前沿进展:通过层次结构信息和分子动力学模拟发现高活性肽

①生成新肽序列:利用梯径方法从8种已知的高效BH3肽序列中提取结构信息,生成一系列新的多肽候选序列。这些新生成的多肽序列都具有潜在的与MCL-1结合能力。②筛选多肽:通过预测这些多肽的螺旋结构潜力(即它们能否形成α螺旋),与目标蛋白分子对接结果来筛选出表现最佳的多肽。通过这一过程,我们能够选出与MCL-1结合...

不懂AI、不会编码?如何轻松拿捏AlphaFold准确预测蛋白结构

该转运蛋白是一种同型三聚体,至少有两种构象,具体取决于它是面向细胞外(向外)还是细胞内(向内)。通过调整ColabFold-AF2,该团队展示了预测这些不同结构状态的能力。论文概述了使用ColabFold-AF2进行单体(程序1、2)和复合物(程序3、4)预测以及构象采样(程序5、6)的临时方法的综合方案。程序1、3、5...

他开创了AI蛋白质结构领域,现在要做比诺奖更大的事

有些蛋白质是结构性的,有些蛋白质是功能性的。结构性的蛋白质组成生物的身体——头发和指甲里的角蛋白,皮肤里的胶原蛋白,肌肉纤维里的肌球蛋白,血管里的弹性蛋白。功能性的蛋白质推动生物体内的机能与反应——帮助消化吸收的淀粉酶、脂肪酶,控制血糖的胰岛素,运输氧气的血红蛋白,存储铁的铁蛋白,传递信号的神经递质...

更有效地解析和设计蛋白质

我们吸入的氧气要首先通过一个大型膜蛋白氧化还原酶转化为水分子,通过它的三维结构就可以了解从氧气到水分子的化学反应机理。所有蛋白质分子都是由20种氨基酸组成的。而这20种氨基酸通过不同排列方式能形成不同的三维结构。也就是说氨基酸的每一种排列方式都对应一种蛋白质的三维结构,而这个结构本身决定了这种蛋白质...

肾小管检测方法有哪几种

肾小管检测方法有哪几种核心提示:肾小管功能检测可以通过尿比重测定、尿渗透压测定、尿酸化试验、尿蛋白定量、肾功能血液检查等方法进行评估。由于肾小管疾病可能影响肾功能,建议就医进行详细检查和确诊。1.尿比重测定通过测量尿液与纯水之间肾小管功能检测可以通过尿比重测定、尿渗透压测定、尿酸化试验、尿蛋白...

西湖大学卢培龙/陶亮团队从头设计迷你结合蛋白,广谱中和艰难梭菌...

D-19437-L-Pep-1异手性蛋白质复合物的晶体结构与设计模型一致此外,该晶体结构提供了关于螺旋L型多肽和D型蛋白质之间相互作用的有价值的信息,特别是阐明了一种新的异手性螺旋-螺旋相互作用模式(www.e993.com)2024年11月3日。研究团队表示,利用靶向L型多肽或L型蛋白质的D型蛋白质的设计,为系统地探索镜像蛋白宇宙开辟了新道路,也为多种应用...

因为一个“很难,很重要的问题”,我从计算机转向研究蛋白质

怎样才能得到蛋白质结构?在过去的几十年中,科学家们开发了不同的实验技术去观察和测定蛋白质在细胞里的三维构型,其中最精确的一种叫做晶体衍射技术。后续科学家们也开发了另外两种技术,一种是核磁共振,另一种是现在非常流行的冷冻电镜技术。这三种技术都可以以不同的方式去观察和测定蛋白质的三维构型,但也都存在问题...

VC类型最全盘点,看看哪种最适合你

再下一种类型的VC叫做抗坏血酸盐,也叫做矿物质VC。矿物质VC就是VC跟一些矿物质结合在一起的一种形式。比较常见的矿物质VC,有这几种:抗坏血酸钠、抗坏血酸镁、抗坏血酸钙,以及抗坏血酸钾。这些类型的抗坏血酸盐,都是VC分子和镁离子、钾离子、钠离子等矿物质离子结合在一起的。

追问weekly | 过去一周,脑科学领域有哪些新发现?

通过使用行为分析、遗传工具、神经成像和CRISPR基因编辑等技术,研究发现果蝇大脑中的关键神经节点在多个物种中是保守的,但这些节点能够灵活地响应不同的感官信号,例如D.melanogaster果蝇通过感知一种特定信息素,而D.yakuba果蝇则能在黑暗中通过7-三十碳烯(7-tricosene,一种化学信号)找到配偶。

南加大揭示全新snoRNA-tRNA互作网络,捕获7000多种snoRNA靶点

作为翻译机器的核心零件，tRNA的种类、数量和化学修饰状态，在不同细胞、不同组织器官和不同发育时期均会受到严格调控，从而直接影响蛋白质的表达、代谢、以及生物的生长发育过程。在“细胞经济学”之中，对于tRNA供应和密码子使用来说，这种供需之间的动态平衡，是一种翻译优化方面的基本原则。然而，对于这种平衡的...