实现蛋白质动态对接预测!上海交大/星药科技/中山大学等联合推出...

MDT测试集包括2020年或之后存档的599个结构,其中包含类药物配体以及激酶、GPCR、核受体和离子通道等四大家族蛋白质。这些蛋白家族代表了约70%的FDA批准的小分子药物的靶标,具有一定代表性。DynamicBind:基于几何深度学习的动态复合物结构预测模型不同于传统的将蛋白质视为大多数刚性实体的对接方法,Dyn...

AI蛋白质折叠:在生命宇宙中漫游,远眺生物经济的流光

例如,在药物研发领域,靶点、抗体药、多肽类药物、蛋白疫苗、融合蛋白药物等都是蛋白质,如果能够设计出新颖的蛋白药物,将会有更大的概率解决当前人类遇见的许多疑难杂症;在食品领域,开发优质、安全、价格低廉的替代蛋白食品,丰富人类营养来源、解决食品短缺问题;材料领域,通过优化蛋白质,开发易降解且能循环使用的环保生物...

Nature Methods | 基因变异与蛋白质功能的动态链接:G2P平台推动...

其中,变异的分类包括错义突变(missense)、无义突变(nonsense)、同义突变(synonymous)、移码突变(frameshift)等,这些变异被映射到相应的蛋白质序列和结构上。通过对变异映射到PDB和AlphaFold三维结构的详细统计,展示了G2P平台在变异功能分析中的应用,为研究者提供了精确的蛋白质结构功能分析工具,尤其是在分析遗传变异如...

谷歌DeepMind再放大招!AlphaProteo直接设计全新结合蛋白,加速药物...

基于AF的蛋白-蛋白对接/蛋白-多肽对接利用AF2做多构象预测和功能发现基于AF2的环肽设计d)trrosetta幻想设计e)基于ProteinMPNN的蛋白质设计MPNN模型简介设计流程方法比较第四天蛋白质的从头生成模型a)扩散模型b)RFdiffusion实现蛋白结构设计蛋白Binder生成蛋白骨架设计单体蛋白从头生成多聚体蛋白从头生成...

探索蛋白质折叠的奥秘:圆二色谱在测定蛋白质二级结构中的角色

蛋白质的二级结构是指多肽链中相邻氨基酸残基之间的空间排列关系,包括α-螺旋、β-折叠和无规卷曲等形式。二级结构对蛋白质的稳定性、功能和相互作用具有重要影响。准确了解蛋白质的二级结构有助于揭示其功能机制、设计新药物以及优化生物制品的生产。2.圆二色谱的基本原理...

揭示蛋白质结构谜团:圆二色谱计算二级结构的方法与意义探析

1.什么是蛋白质二级结构?蛋白质的二级结构是指由α-螺旋、β-折叠等基本结构单元组成的局部结构(www.e993.com)2024年11月8日。它是蛋白质结构中的重要组成部分,直接影响蛋白质的稳定性、功能和相互作用。2.二级结构的意义蛋白质的二级结构对于研究蛋白质的功能、相互作用和结构演化具有重要意义。通过准确地确定蛋白质的二级结构,我们可以了解...

??研究蛋白质热稳定性的几种方法

蛋白由α螺旋和β折叠构成,α螺旋和β折叠在红外和紫外光段有特异的光吸收。蛋白质对左旋和右旋圆偏振光的吸收存在差异,利用远紫外区(190~260nm)的光谱特征能够快速分析出溶液中蛋白质的二级结构,进而分析和辨别出蛋白质的三级结构类型,变温过程中测量蛋白等物质的圆二色谱,能反映其随温度升高结构变化的趋势。此外,...

“阿尔法折叠3”来了,极大提升对蛋白质-分子结构的预测能力

阿尔法折叠于2020年问世,它和迭代版阿尔法折叠2能根据蛋白质的氨基酸序列预测其3D结构。之后的阿尔法折叠-多聚体则推动了对蛋白质-蛋白质复合物的预测。不过,扩大单一深度学习模型能预测的复合物范围一直很难,因为不同类型的特异性相互作用差异太大。此次最新模型由谷歌深度思维以及同是谷歌旗下的人工智能药物公司Isomo...

一文了解,抗血小板治疗的新概念和新靶点(下)

(2)膜联蛋白A7??膜联蛋白A7是一种Ca????依赖性磷脂结合蛋白,是GPVI介导和C型凝集素2依赖性信号传导下游12-HETE生成的调节剂,通过活化PLCγ2调节胶原依赖性细胞内Ca????浓度的增加。??虽然12-LOX缺陷小鼠的尾部出血时间延长,但小鼠中Anxa7的基因缺失并未导致出血增加,而显著减少胶原触发的血小板活化,...

2025天津医科大学全国硕士研究生入学统一考试《618生物化学与分子...

蛋白质分子的结构(一级、二级、高级结构的概念及形式)蛋白质一级结构的测定蛋白质的理化性质及蛋白质分离纯化蛋白质的含量测定和蛋白质纯度鉴定蛋白质的变性作用蛋白质结构与功能的关系考试要求了解氨基酸、肽的分类理解氨基酸的通式与结构理解蛋白质二级和三级结构的类型及特点,四级结构的概念及亚基...