AlphaFold3问世,全面预测蛋白质与所有生命分子相互作用及结构
对于蛋白质与其他分子类型的相互作用,AlphaFold3与现有的预测方法相比,至少有50%的改进,对于一些重要的相互作用类别,该模型的预测精度提高了一倍。为了创建AlphaFold3,DeepMind对其前身进行了重大更改:例如,最新版本更少依赖于与目标序列相关的蛋白质信息。AlphaFold3还使用一种称为扩散模型的机器学习网络,Midjour...
科研人员开发首个靶向蛋白质-DNA相互作用及液液相分离的cGAS环肽...
大环肽已被证明是调节蛋白质-蛋白质相互作用(PPIs,开发小分子抑制剂的具有挑战性的界面)的有效工具,因为它们具有高效力和选择性,因此大环肽成为调节蛋白质-DNA界面的潜在骨架。为了从大环肽库中筛选靶向蛋白质-DNA界面的cGAS抑制剂,作者应用了一种基于RNA的荧光生物传感器来检测2',3'-cGAMP,用于体外筛选cGAS活性抑...
研究揭示不同类型糖基化对蛋白质性质影响的机制
蛋白糖基化通过修饰糖基和蛋白间的相互作用,来改善蛋白质的折叠、稳定性、溶解性和生物活性等方面的性能。常见的天然蛋白糖基化方式是发生在天冬酰胺侧链的氮-糖基化以及发生在丝氨酸和苏氨酸侧链的氧-糖基化。而硫-糖基化则是糖基连接在蛋白半胱氨酸侧链的硫原子上,由于硫和氧属于同族元素,许多物理和化学性质相...
...交联剂载体靶向递送的活细胞内线粒体蛋白质原位构象和相互作用...
蛋白质复合物是蛋白质执行生物学功能的主要形式。其动态组装介导的高维度信号传导贯穿于不同细胞器,并调控诸多生命过程。对细胞器中蛋白质原位构象和相互作用的时空动态变化精准解析对于理解生命过程、揭示疾病机制、筛选生物标志物以及寻找药物靶标具有重大意义。近期,中国科学院大连化学物理研究所张丽华研究员团队发展了...
仅根据蛋白质序列便可预测相互作用界面,一种基于Transformer的...
蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)对于生物过程至关重要,预测这些相互作用的位点对于计算和实验应用都很重要。杜克大学(DukeUniversity)和康奈尔大学(CornellUniversity)的研究人员提出了一种与结构无关的语言Transformer和肽优先级(Structure-agnosticLanguageTransformerandPeptidePrioritization,SaLT&PepPr)管线,用于仅根...
Nature速递:AlphaFold 3 预测所有生命分子的结构和相互作用
AlphaFold3(AF3)是一个能够高准确度预测包含几乎所有在蛋白质数据银行(PDB)中的分子类型的复合物的模型(www.e993.com)2024年7月25日。在除了一个类别之外的所有情况下,它的性能都显著高于专门针对特定任务的强大方法,包括蛋白质结构和蛋白质-蛋白质相互作用的更高准确性。这是通过对AlphaFold2架构和训练过程的重大演进实现的,既适应...
单细胞蛋白质组学:如何揭示细胞间的差异性?
单细胞蛋白质组学可以帮助我们深入了解细胞的功能和调控机制。通过分析细胞内的蛋白质表达水平、翻译后修饰等信息,可以揭示细胞内信号通路的激活状态、蛋白质相互作用以及调控网络的特征,从而理解细胞的功能和调控机制。疾病研究和精准医学:单细胞蛋白质组学有助于研究疾病的发生和发展机制,发现潜在的生物标志物和治疗...
Far-Western Blot技术:揭示蛋白质-蛋白质相互
3.2评估药物的蛋白质相互作用:Far-WesternBlot技术可以用于评估药物与细胞内蛋白质之间的相互作用,帮助研究人员了解药物的特异性和选择性。3.3优化药物设计和疗效评估:通过研究药物与不同蛋白质之间的相互作用,可以优化药物的设计和疗效评估,提高药物的疗效和安全性。
动态追踪蛋白质结构:深入了解氢氘交换质谱的原理与应用
氢氘交换质谱技术可以帮助科学家们动态追踪蛋白质折叠过程中的结构变化。通过在不同时间点上进行氢氘交换实验,可以观察到蛋白质中不同区域的氢氘交换程度的变化,进而揭示蛋白质折叠的动态过程。这有助于我们理解蛋白质的结构演化和折叠机制,为揭示蛋白质的功能提供重要线索。三、探究蛋白质相互作用和配体结合蛋白质...
Cell Systems封面论文:曾坚阳团队提出蛋白质口袋结构表征新方法
蛋白质-配体相互作用是许多重要细胞活动的分子基础,如信号转导、基因调控和细胞代谢等。鉴定和预测蛋白质-配体相互作用对于理解生命活动机理和开发新药具有重要意义。尽管已经有多种实验技术可用于测量和分析蛋白质-配体相互作用,但基于计算的研究方法,特别是深度学习方法,凭借其成本低、速度快的优势,正逐渐成为蛋白质-配...