超越蛋白质结构,全面预测蛋白质与所有生命分子相互作用
AlphaFold3能够通过对药物分子(例如与蛋白质结合的配体和抗体)的预测,为药物设计赋能,从而改变人类健康和疾病过程中蛋白质的相互作用方式。AlphaFold3在预测药物相互作用方面达到了前所未有的准确度,包括蛋白质与配体的结合以及抗体与靶蛋白的结合。AlphaFold3在不使用任何结构信息的情况下,比最好的传统方法在PoseBusters...
...商业大学辛嘉英教授等:酚酸与蛋白质和碳水化合物相互作用及对...
酚酸可以与蛋白质通过共价或非共价的方式相互作用,改变蛋白质的结构,从而改善其起泡性和乳化性等加工特性,同时也能够改善其营养功能,如增强蛋白质的抗氧化能力,改善花生蛋白的致敏性等。在面包面团的制作过程中,酚酸、蛋白质和碳水化合物之间的相互作用影响了面包面团的产品质量。哈尔滨商业大学食品科学与工程重点实验室...
AI+合成生物学,世界最大蛋白质相互作用数据库!
与抑制蛋白质功能的传统药物不同,分子胶的工作原理诱导或增强两种蛋白质之间的相互作用,导致靶蛋白降解。因此开发分子胶药物的一大痛点在于能够测量靶点和连接酶之间的相互作用。而AlphaSeq非常适合通过发现和表征E3泛素连接酶与靶蛋白之间的弱相互作用来发现分子胶的新靶标。在DynoTherapeutics的高级机器学习工程师...
Nature Methods | 解码RNA与蛋白质相互作用的新视角:TREX技术的突破
UV-C交联是一个关键步骤,它通过UV光照射使得RNA分子与结合的蛋白质之间形成稳定的共价键,从而保持它们的相互作用状态不被后续的实验操作破坏。细胞培养至适宜密度,以确保足够的样本量。使用冰冷的PBS洗涤细胞,移除培养基中的杂质。在冰上使用UV-C光照射细胞,光照强度和时间需要根据细胞类型和实验设计进行调整。使用...
揭秘免疫共沉淀Co-IP:如何挖掘蛋白质相互作用的秘密
在生物体内,蛋白质之间的相互作用是维持细胞功能和调控生命过程的关键。免疫共沉淀Co-IP技术是一种被广泛应用于研究蛋白质相互作用的方法。本文将详细介绍免疫共沉淀Co-IP的原理和步骤,并着重强调质谱技术在该技术中的应用。通过揭示这一技术在蛋白质相互作用研究中的价值和潜力,我们可以更好地了解细胞内蛋白质网络的...
拓展蛋白质相互作用研究的新视野:最新鉴定方法与技术进展
包括双杂交技术、裂解互补技术、蛋白质交叉连接技术等,为蛋白质相互作用的鉴定提供更加准确和可靠的方法(www.e993.com)2024年10月16日。三、生物物理化学方法1.表面等离子共振(Surfaceplasmonresonance,SPR):通过检测蛋白质相互作用引起的光信号变化,实时监测蛋白质的结合和解离过程。
张勇团队开发机器学习方法预测不含内在无序区域的相分离蛋白
相分离蛋白之间形成的多价非共价相互作用主要通过两种方式实现:一种是通过内在无序区域(intrinsicallydisorderedregion,IDR)之间的相互作用,另一种是通过模块结构域之间的相互作用。鉴于已知结构的蛋白质数量有限,现有的相分离蛋白预测方法只利用了蛋白质的序列特征,没有整合模块结构域的结构特征,预测结果强烈偏好于含有...
科学家揭示非洲猪瘟病毒MGF300-2R蛋白通过募集TOLLIP促进IKKα和...
为研究MGF300-2R是否可以与IKK复合物中的任何蛋白相互作用,作者在HEK293T细胞进行了co-IP试验,结果发现,MGF300-2R与IKKα和IKKβ特异性免疫共沉淀,通过GSTpulldownassay试验进一步验证了MGF300-2R与IKKα和IKKβ的互作。共聚焦显微镜观察结果显示,MGF300-2R与IKKα或IKKβ在胞质共定位。
...的一个多功能蛋白,与同型融合蛋白分选复合物VPS39亚基相互作用
在宿主-病毒相互作用中,ASFVCP204L与宿主蛋白VPS39(HOPS复合物的一个亚基)之间的相互作用值得注意,因为数据表明它具有最高丰度(log10iBAQ)。HOPS复合物通过介导内体成熟和溶酶体与晚期内体、吞噬体或自噬体的融合在内体运输中起作用。图2.ASFVCP204L和猪VPS39之间的相互作用...
Cell | 综述:解密复杂性状的遗传与分子基础
基因-环境相互作用:遗传变异的效应可能受到外部环境因素的影响,如饮食、生活方式和环境污染等,这些相互作用对于个体健康和疾病易感性具有深远影响。微环境变异:细胞周围的微环境,包括细胞间通信、局部生长因子和细胞外基质,也受到遗传变异的影响,这对组织发育和疾病进程至关重要。