当大模型遇上生命科学,有望真正解码生命“语言”的奥秘
该基础模型从跨物种、跨模态的生命信息中学习蛋白质如何构成和实现功能、如何相互作用、如何组合和调控细胞功能的关键规律,能够建模生物演化,解码生命规律,为生命科学行业的前沿发现问题带来生成能力,并有望在创新药物设计、靶点发现、酶的从头设计等领域实现系列突破性成果,从而助力人类健康和社会可持续发展。关键词:生命...
中国科学家构建脑类器官模型,为研究人类大脑提供新窗口
类器官(organoid),即类似于真实器官的微型模型,通过对多能干细胞或者成体细胞进行体外三维培养,自组织形成,与人体器官结构高度相似,并能复现被模仿器官的部分功能。近年来,类器官领域发展迅速,脑类器官已被广泛应用于研究脑发育、遗传性脑发育疾病、神经退行疾病等领域。但是,人类大脑是一个复杂的系统,针对特...
...清华等多位生物大模型作者专访,畅谈AI生物学,解析大型细胞模型...
通过微调,其知识可以转移到各种任务中,在细胞类型注释和扰动预测任务中始终优于专门的模型。张学工:scFoundation是一个在单细胞转录组学数据上进行预训练的模型,在参数大小、基因维数和训练数据大小方面规模很大。得益于模型架构设计和训练策略,它可以为单细胞和批量分析提供有价值的嵌入。这些嵌入可以应用于各种细胞级...
Immunity | 王毅全/吕惠彬等开发记忆B细胞语言模型用于抗体特异性...
通过分析这些HA抗体,该团队识别出了常见的序列特征,并在此基础上,进一步开发了一种基于七个特异性类别(包括HA头部(head)和茎部(stem))结构的记忆B细胞语言模型(mBLM)用于抗体特异性预测。通过对mBLM的解释性分析表明,在特异性预测过程中,有趣的发现语言模型能够识别关键的结合位点以及体细胞突变(somatichypermut...
早期地球生命如何避免辐射损伤?中国科学家提出适应性原始细胞模型
中国科学家提出适应性原始细胞模型中新网北京12月6日电(记者孙自法)施普林格·自然旗下学术期刊《自然-通讯》最新发表中国科学家合作完成的一篇生物化学模型研究论文显示,原始地球上可能存在过含抗伽马(γ)射线辐射的锰抗氧化物的细胞样结构,让早期生命得以演化,这一研究结果有助于人们理解地球上这些早期细胞如何...
俄提出描述伤口愈合的数学模型
秋明国立医科大学研究人员开发了一个最佳通用数学模型,该模型允许“引入”“移除”和“减慢”再生领域的“参与者”(www.e993.com)2024年10月18日。研究人员建议使用沙普利向量方程来描述皮肤伤口愈合过程。沙普利向量用于机器学习和根据各种不平等特征对对象进行分类。如果表皮和真皮中的各种细胞结构满足沙普利向量的条件,则可实现受影响皮肤区域的恢复。
...刘洲《自然·通讯》:通过自然蒸发构筑多区室凝聚液滴细胞模型
更重要的是,实验中的液滴在有机物润湿表面上自主蒸发,不需要复杂的手动干预和设计,就能够实现模拟现实场景下构建和维持具有复杂细胞结构的凝聚液滴细胞模型。该工作第一作者为深圳大学助理教授齐成,共同通讯作者为深圳大学副教授刘洲和孔湉湉。作者简介:刘洲,深圳大学化学与环境工程学院特聘研究员、博导。主要从事微...
万字综述(下):大语言模型将为神经科学带来哪些前所未有的机会?
??图4,从指数级增加的单细胞转录组数据中,构建基础模型以描述细胞转录的语法从基因层面到3D蛋白质结构层面的转变,关键在于能否仅凭一维氨基酸序列预测出蛋白质的最终三维构型。蛋白质折叠问题围绕着我们的DNA是如何压缩关于最终蛋白质结构信息的。在数据库中有超过2亿种蛋白质结构,AlphaFold[31]这一基于大型语言模型...
AI干6周=生物学家134年,斯坦福生物学基础模型开启生物学AI时代
斯坦福大学团队在帮助建立了世界上最大的细胞数据库之一(CellXGene)后,开始研发基础模型。从去年8月开始,研究人员利用数据库中的3300万个细胞的数据训练模型,并重点关注一种称为信使RNA的遗传信息。他们还向模型提供了蛋白质的三维结构。据此,模型学会了如何根据基因的开启和关闭方式对一千多种类型的细胞进行分类。
欧莱雅3D打印皮肤仿真模型,用于准确测试和皮肤研究
支架本质上是MEW工艺创建的结构,是皮肤细胞生长形成皮肤组织的基础。在这个支架上植入真皮细胞后,它会形成一个精确模仿真皮基质的结构。△用于体外皮肤模型的双层支架。研究人员表示,MEW的优势在于它能够调整支架的特性——孔隙率、孔隙的大小和排列,以及纤维的布局方式。这种定制确保支架与人类皮肤的复杂结构非常...