中国科大揭示Rpd3S/HDAC结合和催化核小体底物的分子机制

该研究解析了酵母Rpd3S/HDAC全酶复合体结合特定修饰核小体底物的复合物结构,首次发现完整的天然底物H3尾巴(1-24aa)结合在Rpd3S底物结合口袋,且H3K18残基的侧链朝向催化中心待催化;阐明了Rpd3S底物特异性的结构基础以及通过构象变化实现多位点催化的机制,尤其是Rco1亚基在核小体结合和位点特异性催化中起着关键作用,...

中国科大解析Lon蛋白酶的完整三维结构并揭示其底物识别与转移的...

通过假设来自两对三个非相邻单体的无核苷酸和ADP结合状态之间的结构转换,建立了基于ADP结合结构底物易位模型。然而最近的底物结合AAA+蛋白的冷冻电镜结构不支持上述简单的一步转换模型,认为其ATP酶结构域围绕中心定位的底物多肽链以螺旋梯状排列,包括最近人源和鼠疫耶尔森氏菌Lon蛋白酶的冷冻电镜结构均支持持续性旋转机制...

中国科大发现人类磷脂翻转酶ATP8B1的新型调控机理

这些研究结果阐明了ATP8B1介导的胆酸盐循环过程中膜脂不对称性修复的分子机理,揭示了ATP8B1在底物和肝内胆酸盐共同作用下的“自抑制-抑制解除-酶活增强”的精细调控机制,同时还为胆汁淤积症等疾病的治疗干预和药物设计提供了结构基础。图1.无配基及底物结合ATP8B1-CDC50A复合物的三维结构中国科学技术大学周丛照教授...

《食品科学》:中国农业科学院毕金峰研究员等:桃酶促褐变机理与...

POD是以铁卟啉为辅基,存在于过氧化物酶体中的标志酶。POD是参与酶促褐变的重要酶之一,催化H2O2还原为H2O,并以酚类物质作为POD催化反应的间接底物,催化其氧化聚合,导致组织褐变。Christine等发现,梨中的POD本身并不参与多酚物质的氧化过程,但是在PPO存在的时候,POD会加剧多酚的氧化。这主要与PPO催化多酚...

Science丨施一公/周瑞团队揭示γ-分泌酶识别并切割底物的分子机制

论文报道了γ-分泌酶结合切割过程中四种中间态底物APP-C99、Aβ49、Aβ46和Aβ43的冷冻电镜结构,揭示了γ-分泌酶识别底物的分子机理,并通过这些结构的深入比较,提出“活塞模型(pistonmodel)”来解释γ-分泌酶动态切割底物的过程。这项研究解决了AD领域困扰多年的关于γ-分泌酶切割机制的难题,对于理解Aβ产生过程...

...| 广西大学明振华课题组揭示水杨酸生物合成关键酶ICS1的催化机理

研究者同时发现,酶分子的催化中心与溶剂之间有一个长通道,底物穿过通道到达活性位点需要克服较高的能量屏障(www.e993.com)2024年10月31日。分子对接和突变体实验结果表明长通道中存在一个可以结合底物的关键位点,底物与该位点的瞬时结合可以降低其穿过长通道的能量消耗,最终提升进入催化活性位点的效率。基于这些发现,研究者对低催化活性的水稻ICS1进行...

纳米酶:结合天然酶和人工催化的力量

它的催化是由特定原子组成的纳米结构介导的,与天然酶催化活性中心的结构更为相似。另外,纳米酶催化的是天然酶的底物,其酶促反应动力学和催化机制与天然酶相似,对底物具有选择结合能力,而且能够作为天然酶的替代品,用于人类健康。与此同时,纳米酶的出现使人们对纳米效应的认知从物理学、化学拓展到生物学。纳米酶同时...

...丨杨茂君/李国辉合作阐释人源中性鞘磷脂酶SMPD2的催化与调控机理

图2人源SMPD2的底物结合口袋与D-Kloop结构综上,本研究加深了人们对中性鞘磷脂酶及神经酰胺相关代谢通路的理解,揭示了SMPD2的催化过程与调控机理,并为针对中性鞘磷脂酶为靶点的药物研发与改造提供了重要的依据。图3SMPD2催化鞘磷脂水解过程图示

研究揭示底物磷酸基团在转酮酶催化中的多重功能

转酮酶反应机理可概括为:(1)供体底物X5P与辅酶ThDP的共价结合;(2)底物C3-OH的去质子化导致C2-C3键断裂和第一产物释放;(3)烯胺中间体与受体底物R5P反应形成下一个共价中间体S7P-ThDP;(4)S7P-ThDP共价键断裂和产物S7P释放(图1)。图1.转酮酶的反应机理...

...Commun | 李梅研究组与合作者揭示罗汉果苷糖基转移酶SgUGT94...

罗汉果中的糖基转移酶SgUGT94-289-3是一种尿苷二磷酸糖基转移酶(UGT,Uridinediphosphate(UDP)-glycosyltransferase),是罗汉果苷生物合成的关键酶,通过连续催化罗汉果苷IIe(M2E)和随后的中间罗汉果苷产物的糖基化,负责M5和SIA的生物合成。SgUGT94-289-3能够识别多种不同的罗汉果苷底物,并在其底物苷...