大数据时代下生命科学研究面临的挑战及解决方案

目前,比较常见的生物大数据类型包括:研究类型数据,如基因组、蛋白质组、转录组、糖组等多种组学测序数据,以及成像数据、药物研发和临床试验数据等;电子健康数据,如电子医疗档案、可移动/穿戴设备采集的实时监控数据等;生物样本库,如生物多样性资源库、临床样本库等;知识成果,如生物相关的文献、专利、标准等。生物大...

Nature系列重磅综述:创造性提出验证衰老生物标志物的新框架

生物标记物的成功验证取决于数据的获取以及相关队列中衰老相关表型和分子数据的协调。应该广泛采用便于数据共享的程序,在保持个人数据隐私的同时,实现更及时、更广泛的共享。数据存储库可以而且应该提供关于可用数据和数据格式以及数据访问标准和审查过程的透明信息,包括基于历史统计的预期审查时间。许多倡议(例如RefMet,CH...

惊人发现!每日额外摄入1.3片这种高热量食物,糖尿病风险竟降低60.8%

2.数据源全基因组关联研究(GWAS)的干果摄入量数据来自英国生物银行开展的一项涉及约500,000人的大型队列研究。该研究收集了基因型和各种表型数据,队列中的参与者被邀请到当地评估中心,使用触摸屏问卷或标准化人体测量学收集数据。此外,还有三个额外选项可供参与者选择,即(1)少于一片、(2)不知道和(3...

单细胞及空间多组学数据分析——深挖生物学内涵,助力精准医学 |...

②trendsceek在空间转录组学数据(小鼠嗅球和乳腺癌切片)和seqFISH数据(海马)中识别出了具有显著空间模式的基因;即使是被投射到低维空间的分离的scRNA-seq数据(t-SNE6),trendsceek也可揭示显著的基因表达梯度和模式。③trendsceek已经作为一个R包实现(httpsgithub/edsgard/trendsceek),允许广泛应用于许多类...

最新专刊|“国家科学数据中心”联合专刊上线

1.国家冰川冻土沙漠科学数据中心,甘肃兰州7300002.中国科学院西北生态环境资源研究院,甘肃兰州7300003.甘肃省资源环境科学数据工程技术研究中心,甘肃兰州730000摘要目的尽管数据科学已经可以处理大量的数据并解决了很多问题,正在改变着科研、企业运作和社会治理模式,但数据科学成果存在难以工程化的局限性,...

精准医疗来袭,基因大数据才是基础!|基因|医疗|数据|Tute|数据库|...

TuteGenomics为大众提供基因测序服务,根据受试者的基因信息对受试者的健康信息(例如:易患某种疾病等)进行预测(www.e993.com)2024年11月8日。其拥有一个大型基因数据库,合并了超过200个数据源,因此能在基因组注释方面提供最为综合的数据信息。最大型的基因数据库TuteGenomics为服务受众构架了一个综合性的数据库,提供人类基因组单核苷酸变异分析...

中国种业科技创新的智能时代“玉米育种4.0“

为突破混合线性模型的预测精度瓶颈,应用机器学习数据挖掘的策略,整合基因组、表型组、环境参数等多维数据源建立基因组选择模型,是基因组选择育种的下一步发展方向。该领域将重点尝试深度学习、集成学习等人工智能领域中的先进算法建立作物表型预测模型。机器学习技术建立的“基因型到表型的预测模型育种应用将更为广泛,可以...