ICML 2024 | 知识感知的强化学习优化的蛋白质定向进化方法

不同的氨基酸实体可以通过属性实体建立间接关系。实体通过rdf:type分配给它们各自的类,用红色虚线箭头表示。此外,如蓝色箭头所示,我们通过对象属性建立实体间关系,表示与氨基酸性质相关的特定数值。图1说明了AAKG的构建过程。知识感知策略旨在对适应度最高的最优突变体进行采样,这是通过使用PLM和AAKG预...

研究揭示连接组蛋白H5介导的核小体结合与染色质折叠和高级结构...

研究显示,在H5-30nm染色质纤维中,连接组蛋白H5以非对称三点接触方式结合在核小体核心颗粒上。其中,H5的CTD结构域形成经典的HMG-like螺旋折叠方式以紧密结合在linkerDNA上,并通过H5的NTD和CTD结构域与连接DNA的相互作用促进染色质高级结构的折叠和高级结构形成。研究发现,染色质纤维高级结构形成过程中具有多重结构...

氨基酸全序列分析是从一级和二级开始的吗?

氨基酸全序列分析通常从一级结构开始。一级结构是蛋白质的氨基酸序列,即氨基酸按照一定顺序通过肽键连接形成的多肽链。一、一级结构分析步骤分析一级结构是理解蛋白质功能和结构的基础,通常涉及以下步骤:1、氨基酸序列测定通过方法如质谱分析、Edman降解等技术确定蛋白质的氨基酸序列。2、序列对比将获得的氨基酸序...

浙大细胞“黑客”技术登上《科学》:改写氨基酸“代码”,创造全新...

每个密码子由3个碱基组成,A、C、U、G四种碱基按不同的排列组合方式形成了64个密码子,其中61个对应编码了20种天然氨基酸,还有3个意味着终止符。这张密码子表是几乎所有生物都通用的“单词表”,从细菌到大象、从爬虫到人类,都用这20个氨基酸“单词”。一个个氨基酸连接起来,再加上“句号”,就形成了蛋白质“句子...

...绿色农药全国重点实验室JACS:催化合成酰胺键链接的糖基氨基酸...

在许多情况下,需要事先将具有反应性的官能团安装到氨基酸和肽上,以提供形成C-C键的反应位点。于是,由此产生的糖肽通常包含不必要的特定连接残基(图1B,如重复的sp3碳原子、芳基、烯基或酮基团),而这些残基可能会影响C-糖肽的活性和应用。图1.C-糖肽例子及现有C-糖肽的常见连接方式(来源:Journalofthe...

生命源于左旋手性氨基酸原因有新解

地球生命起源的最大谜团之一是,几乎所有的生物学基本分子只以一种手性形式出现(www.e993.com)2024年11月16日。例如,生命的遗传密码DNA和RNA,是右旋结构;而生命的另一重要部件蛋白质,则大多是左旋结构。在过去的5年里,英国伦敦大学团队发现了一组可能存在于地球早期的硫基分子,它们轻松地将单个氨基酸与氨基酸前体(称为氨基腈)连接起来,形成二肽...

广州医科大学赵军锋课题组JACS:瞬态保护氨基酸逆向合成多肽

多肽是由氨基酸按照特定的顺序通过酰胺键(肽键)连接起来的具有重要生物活性的分子,在生命科学、化学、材料和医学等领域发挥着重要作用。由于其靶向选择性高、毒副作用小、体内残留低等优点,受到了药物研发领域的青睐。多肽药物在过去三十年获得了快速发展,目前已有80多种肽药物获得批准,其中不乏有司美格鲁肽(2023年销售...

诺贝尔化学奖是AI for Science,物理奖是Science for AI

左侧是一个环形排列,显示了20种基本氨基酸(AminoAcids)的名称:包括甘氨酸(Glycine);谷氨酸(Glutamicacid);谷氨酰胺(Glutamine);半胱氨酸(Cysteine);天冬氨酸(Asparticacid);等等...右侧展示了从氨基酸到蛋白质的形成过程:氨基酸首先以“串珠子”的方式连接成一条链(STRINGOFAMINOACIDS);这条...

东北农业大学孟祥晨教授等:长双歧杆菌婴儿亚种利用母乳低聚糖

目前,仍有许多种结构未知的HMOs,开发利用更先进的新型分析技术,如基质辅助激光解吸电离质谱和多维核磁共振光谱等,将更有助于HMOs结构的分析和测定。糖基的连接方式扩展了HMOs的多样性,也造成了利用HMOs难度增加,仅有能够表达相关糖苷酶及转运体的细菌才能代谢HMOs。

人体能量供能营养素:氨基酸、蛋白质

一、氨基酸食物中的蛋白质(例如蛋清中的白蛋白、乳制品中的酪蛋白和小麦中的麸质)在消化过程中被分解成组成“氨基酸”,这些氨基酸在被吸收后有助于身体的代谢池。然后,氨基酸通过肽键连接起来,按照遗传物质的指示并响应身体当时的需求,组装特定的蛋白质。每个基因都会产生一种或多种蛋白质,每种蛋白质都具有独特的...