...MetaSVs:结合长、短reads用于宏基因组结构变异分析和可视化流程
我们的流程是从Illumina原始测序reads和ONTreads开始(在用Guppy进行based-calling期间,ONTreads已经进行了质控),然后是Illumina测序数据的质控,去除宿主reads,宏基因组组装,bins分箱,bins去复制,基因预测,物种注释,SVs检测以及可视化,最后是进行KEGG富集分析(图1)。首先,使用MetaWRAP软件的“read_qc”模块对Illumina原...
龙中医大新作! 网药+干湿结合探讨知母-黄柏药对促进线粒体自噬...
图1.本实验研究的流程图。通过UPLC-Q-TOF-MS对ZBE的体外成分进行分析,并将体外成分作为潜在的活性成分进行网络药理学分析,基于数据库搜索,利用GEO数据补充AD疾病靶点,最终得出ZBE的抗AD作用机制,使用体外实验进一步验证了这一点,以从线粒体自噬的角度证明ZBE的神经保护作用。主要结果1.UPLC-Q-TOF-MS分析基于...
从《甄嬛传》学科研绘图配色
可追随箭头助力流程图排版,海量流程图模版就可以轻松拿捏国自然流程图制作啦。个性化素材上传如果有自己的素材,比如实物图之类怎么融入到做好的配图中呢?比如我就想上传一罐王老吉到流程图模版上很简单,上传就行,格式支持svg,jpg,png,可以对上传图进行裁剪,色系,饱和度等修改哦…协作绘图为提升科研绘图的效率,...
...表达谱、临床数据构建预测模型,你也能快速入门一篇纯生信文章!
首先对上述得到的179个甲基化驱动基因进行GO富集分析,生物过程、分子功能和细胞组分的前10个GOterm如图3A所示,可以看到这些基因主要富集在主动脉瓣形态发生、胰液分泌、细胞修饰氨基酸代谢过程、脂肪酸分解代谢过程、主动脉瓣发育、硫化合物代谢过程中,硫化合物的生物合成过程等这些通路中。然后再对179个甲基化驱动基因...
...市食药检院/美吉生物-??MIST: 可交互微生物鉴定和溯源分析平台
用户需选择Illumina测序仪生成的BCL或fastq格式的测序文件,或fasta格式的序列文件(如组装基因组或16S序列等),创建分析任务,设置分析参数,点击提交,前端界面将文件和参数传输至服务器,并触发分析流程的运行(图1A)。该系统为微生物鉴定和功能注释提供了主流的参考数据库(图1B)。此外,配备了数据管理系统,负责监控处理...
76例患者发顶刊,时序性分析:影像组学的新赛道
工作流程我们先来看一下流程图,1影像组学特征提取(T2WI+ADC)2Bin的量化选择3特征稳健性分析(ICC>0.8)4本质依赖性分析5选择所有患者在所有时间点上的稳健特征,并通过校准,预处理,建模,最终选择T2WI的17个特征,ADC的27个特征(www.e993.com)2024年11月22日。6Delta-放射组学(最后-第一个时间点,n=152次扫描,每人2次扫描)...
简单分析+预后风险分析=5分
文章以生信分析为基础,分析GPX1作为独立预后因子以及免疫抑制检查点相关性分析,而后筛选出GPX1相关基因后结合临床病理特征进行多因素COX回归分析,构建了预后模型。最后根据生存率,临床病理特征,和GSEA富集对模型进行评估与验证,研究流程图如下所示:研究结果解读:...
国产期刊7分+,中科院一区,生信友好,前途无量
综合网友投稿经验得出:1.审稿周期偏长;2.偏重于大数据挖掘、组学联合分析以及算法研究。11.总结该期刊是优秀的国产期刊,各大分区体系均属1区,影响因子稳步上升,增值潜力大,特别青睐组学、生信类研究,国人非常友好,自引率低,但发文量相对较小,审稿周期偏长,拒稿速度快,对于待价而沽的小伙伴们是个不错的...
王孟昭教授团队发表文章:非小细胞肺癌新抗原表达的基因突变特征
图1:新抗原预测流程图图2:基因扰动图统计学分析数据采用SPSS21.0(IBMCorp.,Armonk,NY,USA)统计软件进行统计学分析。统计结果以中位数、频数、频率和构成比表示;采用非参数检验分析与候选新抗原表达相关的临床病理特征;采用Spearman检验分析候选新抗原的基因突变特征;采用多元线性回归分析多种与候选新抗原相...
哺乳动物早期胚胎发育的奥秘 | 时空简讯26期
小鼠胚胎的sci-RNA-seq3分析流程示意图Thesingle-celltranscriptionallandscapeofmammalianorganogenesis.2019.02.20,DOI:10.1038/s41586-019-0969-x研究文章;生命发育;小鼠,胚胎,器官发生,发育,sci-RNA-seq3;JunyueCao,MalteSpielmann,ColeTrapnel,JayShendure;UniversityofWashington,Brot...