024年10月17日。这一最新模型能预测含有蛋白质数据库(ProteinDataBank)内几乎所有分子类型的复合物的结构,包括配体(小分子)、蛋白质、核酸(DNA和RNA)如何聚集在一起并相互作用,以及...
更简单、更清晰,解析核酸、蛋白、细胞等结构,AI实现快速分子模式...
低温电子断层扫描技术可以以纳米级分辨率对细胞三维结构进行常规可视化。当与单粒子断层扫描技术相结合时,可以获得原生环境中常见大分子的近原子分辨率结构。低温电子断层扫描/单粒子断层扫描(CET/SPT)面临的两个突出挑战是蛋白质的自动识别和定位,这两项任务受到细胞内分子拥挤、低温电子断层扫描断层图像特有的成像失真以...
诺贝尔化学奖也颁给了AI,谷歌DeepMind科学家因揭秘蛋白质结构获奖
蓝鲸新闻10月10日讯(记者朱俊熹)继2024年诺贝尔物理学奖之后,又一诺贝尔奖项花落人工智能。当地时间10月9日,瑞典皇家科学院宣布将2024年诺贝尔化学奖授予美国生物化学家DavidBaker,以及谷歌DeepMind的联合创始人兼首席执行官DemisHassabis、总监JohnJumper,以表彰他们在蛋白质结构方面做出的重大突破。
2024年诺贝尔化学奖官方解读:他们通过计算和AI揭示“蛋白质奥秘”
然后蛋白质的魔法就发生了:氨基酸链扭曲并折叠成独特的三维结构(图1),这种结构有时是独一无二的。这种结构赋予了蛋白质功能。其中一些成为化学建筑材料,可以创建肌肉、角或羽毛,而另一些则可能成为激素或抗体。许多蛋白质形成酶,这些酶以惊人的精度驱动生命的化学反应。位于细胞表面的蛋白质也很重要,它们充当细胞与...
因为一个“很难,很重要的问题”,我从计算机转向研究蛋白质
蛋白质由很多氨基酸通过化学键串在一起。这里我用一些小球去表示这些氨基酸,每种颜色的小球表示一种氨基酸。从数学角度,你也可以用一个字符串去表示一个蛋白质的氨基酸序列。每个氨基酸都是由几十个原子形成的,在这页幻灯片的下半部分,我画了一些原子结构,大家可以对蛋白质的分子式有一个直观的认识。现在我们只要知...