从预测模型到真实结构—直接法在蛋白质晶体结构解析中的新应用 |...

图1:流程图根据这一策略,使用预测得到的蛋白质全长模型或保守结构域,结合实验衍射数据,在经过分子置换法的方位确定之后,可以在双空间迭代的框架内逐步实现相位误差的修正和模型结构的完善。在38个典型的测试案例中,采用我们提出的策略,可以实现近乎完美的模型搭建,其中包括长螺旋模型、多聚体模型和超大型复合物模型等...

恭喜张老师|张贵军课题组:蛋白质结构预测的最新进展与挑战

图4.端到端蛋白质结构预测方法的总体流程图。表2.讨论的端到端蛋白质结构预测方法一览表3蛋白质结构预测方法的挑战CASP14和CASP15的实验结果表明,在某些情况下,目前的蛋白质结构预测方法可以产生可与实验解析的结构相媲美的结构。在CASP14中,AlphaFold2以绝对领先的预测精度登顶,但在CASP15中,至少有40支队伍...

2024 AI+蛋白质行业研究报告|智药研究

AlphaFold嵌入蛋白质开发流程,DavidBaker团队重构蛋白质设计思路,大模型切入蛋白质组学,传统方法与人工智能结合以提高效率。DeepMind团队在预测模型中占据领先地位,2023年,AlphaFold发布最新版本模型AlphaFold-latest,将蛋白质预测的准确率提升至一个新的高度,AlphaFold成为蛋白质开发进程中有力的验证工具。而Davi...

...马剑鹏团队开发先进智能算法,大幅提升蛋白质结构冷冻电镜解析...

结构异质性的解析通过将结构信息整合到OPUS-DSD的编码器-解码器架构的隐空间中来完成。也就是说,隐编码的变化应主要对应于3D结构的变化。这指定了隐空间需满足的几何特性,在其中3D结构之间的相似性与其隐编码之间的距离应成正比。换句话说,相似3D结构的隐编码应聚集在一起,而不同3D结构的隐编码则应相距较远。这...

Bioinformatics|蛋白质结构模型质量评估方法DeepUMQA

图3.DeepUMQA预测实例3.实验结果DeepUMQA在由51个CASP13和44个CASP14目标蛋白组成的14,063个结构模型上进行了测试，并与其他单模型质量评估方法进行了比较，包括ProQ2、ProQ3、ProQ3D、VoroMQA、Ornate、ProteinGCN、ModFOLD7、ModFOLD8、QDeep、ResNetQA、GraphQA和DeepAccNet。表1和表2的结果显示，与...

...线和高通量实验的大肠杆菌蛋白质-蛋白质相互作用网络及结构的...

图2.Threpp识别PPI和构建复合物结构流程图1.基准测试集构建为了训练和测试Threpp，作者收集了一组E.coli的“黄金标准”PPI，该PPI是由Hu等人定义的正样本和负样本组成，其中正样本包含763对来源于DIP，BIND和INTACT数据库的物理相互作用，负样本由134,632个非相互作用的蛋白质对组成，这些蛋白质对属于不同...

蛋白质从头测序原理解析

图1.蛋白质从头测序的分析流程图蛋白质从头测序的分析流程1.使用蛋白酶对分离纯化后的待测蛋白质样品进行酶切,将蛋白质剪切成一定大小的多肽片段。(可以分别选用多种蛋白酶进行酶切,以确保蛋白质的全序列可以被鉴定分析到)2.使用高效液相色谱对肽段酶切产物进行分离纯化,这样有利于接下来更为高效准确的质...

一路走来,结构生物学

X-射线晶体学测得蛋白质结构的流程图X射线晶体学的第二步就是拿着结晶好的样品去同步加速器接受同步辐射的X-射线轰击并收集期待已久的数据。这一过程颇为繁琐,因为同步加速器往往由政府资助,不是每个地方都有,往返一次并不容易。得益于物流和自动化控制的进步,如今,这一过程大大简化。“我们现在很少需要过去同步...

生物质谱技术在蛋白质组学中的应用

要将糖部分从糖蛋白中释放出来,可用化学切割或酶切割(流程图见图1)。目前,连有结构专一性糖苷酶的质谱在提供序列,分支和链接数据方面是最有力的技术。对于N糖基化常用的糖苷内切酶有PNGase-F,PNGase-A,EndoF和EndoH。化学切割也可以用来释放O-连接和N-连接的多糖,但经常出现的缺点是他会完全破坏所有的肽键...

陆奇的大模型世界观

首先,怎么理解这个新范式?这张图能把ChatGPT和OpenAI所带来的一切讲清楚。之后,基于第一性原理,你自然会推演出所在赛道的机会和挑战。这张图是“三位一体结构演化模式”,本质是讲任何复杂体系,包括一个人、一家公司、一个社会,甚至数字化本身的数字化体系,都是复杂体系。“三位一体”包括:...