...商业大学辛嘉英教授等:酚酸与蛋白质和碳水化合物相互作用及对...
酚酸可以与蛋白质通过共价或非共价的方式相互作用,改变蛋白质的结构,从而改善其起泡性和乳化性等加工特性,同时也能够改善其营养功能,如增强蛋白质的抗氧化能力,改善花生蛋白的致敏性等。在面包面团的制作过程中,酚酸、蛋白质和碳水化合物之间的相互作用影响了面包面团的产品质量。哈尔滨商业大学食品科学与工程重点实验室...
分析蛋白质功能结构域的策略和步骤
1.序列比对使用如BLAST之类的工具,将目标蛋白序列与已知的蛋白数据库进行比对,寻找相似的已知结构或功能的区域。2.域预测使用专门的软件工具,如Pfam、InterPro、SMART等,来预测蛋白序列中可能存在的结构域或功能域。3.三维结构预测如果可行,可以使用如Phyre2、SWISS-MODEL等工具来预测蛋白质的三维结构。这可以...
Nature重磅综述 |关于RNA-seq,你想知道的都在这
UV交联会在蛋白质和RNA的相互作用位点之间建立共价键,但至关重要的是,不会导致互作蛋白的交联。这样可以稳定RNA与蛋白质的结合,从而允许使用之前会破坏RNA-蛋白互作的更严格的富集操作,减少背景信号。随后,CLIPprotocol已成为许多方法开发的基础。单核苷酸分辨率CLIP(iCLIP)将UMI纳入文库制备中以去除PCR重复。同时它还...
质谱解码蛋白质之间的密语:蛋白相互作用质谱技术深度解析
蛋白质相互作用是细胞内生物过程的基础,通过相互作用形成的复合物调控着细胞的功能和代谢。蛋白质相互作用对于细胞信号传导、基因调控、药物研发等领域都具有重要意义。解码蛋白质相互作用可以揭示细胞内的调控机制和疾病发生的分子基础。2.蛋白质相互作用质谱技术的基本原理:蛋白质相互作用质谱技术是基于质谱分析的方法,...
...Methods | 突破传统方法:DeepPBS模型助力蛋白质-DNA相互作用研究
研究发现,结合机制包括精确的静电相互作用、脱氧核糖-苯丙氨酸堆叠、鸟嘌呤和精氨酸在大沟中的双齿氢键等。蛋白质-DNA结构通常通过X射线晶体学、核磁共振光谱或冷冻电子显微镜实验获得,并存储在蛋白质数据银行(PDB)中。尽管这些结构显示了一个结合的DNA序列和相关的物理化学相互作用,但它们并不包含所有可能结合的DNA...
SOTA性能,多尺度学习,中山大学提出蛋白质-药物相互作用AI框架
相互监督确保每个尺度模型以适当的方式学习,从而能够利用不同尺度的有效信息(www.e993.com)2024年10月17日。该框架将在蛋白质和药物之间相互作用的多个多尺度中得到证明。分析了MUSE减轻了多尺度学习中的不平衡特征,并有效地整合了来自不同尺度的分层和互补信息。图1:MUSE框架及其应用示意图。(来源:论文)...
科研人员开发首个靶向蛋白质-DNA相互作用及液液相分离的cGAS环肽...
XQ2与cGAS结合并阻断cGAS-DNA相互作用DNA诱导的cGAS液液相分离(LLPS)在调节酶活性和先天免疫信号传导中起着至关重要的作用。鉴于XQ2对dsDNA与cGAS结合的抑制作用,作者进一步在体外蛋白水平和细胞水平验证了XQ2以剂量依赖的方式有效抑制DNA诱导的cGAS液液相分离。
精度媲美AlphaFold,EPFL的AI方法从序列中匹配蛋白质互作
EPFL的Anne-FlorenceBitbol团队开发了一种配对相互作用蛋白质序列的方法,该方法利用了在多序列比对(MSA)上训练的蛋白质语言模型的强大功能,例如MSATransformer和AlphaFold的EvoFormer模块。这使它能够高度准确地理解和预测蛋白质之间的复杂相互作用。
动态追踪蛋白质结构:深入了解氢氘交换质谱的原理与应用
氢氘交换质谱技术可以帮助科学家们动态追踪蛋白质折叠过程中的结构变化。通过在不同时间点上进行氢氘交换实验,可以观察到蛋白质中不同区域的氢氘交换程度的变化,进而揭示蛋白质折叠的动态过程。这有助于我们理解蛋白质的结构演化和折叠机制,为揭示蛋白质的功能提供重要线索。三、探究蛋白质相互作用和配体结合蛋白质...
酵母蛋白相互作用组的社会架构图谱
据介绍,细胞功能是由蛋白质-蛋白质相互作用介导的,绘制相互作用组提供了对生物系统的基本见解。亲和纯化与质谱联用是进行此类图谱绘制的理想工具,但很难识别低拷贝数复合物、膜复合物和被蛋白质标记破坏的复合物。因此,目前人们对相互作用组的了解还远远不够完整,评估报告的相互作用的可靠性是具有挑战的。