...商业大学辛嘉英教授等:酚酸与蛋白质和碳水化合物相互作用及对...
蛋白质与酚酸之间的非共价相互作用通常是可逆的,可以通过多种机制实现,如氢键、静电相互作用、范德华力、疏水相互作用等。表1列出了蛋白质和酚酸以不同作用力实现的非共价相互作用。非共价相互作用非常不稳定,尤其依赖于pH值、离子强度和温度。低、中性的pH值有利于非共价键的形成。非共价相互作用具有操作简单、反应...
「卡梅德生物」蛋白互作简介
1.永久性互作:这些是稳定的相互作用,常常在复杂蛋白质机器(如核糖体或蛋白质复合物)蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)是指两种或多种蛋白质通过特定的物理接触进行结合并发挥生物学功能的过程。蛋白互作在生物学中非常重要,几乎参与了所有的细胞活动,例如信号传导、代谢调控、细胞周期控制、免疫反应等。蛋白互作的类型1...
分析蛋白质功能结构域的策略和步骤
1.序列比对使用如BLAST之类的工具,将目标蛋白序列与已知的蛋白数据库进行比对,寻找相似的已知结构或功能的区域。2.域预测使用专门的软件工具,如Pfam、InterPro、SMART等,来预测蛋白序列中可能存在的结构域或功能域。3.三维结构预测如果可行,可以使用如Phyre2、SWISS-MODEL等工具来预测蛋白质的三维结构。这可以...
...Methods | 突破传统方法:DeepPBS模型助力蛋白质-DNA相互作用研究
蛋白质-DNA结构通常通过X射线晶体学、核磁共振光谱或冷冻电子显微镜实验获得,并存储在蛋白质数据银行(PDB)中。尽管这些结构显示了一个结合的DNA序列和相关的物理化学相互作用,但它们并不包含所有可能结合的DNA序列。相反,结合特异性数据可以通过蛋白质结合微阵列、SELEX测序、染色质免疫沉淀测序等实验获得,但这些实验不...
AlphaFold3来了!全面预测蛋白质与所有生命分子相互作用及结构...
AlphaFold3能够通过对药物分子(例如与蛋白质结合的配体和抗体)的预测,为药物设计赋能,从而改变人类健康和疾病过程中蛋白质的相互作用方式。AlphaFold3在预测药物相互作用方面达到了前所未有的准确度,包括蛋白质与配体的结合以及抗体与靶蛋白的结合。AlphaFold3在不使用任何结构信息的情况下,比最好的传统方法在PoseBusters...
质谱解码蛋白质之间的密语:蛋白相互作用质谱技术深度解析
蛋白质相互作用是细胞内生物过程的基础,通过相互作用形成的复合物调控着细胞的功能和代谢(www.e993.com)2024年10月17日。蛋白质相互作用对于细胞信号传导、基因调控、药物研发等领域都具有重要意义。解码蛋白质相互作用可以揭示细胞内的调控机制和疾病发生的分子基础。2.蛋白质相互作用质谱技术的基本原理:...
科研人员开发首个靶向蛋白质-DNA相互作用及液液相分离的cGAS环肽...
北京大学深圳研究生院全军民教授团队联合中山大学卜宪章教授团队在NatureCommunications在线发表了题为“DevelopmentofcyclopeptideinhibitorsofcGAStargetingprotein-DNAinteractionandphaseseparation”的研究论文,这项研究通过靶向PPIs(蛋白质-蛋白质相互作用)环肽库的体外筛选,鉴定出一类新型cGAS环肽抑制剂。联合...
精度媲美AlphaFold,EPFL的AI方法从序列中匹配蛋白质互作
EPFL的Anne-FlorenceBitbol团队开发了一种配对相互作用蛋白质序列的方法,该方法利用了在多序列比对(MSA)上训练的蛋白质语言模型的强大功能,例如MSATransformer和AlphaFold的EvoFormer模块。这使它能够高度准确地理解和预测蛋白质之间的复杂相互作用。
汇集结构质谱尖兵,开拓蛋白质结构生物学的新天地——第十四届质谱...
作为生命活动的执行者,蛋白质通过相互作用形成复合体等形式行使其特定的生物学功能。不同于细胞外的离体环境,细胞内的限域效应、拥挤效应和细胞器微环境等对于维持蛋白质复合体的结构和功能起着至关重要的作用。因此,实现细胞内蛋白质相互作用的精准解析对于深入研究其生物学功能,进而理解生命现象本质具有重要意义。近年...
动态追踪蛋白质结构:深入了解氢氘交换质谱的原理与应用
氢氘交换质谱技术可以帮助科学家们动态追踪蛋白质折叠过程中的结构变化。通过在不同时间点上进行氢氘交换实验,可以观察到蛋白质中不同区域的氢氘交换程度的变化,进而揭示蛋白质折叠的动态过程。这有助于我们理解蛋白质的结构演化和折叠机制,为揭示蛋白质的功能提供重要线索。三、探究蛋白质相互作用和配体结合蛋白质...