贝瑞基因引进SeekSpace 单细胞空间转录组
贝瑞基因已采用SeekSpace空间转录组技术测试了小鼠皮下瘤组织,总共捕获39288个细胞,每个细胞的中位基因值为330,中位UMI数为507;组织区域均有细胞覆盖,且cluster的分布表现出明显的组织区域差异。图7小鼠皮下瘤SeekSpace空间转录组测试数据贝瑞基因自引进单细胞、空间组学平台以来,始终专注于产品的开发和升级。搭...
ATVB 蔡哲钧/宋伸/宋江平/杨劲合作利用单细胞转录组测序解析小鼠...
图2.单核细胞/巨噬细胞谱系在腹主动脉瘤和假手术主动脉样本之间表现出异质性T细胞在AAA组织中表现出显著的异质性，研究人员分离并注释了10种T细胞亚型。研究显示，AAA中的T细胞主要包括NaiveCD4+、辅助T细胞、调节性T细胞和Th17细胞等亚型。通过流式细胞术验证了在第7天，活化的CD4+T细胞比例高于第14天(图3...
成年小鼠大脑的单细胞DNA甲基组和三维多组学图谱
研究人员使用单核甲基组测序(snmC-seq3)和多组测序(snmp3C-seq)技术,从整个成年小鼠大脑的117个解剖区域生成301626个甲基组和176003个染色质构象-甲基组联合图谱。使用迭代聚类并与伴随的全脑转录组和染色质可及性数据集,研究人员构建了一个基于甲基化的细胞分类法,其中包括4673个细胞组和274个跨模态注释的亚类。...
Sci Adv:单细胞RNA测序和空间转录组学绘制金鱼端脑细胞类型图谱
单细胞RNA测序(scRNA-seq)能够完全基于全基因组基因表达谱(转录组)来比较不同物种间特定组织细胞类型的分子相似性和差异。而空间转录组(ST)可以保留mRNA分子在组织中的位置信息,并实现基因谱的空间定位。本研究结合这两种技术,生成了金鱼端脑的空间注释细胞类型图谱(图1A)。首先,研究者对完整的金鱼端脑进行scRNA-seq。
Nature连发10篇,揭示迄今最全小鼠完整大脑细胞图谱
通过大规模的单细胞分析注释,该团队基于单细胞基因表达定义和注释了230个“分子细胞类型”并基于空间基因表达定义和注释了106种“分子组织区域”。在这一过程中,研究人员发现了部分端脑抑制性中间神经元亚型的脑区分布特异性。例如,纹状体中特有的中间神经元、嗅球的外网状层中表达多巴胺的中间神经元。
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作者进一步通过收集db/db小鼠皮肤伤口的单细胞悬浮液,并分析了单细胞转录组(图5a)来深入了解TSeL+L处理的分子机制(图5b)(www.e993.com)2024年11月20日。通过单细胞转录组分析,作者注释了11种主要细胞类型(图5c),并利用假时态分析追踪了与巨噬细胞相关的细胞状态转变。(图5d)分析显示在TSeL+L处理后,M1型巨噬细胞减少而M2型增加。
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年1月2日,中山大学王建儒及郑召民共同通讯在NatureCommunications在线发表题为“Serglycinsecretedbylate-stagenucleuspulposuscellsisabiomarkerofintervertebraldiscdegeneration”的研究论文,该研究利用单细胞RNA-seq分析人类髓核组织(3名男性和4名女性,年龄41.14±18.01岁),生成了一个全面的髓核细胞图谱...
Nature子刊:韩敬东团队提出基于Transformer的单细胞可解释注释方法
细胞类型注释在单细胞数据分析过程中非常关键,传统的注释方法是将细胞降维到去除批次效应的低维空间,再进行一轮或多轮不同分辨率的聚类,最后根据不同细胞簇的标记基因人工的标注细胞类型。这一过程缺乏公认的标准,很大程度上受到研究人员偏好的影响。此外,移除批次效应的同时保留生物学差异也是单细胞研究的难点。幸而,...
...Commun丨景乃禾课题组合作构建小鼠胚层谱系发生过程的单细胞...
这是目前首个具有真实时空信息的哺乳动物胚胎组织的单细胞转录组图谱。这一图谱将成为进一步研究胚胎发育过程中细胞命运决定、胚层形成和组织形态建立的分子调控规律的宝贵资源。3.阐明小鼠胚胎细胞组成的空间异质性，实现了具有空间信息的细胞身份注释，发现了相邻空间位置细胞发育命运上的偏好性差异通过对构建的图谱中各...
单细胞转录组测序助力解析小鼠不同器官γ δ T细胞异质性图谱
材料:小鼠胸腺、脾脏和淋巴结γδT细胞技术:欧易生物10×GenomicsscRNA-seq+scATAC-seq、单细胞转录组测序文章摘要γδT细胞具有重要的免疫监视功能,其不同亚型在维持组织稳态和局部免疫反应中发挥不同作用,但是γδT细胞的异质性尚未完全解析。本文作者对小鼠胸腺、脾脏和淋巴结中的γδT细胞开展了单...